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[转载]VASPKIT软件介绍

已有 12137 次阅读 2018-11-6 17:11 |个人分类:VASP|系统分类:科研笔记| VASPKIT |文章来源:转载

VASPKIT软件介绍

原创: 许楠 计算化学ZJU 今天


1. VASPKIT简介

VASP的全称Vienna Ab-initio Simulation Package,是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。它是目前材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商用软件之一。与Material Studio软件包中的CASTEP功能类似,但是VASP的精度相对要高一点。不同于CASTEP的图形界面,VASP是一套没有界面的计算软件,建模、可视化、数据分析都需要依赖第三方工具如P4VASP、ASE、Pymatgen、VESTA软件等。VESTA、P4VASP主要是用来建模、可视化和分析部分数据。而ASE、Pymatgen这些软件擅长于数据处理,但是安装比较麻烦,同时入门门槛比较高,需要使用者有一定的编程水平。VASP用户的学科分布很广,有做催化的,有做光学的,有做材料的,各个领域的数据后处理方式大相径庭。很多用户开发并贡献了自己所在领域用到的的脚本或者小程序,本人就开发了一款用来处理结构文件的POSCARtookit脚本。但是对于新用户来说,找到并成功使用这些脚本是不太容易的。因此一款容易上手、功能强大的预-后数据处理软件VASPKIT应运而生。
最新版的VASPKIT是王伟老师、许楠、刘锦程,唐刚和李强共同努力的成果。我作为贡献者近期参与了VASPKIT项目的维护与开发工作,后期将会和诸多开发者一起增加催化相关的功能。VASPKIT release 版本是一款用FORTRAN编写,在LINUX环境下运行的二进制软件。它几乎不依赖于其他库,软件体积仅仅4.5M,无需安装即可使用,同时EXAMPLES目录下面有主要功能的测试例子,方便用户学习使用。

主要功能有:1.生成不同计算任务的INCAR文件  2.结构对称性查找 3.生成倒空间K点网格 4.生成晶体的能带路径(包括杂化泛函),并处理能带数据 5.处理态密度DOS和投影态密度PDOS 6.处理电荷密度、静电势,绘制是空间波函数 7.其他功能,比如热力学量校正(新增),光学、分子动力学、导电率和半导体方面的小工具。

2. VASPKIT的配置和使用

vaspkit是一款运行在LINUX环境下的软件,为了确保能够使用vaspkit的完整功能。用户可以配置vaspkit的环境目录,在下一次运行时生效。通过在bash终端下运行以下命令将环境变量文件复制到用户目录下。

cp how_to_set_environment_variable ~/.vaspkit

并编辑.vaspkit文件

vi ~/.vaspkit

该配置文件主要用来设置vaspkit的环境变量,包括VASP版本信息,赝势库的目录,泛函方法的选择,并选择是否按照VASP官方的推荐生成元素的赝势文件,设置生成的INCAR模板是覆盖、追加还是备份原有的INCAR。

# cp how_to_set_environment_variable ~/.vaspkit and modify the ~/.vaspkit file based on your settings!    
VASP5                    .TRUE.             # .TRUEor .FALSE.; Set .FALSEif you are using vasp.4.x 
GGA_PATH                 '~/POTCAR/GGA'     #  Path of GGA potential. 
PBE_PATH                 '~/POTCAR/PBE'     #  Path of PBE potential. 
LDA_PATH                 '~/POTCAR/LDA'     #  Path of LDA potential. 
POTCAR_TYPE               PBE               #  PBE, GGA or LDA; 
GW_POTCAR                .FALSE.            # .TRUEor .FALSE.;
RECOMMENDED_POTCAR       .TRUE.             # .TRUEor .FALSE.; 
SET_FERMI_ENERGY_ZERO    .TRUE.             # .TRUEor .FALSE.;  
SET_INCAR_WRITE_MODE     OVERRIDE           #  OVERRIDE, APPEND,BACK-UP-OLD,BACK-UP-NEW

设置好POTCAR的目录和完成一些其他的设置后,就可以启动vaspkit了。
为了方便,可以将vaspkit的绝对路径加入到环境变量里,如果是LINUX的用户,可以这样操作:

echo 'export PATH=$PATH:/home/vaspkit.0.70/bin/vaspkit' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

其中/home/vaspkit.0.70/bin/vaspkit用自己的vaspkit绝对路径替代。
在终端直接输入vaspkit或者/home/vaspkit.0.70/bin/vaspkit开始运行vaspkit程序。不出意外,你将会得到一个与我展示的一致的界面:

