DNAgene分享 http://blog.sciencenet.cn/u/DNAgene 我的博客都是随兴而发,随便写点感想。随便收录、修改完善。写不写我的名字怎么写,都没关系。如果改了,还写我的名字,请通知我一下。

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[47]宋小健   2013-8-23 22:53
老师,我其实就是想去BGI,因为我看了很多BGI的报道,评价很高,过几天我还想去实地考察一下。老师您说不建议我去他们那里,因为感觉那里的研究像流水线,不适合培养人才。老师,您能说具体点吗?我们学校的老师也好像不要我去,说商业氛围太浓,而且老师都是些跟我一样大的人(但我们学校没有生物信息方面的老师)。。我虽然是个独立自由的人,但在关乎人生道路的选择上还是很希望能够听到各种不同甚至反对的声音。。期待老师的指点!!
我的回复(2013-8-24 00:03):我对BGI的看法并没有建立在深入了解的基础上。
我的回复(2013-8-23 23:19):你既然要去看看,还是相信你自己吧。我的看法也不一定准确。
[46]宋小健   2013-8-23 16:56
老师好!我是学生物的,现在大三结束了,我对生物信息、基因组学很感兴趣。我认为从生命最基本的东西来认识生命才能更好的理解生命的本质!同时我想到,如果信息技术与生命技术完美结合,将会对人类社会产生不可思议的影响!!老师您是研究生物信息的,肯定对国内外研究生物信息的高校和科研机构很了解。我主要希望老师能够为我考研择校指点一下迷津。请老师推荐一些国内生物信息科研,教学比较好的高校,科研单位,研究院等等。。谢谢老师!
我的回复(2013-8-23 17:07):首先是我们这里啦。    。你既然问我,就是想别的单位,没关系。
国内做生物信息学和基因组学成果最多的是华大(BGI深圳)。但我不建议去他们那里。感觉那里的研究像流水线,不适合培养人才。其他的,北京生命科学研究所,中科院基因组所、遗传所、生物物理所、动物所、昆明动物所等很多单位都做得很好。高校相对差一些。但清华北大复旦浙大等名校也都很不错。竞争不太激烈但水平又很高的学校有华中农业大学、哈尔滨医科大学、内蒙古大学(可能在物理系而非生命科学学院)等。你自己上这些院所的网页,仔细研究研究老师们的研究内容和研究论文,然后自己判断吧。
[45]王林波   2013-8-18 12:48
谢谢牛老师的细致回复,我会再好好考虑考虑!还有一个问题,就是做干实验发大文章似乎很难,三大上的文章几乎都是湿实验的,您说这对以后的求职会不会有影响?
我的回复(2013-8-18 14:30):发顶尖期刊,生物信息相对来说确实难一些。但正当期刊、普通国际上普遍认可的专业期刊,生物信息就和湿实验差不多了,甚至好一些。
关键是,生物信息学省钱,对刚工作的人来说,不会因为经费少影响工作的开展。
大数据时代,人才缺考很大,这也是应该考虑的。
[44]王林波   2013-8-16 20:51
牛老师,您好!很喜欢您研究的方向-内含子的进化规律。我现在做的是湿实验,下半年就研二了,以后做科研想专做进化。您说我是直接直博读完湿实验的博士再转进化的方向好呢,还是读完硕士直接考进化的博士呢?其实我更倾向于后者,只是现在国内名校招收的都是硕博连读的,招收的博士名额实在有限,所以一直很矛盾。希望牛老师给予指点------
我的回复(2013-8-16 21:10):计划体制下的博士招生制度可能确实阻碍了你报考。我也担心你希望报考的导师都没有名额。以我这里为例,每年就一个名额,不管遇上多么优秀的学生都没用。我一般在春季与一年级的硕士生商量他们是否有意向转博,如果没有,暑假制定第二年的博士招生简章时,我才明确招统考考生。
当然,你的目标导师如果是院长、校长、院士级的,也许名额宽松一些。还有一种选择,就是出国读博士。
在干湿研究之间,我倾向于硕士三年湿研究就够了。大数据时代,社会上更需要分析数据的人,而产生数据的人相对不太缺乏。
[43]wenxin7   2013-8-15 01:00
真是太开心了,谢谢老师回答这么细致,我一直因为这个问题挺困惑的,我大致知道了老师的意思了,我之前就已经知道老师您的方向了,我对分子进化和比较基因组学方面还比较有兴趣的。。很希望以后能跟老师学习。。当然这还是靠我的努力了,O(∩_∩)O哈哈~,我还有问题,好像归并之前生物信息都是招收1-3个,不知道归并之后这几年都是招几个人呢?招收人数我知道每年都是根据情况来定的。。不过生态学共招收17人,有7个方向,这样的话生物信息好像最多也就2个吧??有关招收人数方面,希望老师可以解答下。
我的回复(2013-8-15 09:47):实际招生按学科群分配名额,2014年大概是生物信息加上生态等宏观学科共20来位导师,共二十七八个名额。也就是少数导师可以招两个学生。至于我,我感觉能不能招第二个要看跟我联系的考生的成绩。第二个学生成绩排名靠前,我就有把握拿到第二个名额。
[42]wenxin7   2013-8-14 12:48
