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Bicomb针对PubMed不能下载xml格式的补丁
热度 1 崔雷 2020-7-23 11:34
把这个可执行文献复制到目录里,覆盖原有的文件就可以了。 在pubmed网站下载pubmed格式,用软件里的pubmed-2模板进行分析。 提取后,主题词的星花可以通过批量修改去掉。 目前上传一个压缩包,解压缩后应该可以使用。 安装包.rar 稍后可以到这个地址下载: https://www.cmu.edu.cn/dmi/nr.jsp?urltype=news.Ne ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|780 次阅读|2 个评论 热度 1
MeSHy:Mining unanticipated PubMed information
崔雷 2020-7-13 16:41
T. Theodosiou et al. / Journal of Biomedical Informatics 44 (2011) 919–926 The basic assumption is that the terms that have almost the same probability of being observed within the results of a query and also in the entire PubMed database (excluding the results of the query) do not contain imp ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|772 次阅读|没有评论
BICOMB下载网址及升级
崔雷 2020-7-13 09:38
学校网站调整,bicomb的下载地址变更为: https://www.cmu.edu.cn/dmi/nr.jsp?urltype=news.NewsContentUrlwbtreeid=2161wbnewsid=4589archive=0 ;途径是中国医科大学-院系-医学信息学院-科学研究-科研成果-书目共现分析系统bicomb。 关于PubMed数据库最近下载格式中没有了XML格式途径,我们正在开发针对该 ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|1200 次阅读|没有评论
从生物医学文献中自动识别出科学严谨临床研究报告的深度学习方法:比较分析研究
崔雷 2019-2-27 15:45
背景: 开展循证医学实践中遇到的主要障碍是有效地找到关于特定临床主题的科学合理的研究。 目的: 探索采用深度学习方法从生物医学文献中检索科学合理的治疗研究。 方法: 我们使用 403,216 条 PubMed 记录作为噪声数据集,以标题和摘要作为特征训练卷积神经网络。将深度学习模型与目前 ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|1683 次阅读|没有评论
Bicomb软件处理pubmed的xml格式中出现问题的临时解决办法
热度 3 崔雷 2018-4-2 10:44
最近发现,提取pubmed2016年以后的记录过程中出错,如下图: 经过反复调查,发现是因为下载的文献中,标题内容中存在sup或sub或i字符,导致提取意外终止。包括: b (bold) i (italic) sup (superscript) su ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|4690 次阅读|4 个评论 热度 3
利用文献生成耐受性细胞治疗知识图【译文】
崔雷 2017-12-20 15:49
Generating a Tolerogenic Cell Therapy Knowledge Graph from Literature 利用文献生成耐受性细胞治疗知识图 在对自动免疫性疾病治疗中,耐受性细胞疗法提供了与传统免疫抑制治疗不一样的途径,并且解决了对器官或者干细胞移植物的排斥。 知识图就是一种利用文本挖掘方法将不同信息资源联系起来的方法,它可 ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|2407 次阅读|没有评论
利用共同邻居推理网络几何机构(译文)
崔雷 2015-11-25 13:36
Network Geometry Inference using Common Neighbors 我们介绍和探索根据两节点共同拥有的邻居的数量来推断复杂网络节点潜在几何坐标的新方法。我们将该方法与HyperMap方法进行了比较,后者只是基于节点之间连接(及无连接),即根据节点间有链接(或没有)。我们发现对于高度数的节点利用共有邻居(common-neighbors) ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|3897 次阅读|没有评论
生物学网络教程(译文)
崔雷 2015-11-25 12:36
Tutorial on biological networks WIREs Data Mining Knowl Discov 2012, 2: 298–325 doi: 10.1002/widm.1061 了解生物系统各组成部分如何通过相互作用发挥功能是网络科学的长期目标。受高通量技术发展的鼓舞,网络科学已经成为计算生物学和系统生物学研究中的快速发展的领域,因为高通量技术可以发现生物 ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|2976 次阅读|没有评论
量化药物的化学之美(译文)
热度 1 崔雷 2015-4-13 14:02
Quantifying the chemical beauty of drugs. Bickerton GR , Paolini GV , Besnard J , Muresan S , Hopkins AL Nat Chem. 2012 Feb; 4(2):90-8 摘要:“与药物相似”( Drug-likeness ) 是药物发现早期选择化合物时的关键考量。但是,绝对意义上的药物相似性评价不能恰当地反映化合物 ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|4409 次阅读|2 个评论 热度 1
文本挖掘软件Anni2.1
热度 3 崔雷 2014-1-6 12:30
生物医学文献大量增加,给研究人员追踪最新进展提出了严峻的挑战。 Anni2.1 用于满足研究人员的各种信息需求。 Anni 提供基于本体的 Medline 接口,检索文献及几类生物医学概念的相关性,如基因、药物和疾病,利用的是已经验证了的文本挖掘技术。 Anni 可以 用于简单的检索,如:给我所有与前列腺肿瘤相关的基因 ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|4889 次阅读|3 个评论 热度 3

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