 +---------------------------------------------------------------+
 |             VASPKIT Version: 0.70 (06 Nov. 2018)              |
 |       A Pre- and Post-Processing Program for VASP Code        |
 |       Official Website: http://vaspkit.sourceforge.net        |
 |            Developed By Vei WANG (wangvei@me.com)             |
 |            Contributor: Nan XU (tamas@zju.edu.cn)             |
 +---------------------------------------------------------------+
 ===================== Structural Options ========================
 1)  Customize INCAR File          2)  Elastic-Constant Calculator
 3)  Poscar2other Toolkit          4)  Build Supercell
 5)  Equation-of-State Fitting     6)  Structure Toolkit
 7)  K-Mesh Generator              8)  Band-Path Generator

 ===================== Electronic Options ========================
 11) Total Density-of-States       12) Projected Density-of-States
 21) Band-Structure                22) Projected Band-Structure
 233D Band-Structure             25) Hybrid-DFT Band-Structure
 26) Fermi-Surface Calculator

 =========== Charge & Potential & Wavefunction Options ===========
 31) Charge Density                32) Spin Density
 33) Spin-Up & -Down Density       34) Charge-Density Difference
 41) Planar-Average Charge-Density 42) Planar-Average Potential
 51) Real-Space WaveFunction Plot

 ====================== Misc Utilities ===========================
 71) Linear Optics                 72) Molecular-Dynamics Toolkit
 73) VASP2BoltzTraP Interface      74) Energy-Related Toolkit
 91) Semiconductor Calculator      922D-Materials Toolkit

 0)  Quit
 ------------>>

如果出现以下问题,说明你的LINUX运行依赖库版本太低,需要升级(不建议),可以联系开发者获得在低版本LINUX环境下编译的版本。

vaspkit: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.14' not found (required by vaspkit)

如果出现-bash: line 7: ./vaspkit: Permission denied权限问题,只需赋予vaspkit执行权限即可:

chmod u+x /home/vaspkit.0.70/bin/vaspkit

3. VASPKIT的子功能介绍

本教程将介绍使用vaspkit生成VASP的输入文件和很多用户关心的能带计算及热力学量校正功能,能带计算包含了使用普通泛函和杂化泛函两个例子,而热力学量校正主要计算零点振动能及温度对自由能和焓的贡献。

3.1 VASP输入文件的生成

为了成功运行VASP计算任务,我们至少需要4个文件:INCAR、POSCAR、POTCAR及KPOINTS,INCAR是告诉 VASP算什么任务,怎么算的控制文件;POSCAR是包含晶格信息,原子坐标信息和原子速度信息(MD用)的文件;POTCAR是赝势文件,也就是将内层电子用势函数表示;KPOINTS(可包含在INCAR内,不推荐省略)包含了倒易空间内K点信息,波函数会在这些点上积分得到电荷密度。POSCAR一般由软件生成或者从数据库中获得,简单体系可自己搭建。比如从数据库(COD)中获得磷化镓的CIF文件后,可以通过VTST脚本cif2pos.pl或者VESTA转化成POSCAR文件(原子位置分数占据的问题需要注意)。接下来优化的原子坐标得到稳定的结构,我们采用vaspkit预设的INCAR组合生成所需的INCAR文件。在有POSCAR的目录下运行vaspkit,输入1选择功能Customize INCAR File,会得到以下的显示信息:

 +-------------------------- Warm Tips --------------------------+
                You MUST Know What You Are Doing
  Some Parameters in INCAR File Neet To Be Set/Adjusted Manually
 +---------------------------------------------------------------+
 ======================== INCAR Options ==========================
 ST) Static-Calculation            SR) Standard Relaxation
 MG) Magnetic Properties           SO) Spin-Orbit Coupling
 D3) DFT-D3 no-damping Correction  H6) HSE06 Calculation
 PU) DFT+U Calculation             MD) Molecular Dynamics
 GW) GW0 Calculation               BS) BSE Calculation
 DC) Elastic Constant              EL) ELF Calculation
 BD) Bader Charge Analysis         OP) Optical Properties
 EC) Static Dielectric Constant    PC) Decomposed Charge Density
 FD) Phonon-Finite-Displacement    DT) Phonon-DFPT
 NE) Nudged Elastic Band (NEB)     DM) The Dimer Method
 FQ) Frequence Calculations        LR) Lattice Relaxation

