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文本挖掘软件Anni2.1
热度 3 崔雷 2014-1-6 12:30
生物医学文献大量增加,给研究人员追踪最新进展提出了严峻的挑战。 Anni2.1 用于满足研究人员的各种信息需求。 Anni 提供基于本体的 Medline 接口,检索文献及几类生物医学概念的相关性,如基因、药物和疾病,利用的是已经验证了的文本挖掘技术。 Anni 可以 用于简单的检索,如:给我所有与前列腺肿瘤相关的基因 ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|4976 次阅读|3 个评论 热度 3
生物医学文本挖掘相关概念辨析
崔雷 2013-12-16 13:37
文本挖掘与信息检索和文本总结不同,信息检索和文本总结(text summarisation)侧重于文本的更大单位,如整篇文章,而文本挖掘则侧重于较小的粒度水平并检查文章内部和文章之间特定信息之间的关系。 文本挖掘也与自然语言处理不同,因为自然语言处理试图从整体上理解文本的含义,而文本挖掘则是注重解决特定重要领域中 ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|3629 次阅读|没有评论
bicomb2.0 beta
热度 4 崔雷 2013-8-15 11:33
我的半生不熟的bicomb,算是bicomb2.0的beta版吧: http://dmi.cmu.edu.cn/dmi/research/bicomb.php, 最终版要在9月初完成,届时会有完整的update说明文件。 1. 数据转换更加灵活 通过“管理员 - 格式定义 - 增加”,用户更加自由地新增或者修改来自不同数据库和下载格式的各种文本记 ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|11756 次阅读|6 个评论 热度 4
Showcase of NLM APIs - Free Webinar
崔雷 2012-3-29 12:07
一个关于PubMed数据库各种API的webinar: Software developers are invited to join NLM data experts as they showcase NLM APIs and provide valuable information on how to find, use, and incorporate medical literature, drug, clinical trial, consumer health information, molecular biology, and other d ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|2702 次阅读|没有评论
BICOMB中对CBM记录的处理
热度 4 崔雷 2011-11-16 11:00
BICOMB软件里没有对中国生物医学文献数据库(CBM)的处理,这个数据库却又是查找中国医学文献的工具中唯一有主题词的数据库,很多人利用这个数据库进行信息分析。 最近,看到一篇用CBM数据进行共现分析的稿件,据说能用EndnoteX4统计高频词,甚至做共现矩阵,甚为惊奇。但是,请 ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|5484 次阅读|15 个评论 热度 4
多维度多层次的聚类是发现关系的重要手段(2)
崔雷 2011-7-2 15:23
最近看了一篇文章,忽然感到,技术又发展了,双聚类都不够了,又出现了多层次聚类了。下面翻译一篇论文的摘要,体会其中的奥妙吧。 Building the process-drug–side effect network to discover the relationship between biological Processes and side effects 建立过程与药物副作用 ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|4684 次阅读|没有评论
多维度多层次的聚类是发现关系的重要手段(1)
热度 2 崔雷 2011-7-2 15:12
传统的聚类是单维度的,称作单向聚类, 即只对行(对象)或者列(属性)进行聚类,不能对行和列同时进行聚类。如对高频的词或者高被引的论文根据它们共现或同被引聚类,只是把词或者论文进行了聚类。 双向聚类 (biclustering, 又称 subspace clustering, ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|9385 次阅读|2 个评论 热度 2
Medline数据库中相关记录的计算方法【节译】
热度 1 崔雷 2011-2-15 10:50
我们将寻找相关文献的问题归纳为如下模型:给定某篇用户表示感兴趣的文献,系统的任务就是找到用户也会想要浏览( examine )的文献。因为这种活动往往发生在更为广泛的信息搜寻的行为之中,相关性可以作为感兴趣的指标,即,检索其他相关的文献。但是,我们用更宽泛的术语来描述这个问题:其他文献之所以成为感兴趣的 ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|3290 次阅读|1 个评论 热度 1
生于忧患,死于安乐
热度 1 崔雷 2010-11-10 12:54
【下面一段是我为某医学信息学期刊组织文本挖掘专栏时候写下的编者按,但是出于某种原因,该刊物没有发表这一段文字,看到很多人关注到了这个问题,就把它复制粘贴到这里吧】 今天,网络飞速发展,电子资源日益丰富,专业人员可以方便地在家免费利用信息资源。在这种形势下,说图书情报部门存在着生存危机,绝不 ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|3594 次阅读|2 个评论 热度 1

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