博文
- 基因名坑你没商量 -- 有关基因名的坑
- 基因 名字是我们日常数据分析、阅读文献中最常见的一类术语，以下根据自己工作经验探讨下基因名在生物信息学数据分析中常见的坑！ 坑 1 ：一个基因有两种名字 基因的名字分成两种： 一种是给计算机看的，也就是各种数据库中的基因 ID ，最常用的基因 id 数据库来源包括： Ensembl ， NCB ...
- 惊！来自NCBI GEO原始数据上传的一个“bug”！
- 现在发文章，如果使用了测序，芯片等技术，杂志社一般会要求你将原始数据上传到公共数据库中，以保证数据的真实性和可重复性，常见的公共数据库有： N CBI GEO （ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo ） EBI ENA （ https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/guides ） 中国自己的国家基因组科学 ...
- [转载]饼图也疯狂--论饼图的各种变体（甜甜圈，扇形，轨道，圈等）
- 饼图（ pie）是表示类别比例的一种最常见图形。生活中最常见的例子就是“披萨饼”。这种图，几乎不用解释就能秒懂。然而，随着人们对数据可视化的进一步研究，针对不同的数据和不同的关注点，饼图也出现了各种各样的变体。下面，让我们来了解下这些变体吧！ 1． 雷达图 将饼图中百分比的数值放在雷 ...
- [转载]零代码在线绘制上海疫情地图
- 受新冠疫情的影响，在写本文的时候， 笔 者所在小区已经封了20 天，感谢期间大白们辛苦采样做核酸，你们辛苦了！希望疫情赶快过去，加油上海！ 这段时间，每天关注上海发布新冠病例的数字，上线了上海疫情地图，用热图的形式来展示上海 1 6 个区的疫情情况。 1 , 打开上海疫情绘图页 ...
- [转载]Metaminer：TCGA新玩法，代谢亚型（metabolic subtypes）分类
- 引言：挖掘 T CGA 数据库的文章在 PubMed中有超过1 0000 篇，可以说基本被我们玩的差不多 了，什么肿瘤亚型，生存预后，免疫浸润，等等，在你找不到新思路的时候，不妨来看看这篇有关T CGA 代谢亚型分类的文章，支持在线查询哦！ The Cancer Genome Atlas (TCGA) 数据库是一个综合 ...
- [转载]Emeditor – windows平台最强文本编辑器，没有之一
- Windows平台有众多编辑器，我们最熟悉的就是windows自带的文本编辑器“记事本”。然后是各种其他编辑器，例如notepad，EditPlus等。综合多年经验，推荐一款windows平台最强文本编辑器 – Emeditor，没有之一，不服来辩！ 图1. EmEditor界面 图2. 15G文件 我就问你一句：高通量测序fastq文件 15G ...
- [转载]微生信在线绘制Pathway分类汇总图！
- KEGG Pathway 分析是文献中几乎必备的一项功能分析。在pathway富集分析中，我们一般关注的是输入基因富集到哪些通路，但是殊不知，这些通路还可以进行分类汇总。 在KEGG官网（ https://www.kegg.jp/kegg/pathway.html ）中，将通路分成了7类： 1. Metabolism （代谢） 2. Genetic Informa ...
- [转载]冬日送暖：美美的火山图，带基因标注哦
- 寒冷的冬季，一张美美的火山图，让你的心暖暖的！ 什么是火山图 火山图（Volcano Plot）是我们做芯片，RNA-seq等分析时常用的一种图，它能够清晰地展示显著上调和下调的基因，因作出来的图形如火山喷发（从0点开始往上，往两边扩散），故名。 例如图中，X轴一般表示log2的倍数变化（Cancer vs ...
- [转载]跟着“Science”做张24h 南丁格尔玫瑰图吧！
- “一切平面图形中，圆是最美的”！ -- 古希腊毕达哥拉斯学派 当你对毕业论文，研究报告中使用最多的柱状图出现审美疲劳时，不放将它“掰弯”，连成一个圆试试看，会给你耳目一新的视觉冲击，并且还不占空间。 例如在这篇题为“ Sleep-wake cycles drive daily dynamics of synaptic phosphorylation ”的 ...
- [转载]做个多面手，科研作图不求人（白话篇）！
- 提出问题： 该用什么软件、工具来作图？ 需要学习语言吗？ 别人做出来的图，高大上，我做出来的图，不忍直视？ 科研作图（这里主要指数据图）是我们发文章必需的一种技能。将复杂的数据用简单的图表呈现给读者是我们一直的追求。然而，做出一张漂亮的图，需要花费很多精力；做出一张 ...