 0)   Quit
 9)   Back
 ------------>>
 Input Key-Parameters (STH6D2 means HSE06-D2 Static-Calcualtion)

由于进行能量弛豫任务,故输入SR,就会得到一个预设好的用于做弛豫任务的INCAR(有些模板需要手动修改。比如DFT+U的U值设定,NEB的IMAGES数目等)。如果已经有INCAR文件,则原来的INCAR文件会被覆盖。你可以编辑~/.vaspkit更改INCAR的写出设置。只需将最后一行的SET_INCAR_WRITE_MODE由默认的override更改为 append,back-up-old,back-up-new中的一个,分别对应于新的内容增加到原有的INCAR后面,备份原有的INCAR再写入新的INCAR和写入到新的INCAR.new里面。
接下来生成KPOINTS文件。对于非能带计算,只需用程序自动撒点的方式,但是需要用户选择撒点方式和K点密度。具体内容可以参考李强的教程Learn VASP The Hard Way (Ex1): VASP基本输入文件的准备。启动vaspkit,输入7选择功能K-Mesh Generator,接下来输入2选择Gamma Scheme撒点方式(稳妥的选择),会得到以下的显示信息:

-->> (1) Reading Lattices & Atomic-Positions from POSCAR File...
 +-------------------------- Warm Tips --------------------------+
   * Accuracy Levels: (1Low: 0.06~0.04;
                      (2Medium: 0.04~0.03;
                      (3Fine: 0.02-0.01.
                      (4) Gamma-Only: 0.
   * 0.04 is Generally Precise Enough!
 +---------------------------------------------------------------+
 Input KP-Resolved Value (unit: 2*PI/Angstrom):
 ------------>>

根据提示0.04已经足够精确了,因此输入0.04,将会得在当前目录下得到KPOINTS和POTCAR文件。

 -->> (2) Written KPOINTS File!
 -->> (3) Written POTCAR File with the Recommended Potential!

KPOINTS内容如下:

K-Mesh Generated with KP-Resolved Value : 0.040
0
Gamma
   8   8   8
0.0  0.0  0.0

Learn VASP The Hard Way Ex19 谁偷走的我的机时?(三)提到了一个简单的K点数目判断准则,对于半导体k点数目乘实空间对应晶矢量大于20Å(参考下图),本例中ka=21.802Å已经符合经验规律。刘锦程提到对于非正交体系 ,倒格矢长度和晶常数不满足反比关系,所以采用ka≈kb≈kc的经验准则并不能保证 K点密度在各个方向长相等。而vaspkit严格计算了倒空间晶格矢量比例,因此使用vaspkit就能根据所选的K点密度自动生成各个方向的K点数。


生成KPOINTS的同时,会根据POSCAR中的元素类型从赝势库中提取并组合生成POTCAR,前提是你在~/.vaspkit里正确设置了PBE_PATH的路径,并根据POTCAR_TYPE选择是生成GGA-PW91、LDA还是PBE的赝势。值得注意的是提示信息Written POTCAR File with the Recommended Potential!,意味着vaspkit根据VASP官网的推荐从PBE的赝势库中选择赝势http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/Recommended_PAW_potentials_DFT_calculations_using_vasp_5_2.html。
PBE的赝势分为几种,无后缀、_pv,_sv,_d 和数字后缀,_pv,_sv,_d 就是说semi-core的p,s或者d也当做价态处理了。因为有些情况下,次外层电子也参与了成键。刘锦程提到进行Bader电荷分析时,需要采用带_pv,_sv的赝势。特别的官网提到Important Note: If dimers with short bonds are present in the compound (O2 , CO, N2 , F2 , P2 , S2 , Cl2 ), we recommend to use the _h potentials. Specifically, C_h, O_h, N_h, F_h, P_h, S_h, Cl_h.常用的做法是:用两种赝势测试一下对自己所关心的问题的影响情况。在影响不大的情况下,选用不含后缀的赝势,毕竟包含更多的价电子,截断能上升很多,计算量明显增大。
为了取得有意义的结果,需要满足INCAR中的ENCUT大于POTCAR中的所有元素的ENMAX。通过以下命令可以查看所有元素的ENMAX:

grep ENMAX POTCAR

可以看到默认的INCAR参数中ENCUT=400eV被注释掉了,但是保留了PREC   =  Normal,程序会自动将ENCUT设为max(ENMAX)。当然也可以自行设置ENCUT参数,只要参数大于所有元素的ENMAX,这时候以自己设定的ENCUT参数为准。注意在优化晶胞常数时,需要用较高的ENCUTLearn VASP The Hard Way (Ex36):直接优化晶格常数),因此LQ任务(优化晶格常数)模板生成的INCAR中默认设置了PREC=High,程序会自动将ENCUT设为max(ENMAX)*1.3

