kangyu的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/kangyu

博文

Primer3-PRIMER_ERROR=thermodynamic approach chosen..解决办法

已有 10409 次阅读 2014-3-6 11:13 |个人分类:Bioinformatics|系统分类:科研笔记

安装Primer3后,发现直接使用命令

primer3_core <example >example.out

出现错误:

“PRIMER_ERROR=thermodynamic approach chosen, but path to thermodynamic parameters not specified”


1. 一种解决办法是输入命令时加入-default_version=1的参数

primer3_core  -default_version=1  -output=example.out  example


2. 另外一种解决办法如下:


查来一下发现Primer3文档中有这样的改变:

“2.5. IMPORTANT: because PRIMER_THERMODYNAMIC_OLIGO_ALIGNMENT=1,PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH must point to the right location.This tag specifies the path to the directory that contains all theparameter files used by the thermodynamic approach. In Linux, thereare two *default* locations that are tested if this tag is notdefined: ./primer3_config/ and /opt/primer3_config/. For Windows,there is only one default location: .primer3_config.  If the theparameter files are not in one these locations, be sure to setPRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH.”


所以就只好在创建文件夹(需要root权限)

mkdir /opt/primer3_config

然后将primer3-2.3.6/src/primer3_congfig/下的所有文件都移动创建的文件夹中

cp -R ./primer3_congfig/*   /opt/primer3_config


重新使用命令就不会报错了

primer3_core <example >example.out



https://blog.sciencenet.cn/blog-803390-773530.html

上一篇:Word2013的Endnote工具栏消失
下一篇:Endnote安装-在word工具栏中出现Endnote web的改为Endnote
收藏 IP: 159.226.24.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (1 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-4-19 21:41

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部