科学网

 找回密码
  注册
搜索
热搜: 科学 论文
搜索
xvg曲线中心移动平均平滑脚本
李继存 2017-5-11 08:21
2017年05月10日 18:25:47 在查看GROMACS分析程序生成的xvg文件时, 有时候曲线不够平滑, 上下波动很厉害. 为美观或其他目的有时候需要对曲线进行平滑. 常见的绘图软件一般都支持曲线平滑, 可选方法也很多. 其中最简单的是移动平均算法(moving average). 但简单的移动平均算法平滑出来的曲线存在滞后性, 对于有峰和谷的 ...
1784 次阅读|没有评论
随机抽样一致性算法matlab示例代码
李继存 2017-5-6 10:12
2017年05月05日 21:05:05 前一篇博文曾提到随机抽样一致性算法, 这里给出一段利用这种方法计算扩散系数的matlab示例代码. 代码中同时测试了matlab的全局优化算法. msd.m 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 ...
3496 次阅读|没有评论
扩散模式的分类以及扩散系数的计算
热度 2 李继存 2017-5-3 09:06
2017年05月02日 19:58:51 看到一篇科技论文的报道 纳米粒子反常受限扩散研究获得进展 , 是有关扩散的, 就顺便整理一下与扩散有关的理论知识, 这些知识在利用分子动力学模拟研究扩散现象时可能会用得上. 扩散模式的不同分类 使用MD计算粒子的扩散系数时, 一般都是基于粒子进行布朗运动, 遵循简单的扩散模型. 实际上, ...
9772 次阅读|6 个评论 热度 2
2017《肿瘤生物学》撤稿107
热度 1 李继存 2017-5-1 00:13
乱糟糟的撤稿事件, 不是第一次, 也不会是最后一次, 却还有人专门给建立了维基条目: 2017年《肿瘤生物学》撤稿事件 , 下面就摘抄下, 留个记号吧: 《肿瘤生物学》撤稿事件 发生于2017年4月20日,德国学术出版商 施普林格 旗下期刊《肿瘤生物学》( Tumor Biology )一次性撤下该期刊于2012年至2016年间发 ...
8184 次阅读|1 个评论 热度 1
GROMACS多糖模拟简单示例
李继存 2017-4-11 09:49
2017年04月10日 20:42:32 以前, 使用MD模拟糖分子并不容易,因为针对蛋白质和核酸设计出来的力场用在糖分子上不大合适, 因此需要对常用力场进行修正. 可参考下列文献(文献稍老, 请查阅更新的) CHARMM: Carbohydrate Solution Simulations: Producing A Force Field With Experimentally Consistent Primary Alcoho ...
3282 次阅读|没有评论
Amber构建糖蛋白的方法
李继存 2017-4-7 07:37
2017年04月06日 18:29:59 翻译: 房筱; 校对: 李继存 【按】以下翻译自 Amber 16手册 . 13.6.3 使用LEaP构建糖蛋白 本节给出的LEaP命令假定你已经有一个包含糖分子和蛋白质的PDB文件, 并且二者之间的相对构象适当. 即便是为了将最简单的糖与最简单的蛋白质相连接, 也需要你对LEaP命令有透彻的理解, 但这超出了本节的目 ...
2656 次阅读|没有评论
Amber构建脂分子的方法
李继存 2017-4-6 08:29
2017年04月05日 19:23:46 【按】以下翻译自 Amber 16手册 . 13.6.2 使用GLYCAM-06参数构建脂分子 遵循这里讲述的步骤, 用户可以得到一个简单的脂分子, 但在构建过程中我们没有考虑它的轴向排列情况. 脂双层通常放置在直角坐标系统的(x, y)平面内, 这要求每个脂分子以从亲水”头”端到憎水”尾”端的顺序沿z方向排列. ...
1935 次阅读|没有评论
Amber构建寡糖的方法
李继存 2017-4-4 09:55
2017年04月03日 20:43:00 【按】以下翻译自 Amber 16手册 . 13.6 构建寡糖, 脂和糖蛋白GLYCAM网站支持的功能 GLYCAM网站 可以自动生成下面的分子, 且支持许多附加选项. 该网站的功能正在扩展中, 目前可用的功能包括: 寡糖, 线性和枝状的 糖蛋白, 与O或N相连的, 含有多个糖单元 通过URL构建寡糖 AmberTool ...
2225 次阅读|没有评论
糖及其GLYCAM力场中的命名约定
李继存 2017-3-31 22:34
2017年03月31日 09:06:33 子曰:“必也正名乎!名不正,则言不顺;言不顺,则事不成。故君子名之必可言也,言之必可行也。”                 ——《论语·子路》 道可道非常道。名可名非常名。无名天地之始。有名万物之母。                 ——《老子·第一章》 【按】以下说 ...
3173 次阅读|没有评论
统计轨迹中分子速度大小沿某一方向的分布
李继存 2017-3-29 22:31
2017年03月29日 09:25:09 写过一个简单的awk脚本, 用来统计轨迹中水分子的质心速度大小沿坐标的变化情况, 目的是可以用来拟合计算粘度. 具体的计算方法可参考: A Comparison Of The Value Of Viscosity For Several Water Models Using Poiseuille Flow In A Nano-channel A. P. Markesteijn, Remco Hartkamp, S. L ...
1194 次阅读|没有评论

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2020-6-6 07:38

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部