3.2 能带计算

能带计算的KPOINTS与普通计算的KPOINTS不一样,通常需要第一布里渊区内的一条或几条高对称点路径来计算能带性质。  传统的做法是通过SeeK-Path网站(https://www.materialscloud.org/tools/seekpath/)或者Material Studio软件获得晶体倒易空间第一布里渊区内的高对称点,再通过脚本插值生成高对称点路径上的K点,得到满足要求的KPOINTS。好消息是新版的VASPKIT集成了与SeeK-path一致的算法分析晶体的高对称点,可以方便地生成PBE泛函和HSE06杂化泛函所需的KPOINTS。
vaspkit.0.70/examples/hybrid_DFT_band目录下有一个使用HSE06杂化泛函计算磷化镓的能带结构的例子。同样也可以使用PBE泛函计算该磷化镓结构的能带,只是普通的PBE泛函会低估带隙。为了计算能带,首先得获得晶体的第一布里渊区内的一条或几条高对称点路径。在有POSCAR的目录下运行vaspkit,输入8选择功能Band-Path Generator,在下一个界面输入3选择3D bulk structure (Experimental),你会得到以下信息:

 +-------------------------- Warm Tips --------------------------+
         See An Example in vaspkit/examples/seek_kpath.
 This Feature Is Experimental & Check Your System with SeeK-Path.
 For More details See [www.materialscloud.org/work/tools/seekpath].
 +---------------------------------------------------------------+
 -->> (1) Reading Lattices & Atomic-Positions from POSCAR File...
 +-------------------------- Summary ----------------------------+
                           Prototype: AB
           Total Atoms in Input Cell:   2
     Lattice Constants in Input Cell:   3.854   3.854   3.854
        Lattice Angles in Input Cell:  60.000  60.000  60.000
       Total Atoms in Primitive Cell:   2
 Lattice Constants in Primitive Cell:   3.854   3.854   3.854
    Lattice Angles in Primitive Cell:  60.000  60.000  60.000
                      Crystal System: Cubic
                       Crystal Class-43m
                     Bravais Lattice: cF
            Extended Bravais Lattice: cF2
                         Space Group216
                         Point Group31 [ Td ]
                       International: F-43m
                 Symmetry Operations:  24
                    Suggested K-Path: (shown in the next line)
 [ GAMMA-X-U|K-GAMMA-L-W-X ]
 +---------------------------------------------------------------+
 -->> (2) Written PRIMCELL.vasp file.
 -->> (3) Written KPATH.in File for Band-Structure Calculation.
 -->> (4) Written HIGH_SYMMETRY_POINTS File for Reference.
 +---------------------------------------------------------------+
 |                         * DISCLAIMER *                        |
 |        CHECK Your Results for Consistency if Necessary        |
 |   Bug Reports and Suggestions for Improvements Are Welcome    |
 | Citation of VASPKIT Is Not Mandatory BUT Would Be Appreciated |
 +---------------------------------------------------------------+

VASPKIT会分析晶体的对称性并得到两条建议的能带路径[ GAMMA-X-U|K-GAMMA-L-W-X ],同时生成了晶体的单胞结构PRIMCELL.vasp,并生成了KPATH.in用于能带结构计算。KPATH.in的第二行数字表示了每小段路径中插值的K点的数目,如果默认的数值都算不动的话,可以考虑将其设小。能带路径只针对于primitive cell,因此需要执行下面的命令,用生成的primitive cell作为计算的结构文件。

\cp -f PRIMCELL.vasp POSCAR

下图展示的是磷化镓的primitive cell和其第一布里渊区的高对称点位置,由SeeK-path网站生成。

PBE泛函计算能带

PBE泛函计算能带分为两步,第一步使用普通K点网格(主功能7)进行自洽计算 ,然后重启vaspkit,输入1选择Customize INCAR File功能,输入ST,生成静态自洽的INCAR。本例中ISMEAR=0,即Gaussian Smearing方法,如果是金属体系可以选择换成ISMEAR=1。接着调用VASP计算。第二步:使用KPATH.in里的高对称点信息作为新的KPOINTS,然后读入电荷CHGCAR进行能带非自洽计算,即:

