bioseq的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/bioseq

博文

深度测序比芯片杂交更灵敏

已有 2566 次阅读 2012-9-29 17:46 |系统分类:教学心得|关键词:芯片| 芯片

美国希望城贝克曼研究所最新发表的文章中可以看出,测序检测出上调的表达miRNAs为105个,而芯片仅仅有10个。
内容如下:

PLoS One. 2012;7(4):e36248. Epub 2012 Apr 30.
Genome-wide profiling identified a set of miRNAs that are differentially expressed
in glioblastoma stem cells and normal neural stem cells.


癌症研究领域的一大挑战是确定肿瘤干细胞与正常干细胞中有所区别的分子特征。在本研究中,
我们利用微阵列与深度测序技术比较分析了人类胶质瘤干细胞(glioblastoma stem cells)与
正常神经干细胞(normal neural stem cells)的miRNA表达谱。这些研究让我们鉴定出10个在
胶质瘤干细胞中上调或下调表达的miRNAs。其中,5个miRNAs进一步被荧光定量PCR分析确认
在3个独立胶质瘤干细胞系中呈现差异表达。并且,在胶质瘤干细胞中增强表达的2个miRNAs在所
检测的胶质瘤患者组织中也表现表达上升。同时,2个在胶质瘤干细胞中下调表达的miRNAs在肿瘤组织
中显示降低的表达量。此外,我们鉴定了2个癌基因,NRAS和PIM3,为一个下调表达的miR-124的
下游靶标;而一个肿瘤抑制子,CSMD1,为2个上调表达小RNA miR-10a和miR-10b的下游靶基因。
总体来说,本研究鉴定出一组在胶质瘤干细胞和正常神经干细胞中差异表达的miRNAs。对这些miRNAs
在胶质瘤干细胞所起作用的描述可能有助于针对特异肿瘤干细胞(放过正常干细胞)进行基于miRNA
靶向治疗技术的发展。


胶质瘤干细胞Vs正常神经干细胞:

微阵列实验:表达差异5倍以上的miRNAs,10个上调,8个下调。
高通量测序:测序技术更灵敏,发现105个miRNAs上调表达差异在5倍以上。


微阵列实验发现的10个上调表达miRNAs,有8个在测序实验中也呈现上调表达。
8个下调小RNA中,有2个在测序结果中也表现下调表达。

如此,共10个miRNAs在两组实验中表现一致性地差异表达.
以上内容来源于:http://www.seq.cn/forum.php?mod=viewthread&tid=4783&extra=


http://blog.sciencenet.cn/blog-777771-617890.html

上一篇:[转载]《自然》:研究人员发现肌肉老化原因
下一篇:[转载]测序常见问题分析

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备14006957 )

GMT+8, 2019-11-22 12:41

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部