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GROMACS的耗散粒子动力学DPD模拟
李继存 2018-2-26 13:03
2018-02-25 22:57:43 当前最新版本的GROMACS(2018)不支持DPD模拟, 如果非要寻求基于GROMACS的解决方案, 大致有两种: 使用 dpdmacs . 它其实是一个独立的程序, 但使用的输入文件格式与GROMACS一致, 输出轨迹格式也一致, 有GROMACS基础的话非常容易上手使用. 但支持的相互作用的函数形式只有简谐势, 如果有其他函数 ...
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AMBER高级教程A16:Amber脂分子教程:Lipid14力场版本
李继存 2018-2-7 09:38
原始文档: Benjamin D. Madej, Ross C. Walker, Updated May 27, 2014, An Amber Lipid Force Field Tutorial: Lipid14 Edition 2018-02-06 15:18:22 翻译: 杨瑾阁; 校对: 吴萌 简介 脂类分子是磷脂双分子膜的重要组成部分, 在细胞信号和生理学过程中发挥着重要的作用. 如今Amber这类凝聚态分子动力学模拟软 ...
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AMBER高级教程A1:模拟含有非标准残基的溶剂化蛋白(简单版本)
李继存 2018-1-31 21:15
原始文档: Ross Walker, TUTORIAL A1: Simulating a Solvated Protein that Contains Non-Standard Residues(Simple Version) 参考: 原生態, Amber学习第五天: 模拟含有非标准残基的溶剂化蛋白 2018-01-31 06:31:20 翻译: 许楠(浙江大学); 校对: 康文渊(湖南大学) 介绍 前面我们研究的系统只含有标准的 ...
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AMBER高级教程A3:MM-PBSA
李继存 2018-1-28 21:03
原始文档: AMBER ADVANCED TUTORIAL 3: MM-PBSA Perl Version By Ross Walker Thomas Steinbrecher Python Version By Dwight McGee, Bill Miller III, Jason Swails 2018-01-28 06:39:37 翻译: 袁媛; 修订: 李继存 本教程使用 mm_pbsa 脚本计算RAS-RAF蛋白复合物的结合能, 并对计算中的每一步 ...
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分子中原子编号的匹配
李继存 2018-1-25 20:50
2018-01-25 06:43:45 以前的时候我曾简单介绍过有关分子匹配的问题 分子匹配叠合及两种冰的结构异同 , 也曾示例过如何借助GaussView来实现 分子片段分析 . 但所用的方法总觉得不很方便, 所以就想着自己能不能实现一个类似功能的简单脚本或在线工具. 但正如以前所说, 就一般情况而言, 这并不是一件简单的问题. 不过针 ...
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AMBER基础教程B0:AMBER分子动力学模拟入门
热度 1 李继存 2018-1-17 20:09
原始文档: Benjamin D. Madej Ross Walker, An Introduction to Molecular Dynamics Simulations using AMBER 更新至AMBER 15: Aditi Munshi and Ross Walker 2018-01-16 10:37:52 翻译: 刘仲奇; 校订: 李继存 本教程是专为那些完全没有运行过分子动力学模拟的新用户, 或只有少量模拟经验的用户准备的 ...
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GROMACS计算距离的方法及注意点
李继存 2018-1-15 10:33
2018-01-14 20:27:30 低版本的GROMACS中(具体哪个版本就没有考古了, 猜想是3.x吧), g_distance 计算距离时需要选择两个组, 然后程序会自动计算这两个组的原子两两配对之间的距离, 也可以计算这两个组的质心之间的距离. 可能是从4.x版本起吧, gmx distance 使用的索引组的方法有了变化, 可以提供多个索引组, 每个组 ...
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Amber基础教程B5:模拟绿色荧光蛋白及构建修饰的氨基酸残基
李继存 2018-1-7 21:51
原始文档: Jason Swails, Dave Case, and Taisung Lee, TUTORIAL B5: Simulating the Green Fluorescent Protein and building a modified amino acid residue 2018-01-07 07:43:02 翻译: 康文渊(湖南大学); 修订: 许楠(浙江大学) 在本教程中, 我们将要学习如何使用AMBER程序为一个设计修饰过的氨基酸构建残基模 ...
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Amber教程B4:使用antechamber和GAFF模拟药物分子
热度 1 李继存 2018-1-4 07:35
原始文档: Ross Walker and Sishi Tang, TUTORIAL B4: Simulating a pharmaceutical compound using antechamber and the Generalized Amber Force Field 2018-01-03 15:52:14 翻译: 李睿; 修订: 李继存 antechamber是AMBER自带的一组工具, 可用于准备有机分子的 prep 输入文件, LEaP可以读取这种输入文件并 ...
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Windows下AmberTools17的编译
李继存 2017-12-28 13:33
2017-12-28 13:21:00 根据amber手册及安装脚本的说明, 在windows下可以使用两种方法来编译amber, 一种基于cygwin, 一种基于msys2. 我测试了这两种方法: 最新版msys2-mingw64, 配置通过, 安装时gcc库函数出错, 无法解决, 放弃 最新版cycgwin-x64, 从配置开始就一堆错误, 试着解决了多数, 但最终仍失败, 放弃 ...
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