\cp -f KPATH.in KPOINTS
echo "ICHARG=11" >> INCAR

也就是读入上一步生成的CHGCAR并保持不变,调用VASP计算。
待第二步完成后,通过功能21从能量本征值文件中读入能带结构。

HSE06杂化泛函计算能带

杂化泛函相比于PBE泛函和DFT+U方法,在计算带隙方面很有优势,但是HSE06的杂化泛函需要KPOINTS里既有权重不为0的K点进行自洽计算,又要求有权重为0的高对称点计算能带性质。因此操作流程颇为繁琐。
重启vaspkit,输入25选择功能Hybrid-DFT Band-Structure,在下一个界面输入251选择Generate KPOINTS File for Hybrid Band-Structure Calculation。再输入1选择Monkhorst-Pack Scheme用MP方法生成自洽用的K点网格并根据建议输入0.04选择较密的K点密度(权重不为0的K点)即可生成HSE06计算所需要的KPOINTS。
因为HSE06计算非常耗时,因此本例中采用两步法加速收敛,当然也可以跳过第一步直接用HSE06进行自洽。第一步:使用PBE泛函产生波函数和电子密度,第二步:保持KPOINTS不变,读入波函数进行HSE06计算。
利用功能Customize INCAR File生成第一步PBE自洽需要的INCR。重启vaspkit,输入1选择Customize INCAR File功能,输入ST,生成静态自洽的INCAR。本例中ISMEAR=0,即Gaussian Smearing方法,如果是金属体系可以选择换成ISMEAR=1。调用VASP计算,待自洽完成后执行第二步HSE06计算。重启vaspkit,输入1选择Customize INCAR File功能,输入STH6,生成HSE06计算所需要的INCAR。再次调用VASP计算后,就完成了HSE06的自洽计算。
接下来使用vaspkit提取能带数据,并输出高对称点在能带图中的坐标信息。输入25选择功能Hybrid-DFT Band-Structure,在下一个界面输入252选择Read Band-Structure for Hybrid-DFT Calculation处理能带数据。处理结果如下所示:

 -->> (1) Reading Input Parameters From INCAR File...
 -->> (2) Reading Fermi-Level From DOSCAR File...
 -->> (3) Reading Energy-Levels From EIGENVAL File...
 -->> (4) Reading Lattices & Atomic-Positions from POSCAR File...
 -->> (5) Reading K-Paths From KPATH.in File...
 -->> (6) Written BAND.dat File!
 -->> (7) Written BAND-REFORMATTED.dat File!
 -->> (8) Written KLINES.dat File!
 -->> (9) Written KLABELS File!

BAND-REFORMATTED.dat是我修改后生成的能带信息,格式如下所示,第一列是K-PATH,相邻的距离为高对称点在倒空间的距离,第二列,第三列等即为所需的不同的能带线。如果开了自旋,第二列和第三列为能带1的spin up和spin down,以此类推。将dat文件拖入Origin软件后,即可得到能带图。

Kpath    Energy-Level (in eV)
       0.00000     -20.67711     -19.12020     -19.03327  
       0.07227     -20.66779     -18.93770     -19.03277  
       0.14454     -20.63874     -19.02325     -19.03142  
       0.21680     -20.59133     -19.66623     -19.02948  

KLABELS是通过我参与修改的读取能带标识的子模块生成的。通过读取KPATH.in(PBE能带计算时为KPOINTS)高对称点后标识,写入KLABELS文件。
KPATH.in文件内容如下:

Generated by VASPKIT based on Hinuma et al.'s Paper, Comp. Mat. Sci. 128, 140 (2017), DOI: 10.1016/j.commatsci.2016.10.015.
   10
Line-Mode
Reciprocal
   0.0000000000   0.0000000000   0.0000000000     GAMMA          
   0.5000000000   0.0000000000   0.5000000000     X              

   0.5000000000   0.0000000000   0.5000000000     X              
   0.6250000000   0.2500000000   0.6250000000     U              

   0.3750000000   0.3750000000   0.7500000000     K              
   0.0000000000   0.0000000000   0.0000000000     GAMMA          

   0.0000000000   0.0000000000   0.0000000000     GAMMA          
   0.5000000000   0.5000000000   0.5000000000     L              

   0.5000000000   0.5000000000   0.5000000000     L              
   0.5000000000   0.2500000000   0.7500000000     W              

   0.5000000000   0.2500000000   0.7500000000     W              
   0.5000000000   0.0000000000   0.5000000000     X   

KLABELS文件如下:

