Tutorial on biological networks

WIREs Data Mining Knowl Discov 2012, 2: 298–325 doi: 10.1002/widm.1061

了解生物系统各组成部分如何通过相互作用发挥功能是网络科学的长期目标。受高通量技术发展的鼓舞，网络科学已经成为计算生物学和系统生物学研究中的快速发展的领域，因为高通量技术可以发现生物分子及其相互作用的特点。尽管有关网络科学各个方面的研究和综述文章数量在不断增长，对该领域在系统生物学方面的资源的更新的广泛而又简明的综述还很少。本文的目标就是为具有一些生物学和统计学知识但又不是很熟悉生物网络研究领域的一般读者提供综述。本文分为4个方面：（1）网络构建；（2）拓扑结构分析；（3）网络与数据整合；（4）可视化工具。我们特别强调目前最为广泛研究的生物学网络，包括代谢网络、基因调节网络，蛋白质相互作用网络，基因相互作用网络以及信号传导网络。将来，随着实验和计算机方法的发展，我们期待对生物学网络的分析会承担起基础和转化研究的重要角色。