部分蛋白编码基因起源于non-coding RNA

刘华 2012-9-14 11:31

新发表两篇恒河猴转录组医学论文, 发现部分蛋白编码基因起源于non-coding RNA, 建立恒河猴专家数据库; 附上文章链接, 欢迎讨论批评: http://www.plosgenetics.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pgen.1002942 Hominoid-Specific De Novo Protein-Coding Genes Originating from Lo ...

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miRNA测序概述及实验分析流程

刘华 2012-9-13 13:47

一、 microRNA测序概述 MicroRNAs（miRNAs）是在真核生物中发现的一类内源性的具有调控功能的非编码RNA，其大小长约20~25个核苷酸。成熟的miRNAs是由较长的初级转录物经过一系列核酸酶的剪切加工而产生的，随后组装进RNA诱导的沉默复合体，通过碱基互补配对的方式识别靶mRNA，并根据互 ...

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illumina的小RNA测序adapter

刘华 2012-9-13 11:16

illumina illumina 的小 RNA 测序 adapter illumina 的小 RNA 测序，有多种 adapter 。如下表所示： 1. Illumina Single End Adapter 1 ACACTCTTTCCCTACACGACGCTGTTCCATCT 2. I ...

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转录组数据分析之tophat篇

热度 2 刘华 2012-9-7 16:13

TopHat简介 TopHat 是一个基于Bowtie的RNA-Seq数据分析工具。它可以快速确认exon-exon剪切拼接事件。TopHat有Linux和OS X x86_64编译版本，当然也可以使用 原代码 编译适合自己操作系统的版本。 其上游软件是 Bowtie ，下游是 Cufflinks 。 ...

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RNA-seq数据分析方法

刘华 2012-9-7 13:47

一篇Nature Method上一篇关于RNA-seq数据分析的文章，觉得很不错，里面还介绍了一些关于可变剪接的问题。下面列上列上的基本信息： Computational methods for transcriptome annotation and quantification using RNA-seq Manuel Garber, Manfred G Grabherr, Mitchell Guttman ...

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