K-Label    K-Coordinate in band-structure plots 
GAMMA              0.000
X                  1.153
U|K                1.560
GAMMA              2.783
L                  3.781
W                  4.597
X                  5.173

因为路径分了两条,所以能带图中第二个高对称点位置的标识为U|K
用户在Origin软件中处理了BAND-REFORMATTED.dat后,需要按照KLABELS文件中的位置在能带图中标识高对称点位置。下一版本的版本将会加入生成绘制能带图的python脚本的功能,需要用户安装了Matplotlib库。下一版本的彩蛋:例子里有一个band_plot.py脚本,只要执行这个python脚本,就能在文件夹下生成一个band.png,即为程序自动绘制的能带图,如下图所示。


3.3 热力学量校正

众所周知,VASP计算的是在体系在0K下的电子能量,没有考虑温度的贡献。吉布斯自由能的计算可以参考教程Learn VASP The Hard Way (Ex68) 频率,零点能,吉布斯自由能的计算Learn VASP The Hard Way (Ex69) 表面吸附物种熵的计算,系列教程可以在群217821116下载到PDF版本。本模块的原理正是基于此教程,由许楠、李强和刘锦程贡献。以/vaspkit.0.70/examples/thermo_correction为例。下图展示的是在氧气在磷掺杂的石墨烯上的解离吸附的过渡态(Carbon, 2016, 105:214-223.),图片用VESTA软件可视化。为了求得温度的贡献,需要进行振动分析(IBRION=5),为了节省计算资源,只有P、O原子放开,而C原子固定住,在计算Energy Profile时,需要对其他体系做振动分析,保持放开的原子一致。


启动vaspkit,输入74选择功能Energy-Related Toolkit,在下一个界面输入741选择Vibrational Contribution。紧接着提示Please Enter The Temperature (K):,输入常温298.15K,屏幕会输出以下信息:

 +-------------------------- Warm Tips --------------------------+
       See An Example in vaspkit/examples/thermo_correction.
 This Feature Was Contributed by Nan XU, Qiang LI and Jincheng LIU.
 Only vibrations! No Translation & Rotation & Electron contribitions.
 +---------------------------------------------------------------+
 Please Enter The Temperature (K):

 ------------>>
298.15
 -->> (1) Reading OUTCAR File...
 +-------------------------- Summary ----------------------------+
 H = E_DFT + E_ZPE + E_H + (nRT = n* 0.0256926  if in gas phase)
 G = H - TS = E_DFT + E_ZPE + E_H - T*S

 Temperature (K): 298.1
 Entropy (eV/K):  0.0005
 Entropy contribution T*S (eV):  0.1541
 Enthalpy contribution E_H (eV):  0.0858
 Zero-point energy E_ZPE (eV):  0.1944
 Total energy at Zero K (eV) :   -159.3511
 Gibbs free energy at 298.1 K (eV) :   -159.2250
 +---------------------------------------------------------------+
 +---------------------------------------------------------------+
 |                         * DISCLAIMER *                        |
 |        CHECK Your Results for Consistency if Necessary        |
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 | Citation of VASPKIT Is Not Mandatory BUT Would Be Appreciated |
 +---------------------------------------------------------------+

298.15K下体系的吉布斯自由能由以下公式给定:

H = E_DFT + E_ZPE + E_H + (nRT = n* 0.0256926  如果体系处于气相状态还需加上nRT)
G = H - TS = E_DFT + E_ZPE + E_H - T*S     
E_DFT为体系在0K下的静态电子能量。本例中体系在298.15下的自由能为-159.2250 eV。要记住的是DFT计算中绝对能量没有意义,只有相对能量才make sense。

4. VASPKIT的引用和手册

现阶段VASPKIT的手册不是太完善,开发者正在努力开发。但是可以在以下QQ群里(364586948,217821116)找到开发者交流,欢迎大家使用VASPKIT,并及时反馈BUG。VASPKIT的下载地址:http://vaspkit.sourceforge.net/?page_id=7 ,最新版会发布在以上两个群里和我的Github Repository (https://github.com/tamaswells/VASP_script)。引用参考: Wang, V. VASPKIT. "a Post-Processing Program for the VASP Code." (2013).




http://blog.sciencenet.cn/blog-695784-1144862.html

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