老师,你好,我是14年的考研生,本科也是生物信息学,打算考北师大的生科院,只是近几年生物信息学被归并为生态学的一个方向,我不太理解,那假如我考上了是不是代表转专业了呢???并且我在贵校官网看到本身生态学里确实有一个生物信息方向,不过生物信息学叶包括四个方向。。。。。ps。可能问的有点乱。。。希望老师能回复我
我的回复(2013-8-14 14:21):我们国家稀里糊涂地把生态学单列为一级学科,与生物学并列。于是各校必需将原来生物学下面的学科分一下。我们也就跟着国家糊涂,把生物信息归入了生态学。
生物学背景考生态,不算转专业。专业和方向名字都是应付国家僵化的研究生招生规则胡乱定的。你们在报考前关键要看看我的研究内容(主要是内含子进化)你是否感兴趣,已毕业研究生的去向是否与你的理想一致。
硕士两个方向(生物信息学和进化生物学)都是我和林魁老师(庞尔丽老师这一两年内开始招生,04年是否招生我不知道。联系谁就是报考谁的),博士我的方向是分子进化与比较基因组学。
[41]Ivyyang100   2013-8-7 23:04
牛老师您好!今天看了几组深海生物的图片,于是想请教您一些我突然想到的问题。
    首先,我们知道深海环境是极度黑暗、压强极大、温度衡为0℃并且食物匮乏的。那么深海生物包括其它极端环境生物的祖先,为什么要舍弃环境温和的区域,而偏要选择在如此恶劣的环境中繁衍并演化至今的呢?这是我一直以来都好奇的问题。
    其次,深海生物为了适应环境,而形成了非常奇异的外部形态。如果说是深海的特殊环境塑造了深海生物的外观,那么既然大环境是基本一致的,为什么有的物种棱角分明形,如鮟鱇鱼;而有的物种却长着柔软光滑的体态,如水滴鱼?
    第三,既然深海压强巨大,我个人有一个比较幼稚简单的想法,那就是深海生物都应该是近似球形的外观。而事实上它们并不是像一般海洋生物那样,有着流线型的身体,也不是像我想的那样呈球形,而是非常奇异的各类形态,这是为什么呢?
    第四,由于光线完全不能到达,深海环境极度黑暗,这又使深海生物演化出了两个大类,一是为了捕捉到更多更细微的光线而特化出巨大眼睛的类群,如毒蛇鱼;一是由于眼睛完全无用而逐渐退化的类群,如盲鳗。为什么在这方面,深海生物的演化并不一致呢?是与它们不同的摄食方式有关吗?我觉得这个很有意思。
    以上是我刚刚想到的问题中的几个,我在这方面其实了解的并不是很多,只是觉得非常好奇,希望能够从生物进化等角度得到您的一些启发,谢谢老师!
我的回复(2013-8-8 09:04):这些问题我也说不好。仅提供一些个人看法,供您参考。
“偏要选择在如此恶劣的环境中繁衍并演化至今的呢”。思考进化问题时,不要带有人的情感,自然界如果存在尚未被占领的生态位,生活在附近(不限只空间)生物,新产生的突变体就可能使其不再适应原生态位而是新生态位。没有方向的突变不断产生,如果没有新生态位存在,适应新的但不存在的环境的变异就被淘汰了。
关于体型,我不确定高压下近似球形就是最好的?对高压可能有别的适应机制,更有效。一旦出现,就可以摆脱体型的限制。适应各自的食物链等生态位特征进化出各自的形态结构。
每一生物,捕食、避险等行为适用的策略不同,走上不同的进化路线不难理解。
[40]abnerfyl   2013-7-19 20:14
牛老师您好,我看到您在《南方周末:方滨兴的墙内墙外》(http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2013/7/280164.shtm?id=280164)这篇报道里面对我的回复了。对于您不分青红皂白,先入为主的给我扣上了一顶“五毛”的帽子,并且侮辱我的人格说我“太贱了吧。”我感到比较惊讶,在我眼里,学者应该是应该严谨的,客观的,负责的,像您这样随随便便就侮辱别人人格的学者还真是不太多见,谢谢您让我拓宽了视野。另外,我虽然和您一样,都是出身农村,但基本的人生观,价值观还是有的,虽然不太富裕,但也不至于去网上发帖挣钱和随便给别人扣帽子。此外,我建议您在做科研之余,能多读一些政治和经济方面的书籍,相信以您的学习能力,不久便会站在更高的角度去思考问题了。负面的东西有时候看多了会影响一个人的心境,尤其是一些被夸大了的负面消息。我之前偶然得知了军方一位将领来我们学校做的报告的内容,这位将领提到美国有一个对华的十条禁令,其中一条的内容大致是“时常制造一些无风三尺浪的无事之事,让他们的人民公开讨论。这样就在他们的潜意识中种下了分裂的因子,特别要在他们的少数民族里找好机会。分裂他们的地区,分裂他们的民族,分裂他们的感情,在他们之间制造新仇旧恨,这是完全不能忽视的策略。”最后,不知道您有没有考虑过这样一个问题:在我们反抗甲方的洗脑时是不是已经被甲方的对立面乙方潜移默化的洗脑了?另:我是在回复过您对我人格的侮辱的帖子后,想看看到底是哪位绅士给我随便扣得帽子时,才发现原来是一位受过高等教育的学者侮辱我的人格的,索性就给您留言说了上面这些话。我想,像您这样受过高等教育的学者肯定是有修养的,有家教的,也许是您在其他地方受了一些气,才一时冲动写下了那些侮辱我人格的话语,我等着您气消了之后给我的道歉。祝您身体健康,工作顺利。
我的回复(2013-7-19 21:13):现在五毛确实很多。如果您不是五毛,而是仅仅发表了自己的个人看法,我向您道歉。

