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使用Phylomatic(Version 3)构建谱系树

已有 12441 次阅读 2012-11-20 11:53 |系统分类:科研笔记| 生态学, 网页, 名录

    网页版Phylomatic能够通过物种名录构建谱系树,这使得在生态学研究中结合物种谱系信息不再遥远。

    Phylomatic(Version 3)相对于2009年上线的旧版其主要改进在于后台数据库。新版的后台数据库综合了最新的植物系统学研究成果,覆盖范围从被子植物延伸至裸子植物和蕨类植物,并能根据用户在新版界面上提交的系统学研究成果实时更新。用户提交的物种名录后网页程序自动完成与后台数据库的匹配,给出谱系树。后台数据库的改进使用户得到的谱系树更加准确可靠。

   

 使用方法:

1、选择storedtree,如Phylomatic treeR20120829(plants)

2method= phylomatic    

3、粘贴物种名录,如

rosaceae/spiraea/Spiraea_salicifolia
ericaceae/vaccinium/Vaccinium_uliginosum
ericaceae/vaccinium/Vaccinium_vitis-idaea
caprifoliaceae/lonicera/Lonicera_maackii
rosaceae/rosa/Rosa_davurica
rosaceae/potentilla/Potentilla_fruticosa
salicaceae/salix/Salix_siuzevii

……

4、选择taxaformatclean outformat 

注:不勾选clean时,输出结果保留较多可供匹配的节点,phylocom baldj输出的枝长结果较可靠;勾选clean, phylocom bladj 枝长准确性降低,但不存在 single node,易读取。

5Send

 

 

对于科属不能匹配的情况,可在Agiosperm Phylogeny Web 网站点Family 查询  http://www.mobot.org/MOBOT/research/APweb/,修改后重新上传。

好啦,把输出的结果保存到文本文件,用treeview打开看看吧。

     

 

   



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