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生物信息| 非编码RNA| 其他| 软件| 网站| python| 每日文章导读|

带临床数据的热图 -- 给样品添加TNM分期、年龄、性别、riskscore等信息: 陈明杰 2022-11-19 17:47; 聚类热图是生物医学论文中最常见的一类图。通常，一篇研究癌症预后、突变等类型的文章最终都会聚焦到几个或者十几个基因，然后利用这些基因的表达量绘制热图，并尽可能多地在图中展示样品的临床信息，例如T NM （ Tumor Node Metastasis ）分期、stage、性别、年龄、risk score 等。这时，我们需要在常规热图的 ...; 1660 次阅读|没有评论

使用DESeq2进行转录组原始count标准化和差异分析: 陈明杰 2022-11-14 11:50; 转录组测序完成后，一般我们会获得一个原始 read count表达矩阵，其中行是基因，列是样品。常用的差异分析工具包括limma、edgeR和DESeq 2 。DESeq 2 在测序领域使用最为广泛（google s cholar 引用高达4 3284 次，edge R 为2 8076 次）。小编今天给大家介绍下我们的在线D ES eq 2 差异分析模块 ...; 4327 次阅读|没有评论

实验送样、数据分析样品、组名命名规范、: 陈明杰 2022-11-13 17:14; 俗话说巧妇难为无米之炊，而样品就是 “米”，没有样品，就无法开展实验，无法获得数据，无法毕业，无法发文章。鉴于样品的重要性，非常有必要对样品进行详细且规范的记录，方便他人也方便自己。以下根据小编工作经验，并参考相关资料，总结下几个样品名、组名命名小技巧，欢迎补充！ 1，样品名唯一性 ...; 1536 次阅读|没有评论

利用m7Ghub数据库查询并使用iRNA-m7G软件预测RNA m7G修饰位点: 陈明杰 2022-11-1 23:36; 什么是 RNA m7G 甲基化？ m7G RNA 甲基化是在甲基转移酶的作用下，在鸟嘌呤（ G ）第七位 N 上加上甲基的一种化学修饰。 m7G 修饰是转录后调控中最常见的一种碱基修饰，广泛存在于 tRNA 、 rRNA 、以及真核生物 mRNA 的 5’ 帽子区，对维持 RNA 的加工代谢、稳定、出核 ...; 1819 次阅读|没有评论

数据为什么要进行log2转化，倍数变化（fold change）为什么要求个log2FC？: 陈明杰 2022-10-24 13:09; 今天是 2 022 年 1 0 月 2 4 日，首先祝所有程序员们（会写、会看代码的都算）节日快乐！ 1024是2的十次方，二进制计数的基本计量单位之一。做生信分析的小伙伴就像是一个个 1024，用最低调、最踏实、最核心的功能模块将计算机程序应用到生命科学中，促进科学发展。 1G=1024M，而1 ...; 10163 次阅读|没有评论

KEGG Pathway通路二级分类汇总，轻松找到感兴趣的通路: 陈明杰 2022-10-22 14:11; 做完通路富集分析，拿到几十条富集通路后，我们经常会寻找与 “某关键词”相关的通路。例如与癌症相关的通路，与免疫相关的通路，与代谢相关的通路等等。单纯从名字来看，面对几十甚至上百个英文通路名，一时半会还真分不清。今天，给大家带来一款实用的K EGG Pathway通路汇总小工具。使用这款工具，我们可以快 ...; 12280 次阅读|没有评论

画饼画到世界地图上：按比例呈现多组数据: 陈明杰 2022-10-17 14:50; 地图是数据可视化的一部分，做群体遗传学、动物学、植物学、微生物学等的朋友经常用到世界地图，比如绘制不同小麦品种的世界分布。一般情况下，我们根据经纬度将数据标注在地图上，然而有些时候，我们会需要更高级的标注，例如数据点带有分类和数值属性时，需要将数据点拆分成饼图，让数据内部的比例也呈现出来。饼图 + ...; 1545 次阅读|没有评论

Cytoscape网络图2D转3D插件cy3d: 陈明杰 2022-10-16 10:25; C yto scape 是我们日常数据分析中最常用的网络图绘制神器。今天小编给大家推荐一款2D转3D插件 -- cy 3d 。图1 . 3 D网络图 Cy 3d 安装 Cy toscape 插件的安装非常简单。打开 C ...; 1458 次阅读|没有评论

使用ETE python包让系统发育树（进化树）和多重序列比对（MSA）“同框”: 陈明杰 2022-10-4 18:00; 我们可以从不同物种的蛋白质、 DNA 或者 RNA 序列的多重序列比对（ Multiple sequence alignment ， M SA ）结果中推断出序列的同源关系，然后以系统发育树（进化树）的方式展示物种进化关系。 1 ）序列的数量不能太多。一般 10-15 条 2 ）序列的亲缘关系不能太远。两两之间序列相似度低于 ...; 3098 次阅读|没有评论

微生信喊你升级motifStack了: 热度 1 陈明杰 2022-9-27 10:28; 什么是motif？在DNA或蛋白的同源序列中，不同位点的保守程度是不一样的，一般来说，对DNA或蛋白质功能和结构影响比较大的位点会比较保守，其它位点则不是很保守。这些保守的位点就称为“模体（motif）”。 Motif展示最简单的是使用consensussequence表示，例如m6A的motif，RRACH。 ...; 2049 次阅读|1 个评论热度 1

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