利用文献生成耐受性细胞治疗知识图【译文】

崔雷 2017-12-20 15:49

Generating a Tolerogenic Cell Therapy Knowledge Graph from Literature 利用文献生成耐受性细胞治疗知识图 在对自动免疫性疾病治疗中，耐受性细胞疗法提供了与传统免疫抑制治疗不一样的途径，并且解决了对器官或者干细胞移植物的排斥。 知识图就是一种利用文本挖掘方法将不同信息资源联系起来的方法，它可 ...

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利用共同邻居推理网络几何机构（译文）

崔雷 2015-11-25 13:36

Network Geometry Inference using Common Neighbors 我们介绍和探索根据两节点共同拥有的邻居的数量来推断复杂网络节点潜在几何坐标的新方法。我们将该方法与HyperMap方法进行了比较，后者只是基于节点之间连接（及无连接），即根据节点间有链接(或没有)。我们发现对于高度数的节点利用共有邻居（common-neighbors） ...

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生物学网络教程（译文）

崔雷 2015-11-25 12:36

Tutorial on biological networks WIREs Data Mining Knowl Discov 2012, 2: 298–325 doi: 10.1002/widm.1061 了解生物系统各组成部分如何通过相互作用发挥功能是网络科学的长期目标。受高通量技术发展的鼓舞，网络科学已经成为计算生物学和系统生物学研究中的快速发展的领域，因为高通量技术可以发现生物 ...

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量化药物的化学之美（译文）

热度 1 崔雷 2015-4-13 14:02

Quantifying the chemical beauty of drugs. Bickerton GR , Paolini GV , Besnard J , Muresan S , Hopkins AL Nat Chem. 2012 Feb; 4(2):90-8 摘要：“与药物相似”（ Drug-likeness ） 是药物发现早期选择化合物时的关键考量。但是，绝对意义上的药物相似性评价不能恰当地反映化合物 ...

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文本挖掘软件Anni2.1

热度 3 崔雷 2014-1-6 12:30

生物医学文献大量增加，给研究人员追踪最新进展提出了严峻的挑战。 Anni2.1 用于满足研究人员的各种信息需求。 Anni 提供基于本体的 Medline 接口，检索文献及几类生物医学概念的相关性，如基因、药物和疾病，利用的是已经验证了的文本挖掘技术。 Anni 可以 用于简单的检索，如：给我所有与前列腺肿瘤相关的基因 ...

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生物医学文本挖掘相关概念辨析

崔雷 2013-12-16 13:37

文本挖掘与信息检索和文本总结不同，信息检索和文本总结（text summarisation）侧重于文本的更大单位，如整篇文章，而文本挖掘则侧重于较小的粒度水平并检查文章内部和文章之间特定信息之间的关系。 文本挖掘也与自然语言处理不同，因为自然语言处理试图从整体上理解文本的含义，而文本挖掘则是注重解决特定重要领域中 ...

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bicomb2.0 beta

热度 4 崔雷 2013-8-15 11:33

我的半生不熟的bicomb，算是bicomb2.0的beta版吧： http://dmi.cmu.edu.cn/dmi/research/bicomb.php， 最终版要在9月初完成，届时会有完整的update说明文件。 1. 数据转换更加灵活 通过“管理员 - 格式定义 - 增加”，用户更加自由地新增或者修改来自不同数据库和下载格式的各种文本记 ...

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Showcase of NLM APIs - Free Webinar

崔雷 2012-3-29 12:07

一个关于PubMed数据库各种API的webinar： Software developers are invited to join NLM data experts as they showcase NLM APIs and provide valuable information on how to find, use, and incorporate medical literature, drug, clinical trial, consumer health information, molecular biology, and other d ...

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BICOMB中对CBM记录的处理

热度 4 崔雷 2011-11-16 11:00

BICOMB软件里没有对中国生物医学文献数据库（CBM）的处理，这个数据库却又是查找中国医学文献的工具中唯一有主题词的数据库，很多人利用这个数据库进行信息分析。 最近，看到一篇用CBM数据进行共现分析的稿件，据说能用EndnoteX4统计高频词，甚至做共现矩阵，甚为惊奇。但是，请 ...

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