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PopLDdecay: 基于 VCF 文件的快速、高效计算连锁不平衡的工具 2019-03-20
01 — 2018 年 10 月 15 日,Bioinformatics 杂志上在线发表了 PopLDdecay 软件,用于分析连锁不平衡的衰减(Linkage disequilibrium (LD) decay)。PopL ...
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利用 Chrome 浏览器提取 PDF 文档 2019-03-04
PDF 文档的使用范围很广,但有的时候需要提取 PDF 文档却茫然无所适从。Adobe Acrobat Pro 是一个专业处理 PDF 文档的工具,可以方便地实现这一功能,但因其较 ...
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安装 MareyMap 软件 2019-01-31
MareyMap 是一个基于 R 语言的有图形界面的用于估计基因组重组率的软件( Rezvoy et al, 2007 )。具体安装环境为,操作系统版本 OS X Yosemite (10.10.4);R ...
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安装 Picard 软件 2019-01-31
操作系统为 CentOS 6.5。 首先,从 Github 网站上下载最新版本的  Picard  软件包。看到 Picard 需要的 Java 版本为 1.8,而服务器的 Java 版本太低 ...
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Extract unmapped read pairs from a bam file 2019-01-31
The command  samtools fastq  will directly convert a bam file to fastq files. Combining with the filter parameter, we could output unmapped ...
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Overlapping variants called by GATK HaplotypeCaller 2019-01-31
Recently, I found that overlapping varaints existed in the results that called by  GATK HaplotypeCaller  (version 4.0.1.2). I noticed this ...
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Picard MarkDuplicates running slower with more CPUs 2019-01-31
Generally, for a program that support multi-threading, the elapsed time will reduce with the increasing number of used CPUs. However, I found a stran ...
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Nat Commun | 逆境中心破译糜子基因组 2019-01-25
01 — 糜子是所有谷物中用水效率最高的,且是人类农业历史上最早驯化的农作物之一。2019年1月25日,Nature Communications 杂志在线发表了由逆境中心朱健 ...
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