您的观念我永远不会认同。我们抗议美国大使馆公布北京PM2.5数据的时候,美国人说我们可以公布美国各地的PM2.5数据。怕美国人来干扰中国人的思想,就把国人禁锢起来。这样画地为牢的做法和自杀有什么区别。如果美国真的制造事端,我们要做的不是禁锢自己,而是以牙还牙,也给美国制造一些事端。
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[39]用户名   2013-6-30 13:28
评论已经被科学网删除
[38]cc130618   2013-6-18 10:05
老师
您好,欢迎您使用知识网。知识网是免费提供全国高校教师,教授建立的个性化师资平台,可用于教学,同时也可以分享和交流相关领域的知识。平台的后续功能还在增加,希望您能给我们宝贵的意见。
http://www.51knet.com/courses/     知识网...
我的回复(2013-6-18 11:16):谢谢
[37]Ivyyang100   2013-6-17 17:06
牛老师您好!我现在是生科院的本科生,一直对进化生物学非常感兴趣。之前选修过生物信息学课,对这门交叉学科有了一定的了解,但是我对数学和软件应用方面不是很开窍。现在大三了,想问一下如果到您的实验室进行几个月的实习,您目前有没有对我来说比较容易上手的课题?谢谢!
我的回复(2013-6-17 18:51):你可以直接到办公室找我面谈。
我的回复(2013-6-17 18:51):可以从研究生做的工作中,选一小部分容易做的,替他们重复一遍。做什么问题,要看你有多长时间投入。
[36]abiaogz   2013-5-15 00:42
很喜欢您的空间,来顶你了! http://www.lansdo.com
[35]孙润红   2013-5-7 13:47
不错,很不好的革新。
[34]王书平   2013-4-27 12:02
牛老师您好,我最近在用pymol软件对一个蛋白建模。在用pymol对一个蛋白的A、B两条链进行建模的过程中,如何添加链间的二硫键?形成二硫键的半胱氨酸在蛋白中的位置已经明确,我在链内进行添加的时候,可以添加,但是链间不行。谢谢您
我的回复(2013-4-27 16:14):抱歉。我没接触过您所说的工作。
[33]LRambo   2013-4-25 20:56
牛老师,你好!
冒昧地请教一下一个不太科学的问题:是这样的,我发现一个现象,手指关节比较突出的人,上鄂牙齿好像都不太整齐,这其中是否有什么联系?
我的回复(2013-4-25 22:10):这就像动物能预感地震一下,你会越看越像你所想的。

科学的办法是统计,统计几百甚至更多人,确认这两个性状确实显著相关。如果确认了,再用现在基因组学特别流行的GWAS研究是否真正存在遗传基础。

在做这些研究之前,我只能说,你说的这个比动物能预感地震可能性稍大一些。因为没有任何现有知识理论与之矛盾。
[32]袁顺波   2013-4-9 15:06
非常感谢您的支持!
[31]袁顺波   2013-4-9 13:48
尊敬的科学网博客用户:
您好,诚恳地邀请您参与“科学网博客用户持续使用的影响因素”问卷调查,网址是:
http://www.sojump.com/jq/2250398.aspx,本次调查需要3-5分钟的时间,非常感谢!
我的回复(2013-4-9 14:32):好的
[30]brooknong   2013-3-20 22:53
敬爱的牛老师,您好!请教您个问题,用生物信息学可以研究进化对吧,那都用写什么方法,可以研究进化的那些方面?万分感谢
我的回复(2013-3-21 08:47):方法很多,看你研究什么进化问题。根据我的经历,我建议从生物学问题开始,看相关问题上国际权威发表的论文,遇到什么方法就学习什么方法。生物信息学的方法是学不完的,如果不用,学了也是浪费时间。
[29]brooknong   2013-3-20 22:49
sdfghjk
[28]方锦清   2013-3-12 10:25
真诚邀请和欢迎你来参加《2013中国网络科学论坛》
http://blog.sciencenet.cn/blog-266190-669310.html
因不知你的邮箱地址,特此留言,希望得到你的
支持!
方锦清(fjq96@126.com)
我的回复(2013-3-12 10:32):抱歉,我对相关问题没什么想法,就不去瞎凑热闹了。

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