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关于Phylocom bladj 匹配枝长的问题

已有 2876 次阅读 2015-4-21 14:31 |个人分类:工作交流|系统分类:科研笔记| phylocom, bladj, phylomatics


 经常有同事问起用Phylocom bladj不能匹配枝长的问题,将自己的一点经验与大家分享:

 Phylocom中的bladj模块是根据已知节点的年龄为整个具有拓扑结构的谱系树匹配枝长,因此需要满足以下几点:

  1:根结点年龄已知,即ages文件中包含根结点年龄;

  2:如phylomatics给出的结果缺少根结点,需要根据物种范围添加合适的根结点(如物种包括被子植物和裸子植物,根结点可以添加为seedplants)。由于根结点年龄即整棵树的进化年龄,因此在许多结点年龄未知的情况下根结点的选择可能影响整棵树的枝长。

  3:ages文件中的结点名称与phylo文件中结点名称写法一致,包括单复数、大小写等。

  4:收集尽量多的结点年龄,丰富ages文件的内容,可以获得更加精细的谱系树。

ps,若phylomatics没有匹配成功,可能是由于上传的family/genus/genus_sp名录不符合APG系统中的科属关系,需要修改科名。可在http://www.mobot.org/MOBOT/research/APweb/页面上方点击Family查询:如"Leguminosae = Fabaceae = Fabales",则将Leguminosae改为Fabaceae

  供参考,欢迎指正!



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