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回望2010,一脸茫然
热度 3 2011-1-17 10:08
看了信忠保老师的博文 《我失败的2010年:科研反思》, 深有同感。 一直想总结一下2010,真的是一脸的茫然:记不起来1月份干啥了,二月份有什么事儿,......。我不知道这一年我都干了什么。 最让我纠结的是,有想法,没办法。很多的想法,一直在心里冲动,也有很多的学生,可以和我一起来做这些,可是就是不知道如何 ...
个人分类: 休闲|3245 次阅读|3 个评论 热度 3
为什么Hubs(中心蛋白质)在蛋白质网络中易于成为必要蛋白质
2011-1-10 11:05
概述 网络由多个节点相互连接而成。大多数复杂网络都是无标度网络,这种网络中各个节点所拥有的边数呈幂律分布,就是说,在一个无标度网络中,有一小部分节点有较多的连接,我们称之为 hub (车轮轮辐的中心,或者网络中的集线器,本文中译作中心节点),而大量的节点则有较少的连接,我们称这些节点为非 hub 节 ...
个人分类: 生物信息学|9988 次阅读|1 个评论
蛋白质网络中的中心-致死法则【译文】
2011-1-7 13:40
传统上,人们对蛋白质的分析都是基于单个蛋白质的作用的,如把它当做细胞或者微生物的催化剂、信号分子或者构建模块,然而在当今的后基因组时代,我们对蛋白质的认识扩展到了将其作为蛋白质相互作用网络中的元素,在网络中,蛋白质在功能模块中具有相关的或者分子上的功能。这里,我们显示了酿酒酵母菌单基因缺失的表型后 ...
个人分类: 生物信息学|5859 次阅读|没有评论
新年乐一下
热度 1 2011-1-1 07:36
走在黑咕隆咚的楼梯里,靠跺脚,呼唤感应灯送来光明。不想3楼的缓步台,一对男女学生在相拥相吻,好生尴尬,怕打扰人家,轻轻地绕过去。 当我走到他们身旁时,突然,感应灯都灭了...... ....... ....... ....... ....... 男孩举起环抱在女孩腰上的手,在女孩子的PP上啪地拍了一下, ...
个人分类: 休闲|2630 次阅读|2 个评论 热度 1
CLUTO说明书节译
热度 4 2010-12-24 12:34
一个聚类分析的软件,发现有些文本聚类的论文采用这个软件。 个人感觉它的优点是:1.对行和列同时聚类;2.提供对类别的描述;3.对聚类效果有评价比较的参数,如类内相似度,类间相似度等。 它的图形化版本就是gCLUTO。 概述 聚类算法把 ...
个人分类: 休闲|12169 次阅读|7 个评论 热度 4
看问题的角度很重要
2010-12-14 16:23
鬼使神差地,我做了响当当童鞋的副导师,正导师是社会医学专业的,我指导她使用信息学的方法。这样一来,我们俩成了她正导师的考生:正导师有了问题,她就来问我,问题都是从专业角度提出来的,往往是相当的刁钻古怪,让我疲于应付,经常是让我意乱心烦。许是从她导师那里耳濡目染来的学风,今天问我:得到了高被引期刊, ...
个人分类: 休闲|4012 次阅读|没有评论
词和论文同时聚类告诉我们什么了?
热度 1 2010-11-19 09:55
最初的目的,是想研究一下如何利用主题词关联规则从文章中抽取informative sentence。 首先,选定一个主题阿司匹林引起胃肠道出血,在PubMed中输入了检索词: Aspirin/adverse effects AND Gastrointestinal Hemorrhage/chemically induced 并限定要有文摘的文献记录,得到了1 ...
个人分类: 休闲|5032 次阅读|2 个评论 热度 1
生于忧患,死于安乐
热度 1 2010-11-10 12:54
【下面一段是我为某医学信息学期刊组织文本挖掘专栏时候写下的编者按,但是出于某种原因,该刊物没有发表这一段文字,看到很多人关注到了这个问题,就把它复制粘贴到这里吧】 今天,网络飞速发展,电子资源日益丰富,专业人员可以方便地在家免费利用信息资源。在这种形势下,说图书情报部门存在着生存危机,绝不 ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|3594 次阅读|2 个评论 热度 1
关于文献工具使用的一点忧虑
2010-11-7 09:57
总有人向我请教citeSpace的用法,所以有些本来不想说的话,不得不说。和大家一样,觉得这是个很好的文献分析工具,尤其是可视化方面做的非常好,所以一接触到这个软件的时候,也满心欢喜地研究了一番,写了几篇如何使用的体会,写这些博文,一是为了和大家交流,也是为了记下来给自己看;另外一个原因,就 ...
个人分类: 休闲|4645 次阅读|3 个评论
大俗即大雅,大雅亦大俗
2010-9-30 11:07
老婆在屋里看新版《红楼梦》,我在屋外看连续剧《茶馆》,老婆对我的品味很是不屑,曰:你有这时间不如看看《三国》和《红楼梦》。弄得我很是惭愧。 说实话,《红楼梦》和《三国演义》我一直没有看完过,我是指小说。尤其是红楼,老婆如数家珍一般给我讲贾家的辈分关系,听得我一头雾水。最让我不能忍受的,是红楼里 ...
个人分类: 休闲|3245 次阅读|没有评论

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