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这个软件是人类长寿公司开发,见我的博客:http://www.zd200572.com/2017/09/10/xHLA/
这个软件的独特之处在于其将核酸序列翻译成氨基酸序列进行比对,提高了运行效率,号称减少了硬件使用,但是实际使用体验是巨耗CPU和内存,一个正常的panel样本居然要用上全部的cpu资源几十到上百G内存,最长达两个小时的运行时间。对A、B、C、DPB1、DRB1进行分型。
日本研究所开发,见我的博客:http://www.zd200572.com/2017/12/03/HLA-NGS-treat/
这个软件实际使用下来对内存和cpu的占用还好,我的笔记本双核i3-3120m,12G内存还有余,只是这结果对于覆盖区域较少的数据不友好。可以对classI、ClassII、ClassIII全部进行分型。
http://www.genomekorea.com/display/tools/HLAscan 韩国基因研究所发表的,作者十分热情,我询问问题很快给我了邮件回复。
这是韩国团队开发的软件,感觉这个软件效率不够高,我的目标区域测序的数据运行了两天两夜只运行到比对完一个A基因座,应该是我的笔记本太弱了。感觉这个软件用的是穷举法,把所有的等位基因比对一遍,作者说全基因组数据在至强处理器上运行一个小时。
https://github.com/AlexanderDilthey/HLA-PRG-LA
一个德国科学家开发的软件,他自己也认为这个软件太消耗资源,于是开发了个LA版本的,软件需要编译,比较复杂,没有安装成功。有docker文件,用法也比较复杂,令人困扰。对HLA-A, -B, -C, -DQA1, -DQB1, -DRB1进行分型。
一个中国香港的团队开发的,这个软件对测序数据的要求很高,而且,250PE的数据需要切分成2*125的,这一步没有成功。运行结果就是没有结果了。看文献也说有的全外显子测序数据直接会分型失败。
http://paed.hku.hk/genome/software/HLAreporter.zip
华大基因开发的soap系列软件之一,网上公开的版本在2013年,感觉比较老了,用hg19做参考基因组,使用起来比较简单,对全部基因进行分型,同样需要测序数据覆盖较全面。http://soap.genomics.org.cn/SOAP-HLA.html
HLA-VBseq
Optitype :只对ABC进行分型,据报道准确率较高,开发团队贴心地提供了在线版本。使用效果是对ABC的分型结果不错,目标区域测序数据分析耗时在1小时左右。幸亏有在线版,自行编译安装,bioconda安装和docker都会报错。http://www.epitoolkit.de/root?tool_id=optitype
ATHLATES: Broad研究所开发,我卡在了安装其依赖的bamtools上,bamtools又依赖于jsongcc,jsongcc安装成功还是不能装,编译报错,也是醉了。
PHLAT
HLA-Forest
Omixon HLA explore:在外显子数目少的情况下分型效果很差,申请了一个30天试用版本。
illumina HLA Sure Select Assign: 商业产品,没有试用。
HLAssign:一个德国团队开发的有图形界面的产品,不太了解怎么使用。
基于snp的分型准确率需要参考人群专一,比如中国北方汉族和中国南方汉族都不能用一个参考数据训练。而且分型的准确率较差,不能具有实用价值,一般只能分到四位(2*2)。
同样是大名鼎鼎的Broad研究所开发,这个软件需要用到plink和beagle,我对plink格式转换比较疑惑,小数据测试结果里没有分型,不明白呀!http://software.broadinstitute.org/mpg/snp2hla/
今年新发表的一款软件,ABC的准确率有所提升,但是会丢弃许多样本。依赖于ShapeIT and IMPUTE2,对这两个软件不甚了解,还没有实际用。https://github.com/mclegrand/HLA-check/
是bioconductor的一个R包,也比较有应用门槛,还没学会怎么用。
2011年发表的一个较老的软件,还没有测试。
需要在线使用,在线资源均已失效。
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