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Bicomb针对PubMed不能下载xml格式的补丁
热度 1 2020-7-23 11:34
把这个可执行文献复制到目录里,覆盖原有的文件就可以了。 在pubmed网站下载pubmed格式,用软件里的pubmed-2模板进行分析。 提取后,主题词的星花可以通过批量修改去掉。 目前上传一个压缩包,解压缩后应该可以使用。 安装包.rar 稍后可以到这个地址下载: https://www.cmu.edu.cn/dmi/nr.jsp?urltype=news.Ne ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|780 次阅读|2 个评论 热度 1
MeSHy:Mining unanticipated PubMed information
2020-7-13 16:41
T. Theodosiou et al. / Journal of Biomedical Informatics 44 (2011) 919–926 The basic assumption is that the terms that have almost the same probability of being observed within the results of a query and also in the entire PubMed database (excluding the results of the query) do not contain imp ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|772 次阅读|没有评论
BICOMB下载网址及升级
2020-7-13 09:38
学校网站调整,bicomb的下载地址变更为: https://www.cmu.edu.cn/dmi/nr.jsp?urltype=news.NewsContentUrlwbtreeid=2161wbnewsid=4589archive=0 ;途径是中国医科大学-院系-医学信息学院-科学研究-科研成果-书目共现分析系统bicomb。 关于PubMed数据库最近下载格式中没有了XML格式途径,我们正在开发针对该 ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|1200 次阅读|没有评论
编织研究:研究合成未来的可视化
2020-2-27 17:33
Research Weaving: Visualizing the Future of Research Synthes 1:NakagawaS,SamarasingheG,HaddawayNR,WestgateMJ,O'DeaRE,NobleDWA, LagiszM.ResearchWeaving:VisualizingtheFuture&n ...
个人分类: 文献计量学|754 次阅读|没有评论
新兴的科研整合网络的结构【译文】
2019-9-9 14:53
科学研究通常被认为是由追求学科进步的个人和小团队进行的。然而,作为一个整体,这种努力更像是一个由人、论文和思想整合而成的复杂体系。共同作者和引用网络的研究揭示了研究人员和文章的重要结构特征,但目前科学思想本身的结构尚不清楚。本研究认为主题网络可能是揭示概念关系本质的有用框架。使用这个框架,我们绘制 ...
个人分类: 生物医学文献计量学|1588 次阅读|没有评论
OntoPlot:大型本体中非层次关联的一种新型可视化(译文)
2019-9-8 10:34
本体是概念及其复杂关系的正式表示。它们被广泛用于捕获生物医学等领域的综合领域知识,其中大型复杂的本体可以包含数十万个概念。特别是由于本体体量较大,可视化对于创建、探索和理解其基础数据非常有用。现有的本体可视化工具通常关注于层次结构,对非层次关联的重视程度较低。在本文中,我们介绍了 OntoPlot ,这是 ...
个人分类: 本体|1189 次阅读|没有评论
从生物医学文献中自动识别出科学严谨临床研究报告的深度学习方法:比较分析研究
2019-2-27 15:45
背景: 开展循证医学实践中遇到的主要障碍是有效地找到关于特定临床主题的科学合理的研究。 目的: 探索采用深度学习方法从生物医学文献中检索科学合理的治疗研究。 方法: 我们使用 403,216 条 PubMed 记录作为噪声数据集,以标题和摘要作为特征训练卷积神经网络。将深度学习模型与目前 ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|1683 次阅读|没有评论
喜欢做的和必须做的,为什么不能任性呢?
2018-10-22 11:38
本来想继续“憋”那篇英文论文,打开看到一篇参考文献,用PageRank算法计算论文相似性,一直以来有的疑问又涌上心头: PageRank算法不是计算有向无权网络节点的吗?论文相似网络是一个无向加权网络,怎么能用呢? 通过搜索引擎和文献数据库,发现这个算法有个很多改进,通过修改原公式的参数,是可以用到加权 ...
个人分类: 科研体会|1595 次阅读|没有评论
利用聚类树聚合方法挖掘生物医学数据特征挖掘(摘要翻译)
2018-7-21 12:08
Mining Features for Biomedical Data using Clustering Tree Ensembles. Pliakos K , Vens C . J Biomed Inform. 2018 Jul 13 ; 可以供给 机器学习界利用的生物医学数据量增长非常迅速,随之带来一个问题:这些数据实际上能提供多少信息的?或者描述数据实例的特征有多大的区分度?一些生物医 ...
个人分类: 生物信息学|2151 次阅读|没有评论

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GMT+8, 2020-11-27 05:59

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