R语言中的anova()并非单因素方差分析的ANOVA

热度 1 梅卫平 2016-11-30 17:09

查看更多 R语言中的 anova()并非我们一般实验设计的方差分析， 欢迎大家自行比对其他软件分析结果，在此就不赘述。 一般的单因素方差分析即ANOVA 在R语言中有两种: ① aov()-mod1,summary(mod1)，此方法必须两步， 不可直接 aov() ； ex., aov(y~factor(species))-mod1 ...

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x~y1+y2+...的情况下，ggplot2作柱状图及误差棒

梅卫平 2016-11-17 19:33

http://www.sthda.com/english/wiki/ggplot2-error-bars-quick-start-guide-r-software-and-data-visualization 效果图： # 操作实例----------------------- dat1 - read.csv(~/Tudat.csv) View(dat1) attach(dat1) library(ggplot2) # install.packages(ggplot ...

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非线性回归（迭代法）及其两种拟合曲线：y=a+b*exp(c*x)

梅卫平 2016-11-11 14:10

参考文献： 1. 薛毅，陈立萍 . 统计建模与 R 软件，第六章 回归分析 . 清华大学出版社 2. 决定系数R^2与调整决定系数adjR^2的相互转换计算方法 ############################################################### # ara # 导入数据 ara, 包含 amountara 和 SL.mm. 两个指标 a ...

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在R中运行metaMDS

热度 3 梅卫平 2016-10-18 10:02

中英文混合版。 Function metaMDS performs Nonmetric Multidimensional Scaling (NMDS), and tries to find a stable solution using several random starts. In addition, it standardizes the scaling in the result, so that the configurations are easier to interpret, and adds species scores to the site or ...

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在R中正确运行PERMANOVA and pairwise comparison及注意事项

热度 5 梅卫平 2016-10-16 14:15

更多内容请移步至： 新位置 PERMANOVA and pairwise comparison——样品组间差异显著性分析及事后两两比较。 Step1 ：数据填写方式如下图，及导入到 R 其中， dune.fish.csv 为 6 种鱼的某一指标（如体长 SL/cm ）的数据； dune.fish.env32grp.csv 为 6 种鱼对应 ...

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在R中运行PERMANOVA须谨慎-Group不能为纯数字！！

热度 1 梅卫平 2016-10-10 13:09

温馨提示： R语言的准确性待与PRIMER和PAST软件对比验证，目前验证的PERMANOVA数据结果在PEIMER和PAST软件中结果相同，但在R中有与其它2种软件结果不同的情况！下文R代码均为R软件自身提供，本博文不保证其准确性和适用性。 欢迎大家共同讨论，并期待R大神分享（R code for PERMANOVA）解决方案。 ...

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在R中正确运行ANOSIM——样品组间差异显著性检测及注意事项

热度 2 梅卫平 2016-10-6 19:42

R软件结果与PRIMER 7 及 PAST v3 软件结果一致！！！ Analysis of similarities (ANOSIM) is a non-parametric statistical test widely used in the field of ecology. The test was first suggested by K. R. Clarke as an ANOVA-like test, where instead of operating on raw data, operat ...

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用R作“系统（层次）聚类分析”

热度 3 梅卫平 2016-7-5 15:43

查看更多 #Hierarchical Cluster Analysis in R or Rstudio #------------第一步：导入数据 ex.------------------------------------------------- data(dune) #-----------第二步：将原始转换成“距离”矩阵 #假设数据不需要进行标准化-------- library(vegan) distance.ex-vegdis ...

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如何作“雷达图（或蜘蛛网图）”之R（或 Rstudio）应用篇

梅卫平 2016-7-1 13:15

#以5个变量（即雷达图的5个坐标轴，如某种鱼的5种饵料贡献率 part1 to part5）数据为例， #第一步：设置各个变量的取值范围（即最小值和最大值，相当于二维图的x轴和y轴的取值范围），代码如下 maxmin - data.frame( part1=c(50, 0), part2=c(50, 0), part3=c(50, 0 ...

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