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[转载]pLoc-mAnimal -- 以单位点和多位点预测动物蛋白质的亚细胞定位

已有 2518 次阅读 2019-6-2 10:35 |个人分类:网站|系统分类:科研笔记| 亚细胞定位, 蛋白质序列 |文章来源:转载

细胞的许多重要功能以及它们的生长和繁殖是通过位于不同细胞器或位置的蛋白质分子执行的。面对蛋白质序列的指数增长,开发快速且有效的注释蛋白质亚细胞定位的方法是有挑战性的。

越来越多的证据已经表明蛋白质能同时存在于两个或多个不同的亚细胞位点,或者在它们之间移动。不幸的是,大部分现有计算方法仅能处理单标记蛋白质。尽管最近开发的iLoc-Animal预测器是非常强大的,也能够处理具有多个位点的动物蛋白质,但是它的预测质量需要改善,特别是在增强绝对真实率和降低绝对误判率上。

pLoc-mAnimal预测器优于iLoc-Animal。在相同高质量基准测试数据集上,与最新预测器相比,新预测器的绝对真实成功率高37%,绝对误判率低4倍。

输入:蛋白质序列



输出:亚细胞定位



该蛋白可能定位于(1) acrosome 顶体

20种亚细胞位置

(1) acrosome 顶体               (2) cell cortex 细胞皮层

(3) cell membrane 细胞膜    (4) centriole 中心粒

(5) centrosome 中心体         (6) cytoplasm 细胞质

(7) cytoskeleton 细胞骨架    (8) endoplasmic reticulum 内质网

(9) endosome 核内体           (10) extracellular space 细胞外隙

(11) Golgi apparatus 高尔基体    (12) lysosome 溶酶体

(13) melanosome 黑素体     (14) microsome 微粒体

(15) mitochondrion 线粒体  (16) nucleus 细胞核

(17) peroxisome 过氧化物酶体    (18) plasma membrane 质膜

(19) spindle 纺锤体        (20) synapse 突触

网址:http://www.jci-bioinfo.cn/pLoc-mAnimal/

时间:20170724

参考:pLoc-mAnimal: predict subcellular localization of animal proteins with both single and multiple sites




https://blog.sciencenet.cn/blog-707141-1182570.html

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