博文
- 使用ChIPSeeker进行ChIP-seq， ATAC-seq，cut&tag等富集峰的基因组注释
- 二代测序产生的数据类型 常规的下一代高通量测序（ next generation sequencing, NGS ）实验通常产生大量短片段 (reads) ，通常我们需要将这些 reads 比对到参考基因组 / 转录组上，即将它们置于生物学上有意义的基因背景下，才能获得有意义的结果。一般我们认为会产生两种类型的数据（当然两者并无严格意义 ...
- 如何判断bam文件是单端还是双端？
- 1，进入R，安装Rsamtools BiocManager::install(“Rsamtools”) 2，载入Rsamtools包 library(Rsamtools) 3，读取bam文件 testPairedEndBam(test.bam) 4，返回结果 若返回TRUE，则test.bam为双端；返回FALSE，则test.bam为单端 ...
- 如何查找“铁代谢”相关的基因？
- 铁（ iron）是人体必需的微量元素，存在于所有细胞中。除红细胞生成外，铁还参与各种生理和病理过程，例如氧气运输和储存、线粒体功能和免疫系统（Crielaard等，2017）。 铁缺乏（ i ron deficiency ）是一种常见的营养障碍（缺铁性贫血），影响全球约 1/3 的人（ Stoltzfus等，2001）。铁缺乏将会影响细 ...
- 将GO、Pathway富集结果整合在一张高颜值圆圈图上
- 富集分析是生物医学论文中非常常见的一类分析，例如G O 富集分析，Pathway富集分析等。其结果一般包括以下几个要素：1，名字（G O term或者K EGG description ）；2，该名字所包含的基因数目；3，该名字所包含的基因与进行富集分析的输入基因的重叠数目；4，富集的P值、F DR 值等。富集结果的常见绘图方式包括： ...
- 在线计算lncRNA-mRNA共表达相关系数，并使用cytoscape绘制共表达网络图
- 长链非编码 R NA(L ong noncoding RNA )是一类长度大于2 00 nt，不编码蛋白质的R NA 。 L ncRNA的功能多样，如图1所示，A：充当蛋白质和染色质的连接因子，引起染色质重构（chro matin remodeling ）； B：充当miRNA海绵；C：充当“sca ffold ”脚手架；D：与转录因子结合，引起转录激活；E： ...
- 免费在线绘制高颜值，带填充的连贯堆叠柱状图
- 堆叠柱状图是我们日常工作中经常使用的一类图形。然而当分类较多时，堆叠柱状图看起来不是那么清晰，通过添加额外的连线，可以增加堆叠柱状图的颜值，给人一种连贯的感觉，并且能够更好地观察数据比例的变化。 图1. 堆叠柱状图（带填充） 如图 1所示，这里展示了5个样品的m 6 A 甲基 ...
- 【CELL】compass利用单细胞转录组+流平衡分析预测细胞代谢状态，促进免疫细胞代谢研究
- 细胞代谢调控正常细胞功能以及多种疾病状态的病理生理。最近，免疫细胞代谢研究（ immunometabolism ）成为一个研究热点，揭示了包括抗病毒免疫、自身免疫和抗肿瘤反应在内的炎症代谢调节。然而，由于代谢网络的规模和复杂性，某个代谢的扰动（ perturbation ）能够产生级联效应 (cascade effects) 并改变代谢网络中 ...
- 在线绘制富集分析多组气泡图和单细胞分析marker基因矩阵气泡图
- 常规的 G O 或者 K EGG 通路富集分析结果通常以气泡图的形式展示，然而这个气泡图仅仅是一个比较的结果，如果想在一张图上展示多个比较的结果，就需要用到多组气泡图（图 1，左侧）。 单细胞 R NA-seq 分析结果中，矩阵形式的气泡图可以很好地展示 marker基因（X轴）在不同cluster（Y轴）中的表达 ...
- 使用reshape2 R包进行在线长数据和宽数据相互转化
- 数据是数据分析的基础。我们常见的数据一般存储在excel表格，或者txt文档中。今天我们来看看长数据和宽数据，以及如何进行两者之间的相互转换。 1．宽数据和长数据 宽数据 如图1所示，宽数据是我们最常见的数据存储形式，其中行是基因，列是样品，行和列的交叉点，就是某个基因在某个样 ...
- pyinstaller打包python脚本为exe可执行文件实例：错误排查小脚本
- 根据 T IOBE 全球编程语言排名， python是目前世界排名第一的编程语言。考虑到代码及数据的保密性，以及其他人电脑上可能没有装python环境，因此我们需要将自己编写的python脚本打包成exe格式的可执行文件发送给其他人使用。小编推荐一款名为py installer 的打包库，它可以将 .py 脚本打包成 .exe可执行文 ...
