AMAP -- 一个拟南芥全基因组突变检测流程

陈明杰 2019-5-28 07:29

现在可以使用高通量测序在全基因组水平上检测突变。然而，由于假阳性，确定突变是一个耗时的过程。 AMAP（automated mutation analysis pipeline，自动突变分析流程）克服了这个问题。它整合了一套验证的程序进行比对（BWA），去潜在PCR重复（Picard），重比对（GATK）和突变检测（SAMtools、GATK、Pindel、BreakDancer ...

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[转载]中文文案排版指北 -- 中英混杂，标点符号规范！

陈明杰 2019-5-16 08:46

空格 中英文之间需要增加空格 中文与数字之间需要增加空格 数字与单位之间无需增加空格 全角标点与其他字符之间不加空格 -ms-text-autospace to the rescue? 标点符号 不重复使用标点符号 全角和半角 使用全角中文标点 数字使用半角字符 遇到完整 ...

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[转载]Linnorm：改进的单细胞RNA-seq表达数据统计分析

陈明杰 2019-4-16 07:28

Linnorm是用于单细胞RNA测序（single cell RNA sequencing，scRNA-seq）数据分析的一个新的标准化和变换方法。Linnorm被开发以去除技术噪音，并同时保留scRNA-seq数据中的生物学变异，这样能够改进现有统计方法。 显示Linnorm在速度、技术噪音去除和细胞异质性保留中有优势，在新亚型发现，细胞伪时间顺序，聚类分析等 ...

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用图形展示miRNA-seq中检测到的miRNA和未检测到的miRNA

陈明杰 2017-9-13 22:13

例如miRBase中有2000个人类成熟miRNA，miRNA-seq检测到了1500个，未检测到的为500个。如何用图形表示呢？ 柱状图 饼图，例如 还有没有其他类型的图呢？ 相当于雷达图，饼图等的杂合，不拘泥于传统图片展示方式，又很好地说明了图的意思。令人耳目一新。 看着像两把扇子。 参 ...

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人生苦短，我用中文PubMed搜索文献

陈明杰 2017-8-2 12:50

中文PubMed ,3000多万篇中英文双语生物，医学文献检索平台。旨在翻译、分享生命科学、医学、药学等最新科技论文，提供文献检索、翻译、下载、评论等服务，打造中文 PubMed 文献数据库，用 最熟悉的中文 了解最新科技资讯，助力祖国科研！ 支持 中英文、拼音等搜索 ，并带有常见术语的划词解释， PubMed 内容纠 ...

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