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基因共表达模块可以预测肿瘤病人的生存、复发和耐药性

已有 5039 次阅读 2014-4-25 18:21 |系统分类:论文交流

Gene co-expression analysis identifies common modules related to prognosis and drug resistance in cancer cell lines. Int J Cancer. 2014

基因共表达网络分析鉴定和肿瘤预后及耐药性相关的模块


该文通过基因共表达分析方法,首次提取了917株癌症细胞株的基因共表达网络模块。这些模块在2158个癌症病人基因网络中是保守的。为验证这些模块是否真的具有临床意义,收集了11个独立的验证数据集,发现这些模块的确和生存、复发和转移相关。一些模块在特定肿瘤亚型中也可预后。当然,由于肿瘤本身有不同的特性,不同肿瘤可能被不同模块所预后。该研究首次利用基因模块表达和肿瘤细胞株耐药性进行关联,提取GDSCD数据库上百种细胞系的IC50数据后进行相关分析,发现Dasatinib耐药性和细胞周期模块相关,cisplatin耐药性和线粒体模块相关。而根据已知信息,推断耐药性可能和药物靶标的基因表达相关。


该研究的创新之处在于,已有的少数几个研究主要关注肿瘤组织的基因表达共性,而忽略了肿瘤组织所具有的异质性,如肿瘤微环境中的其他免疫细胞。本研究从肿瘤细胞株出发,鉴定出14个稳定的基因共表达模块,这些模块的确在组织中存在保守性。基因共表达模块简化了复杂生物系统,本研究首次将模块和耐药性关联,为化疗药物选择提供了理论依据。


最后,如同人的共性是衣食住行,缺一不可。这14个模块有1个发生异常也就可能导致肿瘤发生。该研究的初步结果值得进一步深入探讨和验证。



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