QIIME 2 2020.8 版本现已发布！感谢所有参与的辛勤工作！

提醒一下，我们计划发布的 QIIME 2 计划于 2020 年 11月发布 （QIIME 2 2020.11），但请继续关注更新。

查看QIIME 2 2020.8 文档 [1]有关安装最新 QIIME 2 版本的详细信息，以及教程和其他资源。如果您遇到任何问题，请与QIIME 2论坛联系！

虚拟机镜像将在未来一周的某个时候更新（已更新https://docs.qiime2.org/2020.8/install/virtual/）！

重大改变

q2-diversity 1

• beta-phylogenetic

  参数 threads被 n_jobs取代，来反映  unifrac的并行化。

• alpha

  observed_otus被重命名为 observed_features. “Observed features” 更好地描述了QIIME 2使用非分类特征的不同方式。(一个OTU 是一个 feature, 但是一个 feature 不必要是一个 OTU.) alpha-rarefaction 也是这个更新。

• Method 转换成了 Pipeline 来适应q2_diversity_lib的调遣。API用户可能需要升级它们的导入路径。q2cli`（命令行）用户不受影响 。

• alpha-phylogenetic、beta、beta-phylogenetic

• Method 转换成了 Pipeline 来适应q2_diversity_lib的调遣。API用户可能需要升级它们的导入路径。q2cli`（命令行）用户不受影响 。（这条和下面一条重复呢。。。合并一下啦）

• alpha-phylogenetic-old

• 这个过时的 Method 移除了。需要通过qiime2获得scikit-bio的faith_pd 实现的用户可以使用q2_diversity_lib.alpha_phylogenetic_passthrough 1.

• alpha-phylogenetic-alt

  这个方法 移除了，因为alpha-phylogenetic有这个实现。

• q2-quality-filter 1

• q-score-joined

• 这个过时的 Method 移除了。q-score 方法可以处理合并的reads（joined reads）,所以没必要有两个方法。

请适当地更新你的脚本、流程等。卡壳了？请在QIIME 2论坛寻求帮助！希望在下次qiime2发布之前提前测试一下？请查看下面的开发环境说明:

https://dev.qiime2.org/latest/quickstart/ 3

以下是发布亮点:

QIIME 2 Framework

• 修正一个bug阻止在具有列表List和集合Set 参数的Action上使用TypeMatch 。
• 修正一个导入metadata时的常见报错信息
• 修正一个报告重复转换的报错，会在插件开发时发生

docs

• 将所有的弃用的q-score-joined 方法改成了q-score.请看上面的重大更新.

q2-types

• 实施了改进的AlignedDNAFASTAFormat格式验证.
• 增加了对创建CasavaOneEightSingleLanePerSampleDirFmt格式的MANIFEST文件时的额外检查，来满足只有反向reads的数据。
• 增加了新类型和格式以处理 Bowtie2 文件。
• 添加了一个新的FeatureTable 变量－－ Design，表示转换／编码过的数据，作为仅包含正值的替代。

q2-phylogeny

• 更新了 IQ-TREE 2 1的引用信息 !(https://forum.qiime2.org/images/emoji/twitter/nail_care.png?v=9)
• iqtree 和 iqtree-ultrafast-bootstrap, 添加了一个n_cores_auto新参数 ，当设置了n_cores auto时使用。也就是 n_cores_max 将限制自动设置的核心数。

q2-longitudinal 2

• 将 matplotlib 和 matplotlib-base 版本固定在 <3.3.
• 更新了使用的 scipy 版本 (1.5 或更新).

q2-sample-classifier

• 清除了 最新的lake8引入的 linting 错误。
• 对FeatureTable[Design]的对新类型split-table`添加了支持.

q2-quality-filter

• 移除了过时的q_score_joined Method. 请看上面的重大更新.

q2-diversity

• 修复了alpha_rarefaction的一个阻止metadata的列命名为“depth”的bug。
• 连线了alpha, alpha_phylogenetic, beta, beta_phylogenetic,和 alpha_rarefaction 来在 q2_diversity_lib中实现的度量，以提高主要来源引用的灵活、安全和特异性。有关API的更改， 请看上面的重大更新。

q2-diversity-lib

• 添加了alpha_passthrough, beta_passthrough和beta_phylogenetic_passthrough 的Methods,提供尚未在本地实施／限制的 unifracandscikit-biometrics的访问。大多数用户更愿意使用diversity.alpha,diversity.beta,或者diversity.beta_phylogenetic`

q2-demux

• 调整 demux summarize 以更好地支持单独的反向reads.

q2-dada2 1

• 在denoise_single的帮助文件中修正了一个拼写错误 (和一些代码的linting问题) 。

Happy QIIMEing!

之前的更新翻译在这里：

1. QIIME2又双叒叕更新了

2. 久等了的QIIME 2 2020.2 更新来了

3. QIIME2-2019.10更新学习笔记

4. QIIME 2 2019.7 更新

5. qiime2-2019.4更新学习笔记

6. qiime2-2019.1更新学习笔记

7. qiime2-2018.11发布学习笔记

8. QIIME2-CLI更新学习笔记