jModeltest一直都是用ML法做系统进化树筛选核苷酸替换模型的不二软件。该软件使用起来相当简单，但是运算参数的调整决定着你是否能得到最合适的进化树。如何判断哪个模型是最合适的呢？首先要从参数所代表的意义说起：

1.准备好你要用的DNA序列。下载jmodeltest 2.1.5，这是最新版本，在2014年4月份更新的。如果你用的windows,双击打开jmodeltest.jar.File>DNA alignment>你的序列

2.Analysis > Compute likelihood scores

这一步有几个需要设置的参数。

+F 是否需要测量不恒定碱基频率（unequal base frequencies）

+I 是否检测不变位点（Invariate sites）

+G 位点间变化的离散Gamma分布

因为我要用的是最大似然法建树，我直接选了ML optimized作为base tree.其他的大家可以根据自己的需要进行选择。具体请参见以下链接。

然后开始计算。

这里有几个标准可以采用——AIC,BIC,DT,AICc。用最大似然法建树时一般采用AIC标准，用贝叶斯法建树时一般采用BIC标准（各个标准的解释请见维基百科，AICc实际上比AIC要好，取决于DNA长度）。AICc是对AIC的二级校正，尤其是当DNA序列较短时。序列越长，AICc的结果越接近AIC。

3. 因为我要用ML，这里以AIC为例。Analysis>Do AIC calculations.把AICc correction打钩，其它的采用系统设置。

4.Results > Show results table。选择AIC栏，Delta值最小的即为最合适的替代模型。一般会呈红色。

5.最后jmodeltest还可以根据各个模型的权重做出一致树。这部分依赖于phylip。

http://blog.csdt/jiuyizhizhu/article/details/5898013

 http://evomics.org/learning/phylogenetics/jmodeltest/

 http://mbe.oxfordjournals.org/content/25/7/1253.full

http://blog.sciencenet.cn/blog-491564-667261.html