长久以来，在现代文化氛围中，由于无法满足实证科学的种种严格精确的标准，同时也无法给出其理论的易于理解的物质基础解释，中医的理论、诊断和疗法都被认为是纯经验的，不科学的，因此在现代医疗体系中处于补充和替代医疗地位。实际上，中医和西医虽然研究和处理的对象都是人体健康与疾病，但是它们的着眼点不同，指导思想和方法论都截然不同，加上细胞和分子水平的研究成果，可以说医学是个三维空间，中医、西医和分子生物学就是支撑这三维空间的三个向量。就好像同样是计算机科学，可以分为硬件科学、软件科学和计算机语言三个研究方向。下面 就是类比计算机科学与医学的空间组成，从而说明中医和西医，应该是医学中并存的两个重要方面，用西医的标准和哲学来要求中医是不合理的（无法用硬件的标准要求软件的设计和编写），用中医的哲学去批评西医也是缺乏理性的（有时软件手段并不能解决硬件问题）。二者之间的沟通必须借助于对二者哲学和方法论的深度理解，以及对细胞和分子水平现象和功能的基于中西医两种方法论的分析综合和有效利用。

基于还原论的现代西医学的人体模型分为四个层次。第一个层次是器官水平的结构，分为骨骼与肌肉、消化、淋巴、内分泌、循环与呼吸、神经、生殖、泌尿、免疫与表皮覆盖等系统。第二个层次是组织与细胞水平的结构，包括上皮组织、结缔组织、神经组织和肌肉组织四大类，分别由210种细胞和它们的分泌物组成的。第三个层次是构成人体的生化材料，往根本里说就是碳水化合物、氮与微量元素。照分子类别来讲包括蛋白质、多肽、核糖核酸、脱氧核糖核酸、核苷、多糖、脂类、矿物质、维生素等等。第四个层次就是由这些生物大分子和小分子所代表的生命的机制与密码例如DNA的复制与转录，蛋白质的翻译，遗传密码、基因组、蛋白组等等。

而对于蛋白质核酸等生物大分子的研究，开始于化学组成、 氨基酸序列、和空间结构等，逐渐过渡到研究一组蛋白或基因的复合作用，进而发展为蛋白组学、基因组学、表观遗传学和异位显性的研究。这些研究试图弄明白，身体中上百亿的大分子，是如何组织在一起，协调完成各种生命功能的，也就是在技术上想方设法弄明白不同细胞中各种大分子随各种条件（时间、环境、年龄、心理、生活习惯等等）不同而变化的现象是在揭示怎样的生命规律，读懂这些分子语言，能给医学带来重大革新，但这项任务本身，已经超越了机械还原方法论的能力范畴，逼着科学家们去寻求建立能服务于微观分子水平生命科学的整体论和系统论。这样从系统生物学出发，最终希望能建立整体化，动态化和个性化的生命分子医学。

而以宏观整体和动态功能为核心的中医理论，如果能够与身体的微观系统化生物模型互相验证，其科学性将得到证明，整个医学领域也将完善为真正的三维空间：硬（件）医学也就是现代西医学，分子语言学包括分子生物学和系统生物学等，还有以微观系统化生物体模型和中医理论为支柱的未来的软（件）医学，三方面研究会相互促进、共同发展，为人类提供更好的卫生医疗体系。

通过社会学分析方法在细胞分子基础上建立的微观系统化生物模型，与中医基础理论严丝合缝的吻合，将会使我们能够着手对中医的基础理论进行全面系统化的现代化研究。很多复杂疾病例如老年痴呆、高血压、中风等其病理机制可通过微观系统化生物模型直接由中医的宏观辩证转化为微观细胞分子水平的病机描述。使实验室的动态建模和观察成为可能。而不像在还原论的指导下，往往只能得到静态的观察结果，导致对一些复杂疾病机制的推理因果倒置的现象。因此在寻找治疗方法时会发生方向性错误，浪费大量的人力物力。

例如老年痴呆症（Alzheimer’s disease）的治疗，最初把病人大脑中淀粉样的蛋白聚体作为药物设计目标，以为能开发出阻止这些蛋白聚集的分子，就能治疗老年痴呆症。这是典型的机械还原论思维导致的错误。因为从中医角度辩证，淀粉样蛋白聚体的出现是老年痴呆症产生的结果，而不是原因。中医认为，老年痴呆是脾肾阴虚和肝血虚共同导致的结果。其中脾肾阴虚是根本原因。按照微观系统化化生物体模型与中医人体模型的对照，微观机制应该是细胞内的信息处理和生产制造中心（也就是中医的肾阴）衰老退化会导致在蛋白质的翻译过程中的质检纠错环节的功能被削弱，产生较多的错误蛋白。同时细胞内物流系统（也就是中医的脾阴）的老化使得在折叠和修饰环节有更多的错误蛋白产生，而且脾阴虚表示对错误蛋白的销毁环节也被削弱，大量的错误蛋白堆积，表示执行正常神经细胞思维和传导功能的蛋白质大分子缺乏，人的大脑正常功能和结构也就逐渐毁掉了。同时脾肾阴虚也就意味着肝（细胞外物流系统）制造不出足够的运载蛋白和得不到足够的养料（也就是肝血虚的状况），大脑得到的养分也受限，因此老年痴呆症必定是一个不断恶化的过程。而从此机制来看，发现一个能治疗这个病的化学单体的可能性为零。而中医治疗老年痴呆的疗效确切，能保持患者相当好的生活质量，延长存活时间。在全球进入老龄化的现代，老年痴呆的的医疗市场相当可观。无论是从经济方面考虑，还是从造福人类的角度考虑，推广中医疗法都是件很有意义的事。在全球推广中医疗法首先就要克服文化障碍，因此以微观系统化生物模型为基础，着手对中医的基础理论进行全面系统化的现代化研究，除了科学上的意义，更是中国式哲学思想的文化推广和宣传，是让中医融入世界主流文化的一种有效手段。。