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科研助手:项目管理和数据共享工具 精选

已有 6635 次阅读 2018-4-27 09:03 |个人分类:科研影响力和研究质量|系统分类:论文交流

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本文首发于意得辑专家视点:给科研新手的数字工具指南:项目管理和数据共享工具

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随着学术格局的不断发展,现在科研人员可以使用许多不同的工具来管理其各个方面和阶段的工作流程和沟通。在上一篇文章中,我已经总结了一些文献检索和文献管理工具。本文我将介绍一些项目管理和数据共享工具,这两个方面对研究和发表同样重要。

项目管理工具

研究项目需要大量的管理、团队合作和规划工作。对科研人员来说,日常工作一般包括做实验、收集和分析数据、与同事讨论等。项目管理工具可帮助研究者高效计划和管理日常任务,以下项目管理工具是专门针对学术研究者而设计的:

  • Labguru这是一个电子实验室笔记本 (electronic laboratory notebook , ELN),提供协作式项目规划和文件存储。科研人员可以利用 ELN 设计实验和工作流程,抓取结构化和非结构化数据,管理项目,并从直观的用户界面直接分享他们的工作,让监测研究进展更加轻松。该工具还设有一些有趣的功能,包括可定制的实验模板,冷藏箱中试剂的库存,跟踪细胞系,实验动物、细菌、标本等,协议集成,和标准作业程序 (SOP)。

  • Asana:Asana 是一个基于网络的移动项目管理应用,可以促进团队沟通和协作,从而消除了电子邮件交流的必要。Asana 可以用来创建项目和任务,并且可以在各种浏览器和设备跟踪任务进度。此工具的功能包括笔记分享、多种格式附件的上传、任务组织、实时更新、活动更新、通知和提醒。Asana 不仅允许用户全程跟踪他们的项目,而且还会生成详细的进度报告。

  • Gantt Charts一种常见且有用的项目管理工具是甘特图。这不是应用程序,而是一种以连续和并行任务的形式显示项目计划的方式。在甘特图中,横轴方向表示时间,纵轴方向表示任务,因此,横条长度表示任务的持续时间,而图上的位置表示时间点。甘特图可在 Word 表格或 Excel 表中轻松生成,但使用Microsoft Project 或 Wrike 等定制软件生成的甘特图的功能会更强大。对于科研人员来说,这一工具可跟踪重叠并行项目,为顺利推进多个项目进行规划和安排。

  • sciNote这是一款带有工作流程和模块化功能的开源实验室笔记本。sciNote 的一个有趣功能是它允许用户在工作流程中链接项目的不同阶段,从而将项目或实验不同阶段获得的数据连接起来,扩展了数据背景;此功能使实验室笔记本条目的逻辑进程变得清晰。这款软件还有一项有趣功能是每个用户都有自己的角色并享有团队内一系列权限,以保护每位研究人员的个人数据并确保其机密性。

数据共享工具

数据对研究者至关重要,但分析、存储和共享大型数据集是一项艰巨的任务。目前已经开发了一些工具来帮助研究者完成这些任务,这些数据管理工具通常有助于数据分析,也是存储和共享数据的有效方式。由于数据共享是现在大多数资助机构的要求,这些工具也变得越来越重要。

  • Zenodo:Zenodo 是一个多学科研究产品储存库,支持各种内容,包括刊物、演示文稿、论文集、项目、图像、软件(包括与 GitHub 的集成)以及所有语言的数据,由欧洲核子研究组织 (European Organization for Nuclear Research, CERN) 维护。它对数据格式没有任何限制,最多可以存储 50GB 的数据。此储存库中数据可终身保存,可以采用封闭(只要未授权都无法访问)、开放或禁止(禁止期内无法访问)状态储存。

  • DataCite:DataCite 为研究数据提供 DOI 号。它收集每个有 DOI 的元数据,结合成大型索引研究数据,这些数据可直接查询,让人查找数据和其他研究物件,正确引用数据,获取统计数据并探索连接。所有元数据都可自由访问和查看。DataCite 提供了一个集成的搜索界面,可以从数百万条记录中搜索、筛选和提取所有细节。该软件可用于跟踪与基金相关的数据,这点很重要,因为资助机构要求数据共享。此外,跟踪经费数据可以让资助机构更好地了解他们的资金所产生的影响。

  • Dryad:Dryad 是一个科学和医学论文数据储存库,让科研论文的数据可被发现,可自由重复使用和可引用。Dryad 可存储表格、电子表格、文本、视频、照片、软件代码和其他无储存库可保存的发表数据。Dryad 支持许多期刊的整合提交功能,因此当作者将数据与其发表的文章一起提交给 Dryad 时,数据的链接也会包含在发表的文章中。Dyrad 的目标用户是研究人员、期刊、科研协会、出版商、研究单位、图书馆和资助机构,因此具有广泛的知名度,并且数据库资源丰富。

  • Figshare:Fighare 是一个基于云计算网络的在线数字资源库,科研人员可以保存和分享他们的研究成果,包括数据、数据集、图像、视频、海报和代码,从而使得他们的研究,甚至包括初步研究,曝光并获得认可。由于 Fighare 遵循开放数据原则,用户可以自由访问数据和上传内容。因此,科研人员可以通过Fighare 公开他们的数据,Fighare 上的所有条目都有 DOI,方便引用。Fighare 还跟踪托管材料的下载统计,做为 altmetrics 的来源。

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