GROMACS分析教程：氢键分析

李继存 2017-1-9 17:02

2017-01-09 16:56:34 卢天给过一个VMD的tcl脚本, 用于 计算不同z位置水能形成的平均氢键数 . 但轨迹大了以后, VMD的tcl脚本分析起来有点吃力, 且得到的结果与 GROMACS的默认氢键标准 存在差距. 这里我以此为例, 展示下如何组合GROMACS自带的工具进行复杂一点的分析, 并且利用gmx trjconv的外挂脚本功能让分析自动化. ...

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GROMACS和VMD中的氢键判定标准

李继存 2016-12-31 17:45

2016-12-31 17:14:51 感谢 吴思晋 提供材料 氢键在分子动力学模拟结果的分析中占有重要地位, 因而大多数程序都带有氢键分析功能. 但需要注意的是, 不同程序中的氢键判定标准未必一致. 实际上, 氢键的判定有多种标准, 如能量准则, 电子结构准则, 几何准则等. 前两种准则计算量大, 不易实现, 因此大多数分析程序使用的 ...

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Martini实例教程：聚合物

李继存 2016-12-30 12:55

发布: 2016-12-30 12:23:53 翻译: 王俊峰; 校对: 李继存 一般考虑 聚合物的参数化与其他分子参数化的标准过程基本一致, 但是仍有一些因素需要考虑. 有时, 你想要自己的聚合物模型能再现某些来自实验或全原子模拟的特定性质, 例如, 回转半径或是螺旋倾向. 与简单分子的参数化相比, 这些性质更加依赖于键/非键相互作 ...

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GROMACS术语：爆破(Blowing_Up)

李继存 2016-12-28 23:01

原文 Blowing Up 2016-12-22 15:16:04; 翻译: 刘恒江; 校对: 李继存 【刘恒江 按】我们使用GROMACS进行分子动力学模拟时常常会遇到LINCS warning这样的警告, 过多的警告会导致体系崩溃, 程序运行异常. 出现LINCS warning往往意味着体系初始构型不够合理, 在模拟过程中出现了异常键. 对于这种情况的应对方法, GRO ...

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单位换算器

热度 1 李继存 2016-11-8 09:40

2016-11-07 14:50:35 以前曾用VB写过一个计算器和单位换算器, 使用还算方便, 但并没有发布, 现在将其改写为网页版, 方便发布和使用. 网址如下: http://jerkwin.github.io/Prog/calc.html 几点说明: 所有换算系数的值都直接采用NIST最新发布的CODATA-2014, 如果NIST更新了数值, 只要替换源代码中的相应部分即可. ...

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远程服务器映射软件ExpanDrive中文版

李继存 2016-11-1 11:38

2016-10-31 21:38:07 在以前的一篇博文 Linux服务器映射为本地硬盘 中, 我曾经介绍了几个可以将远程服务器映射为Windows网络驱动器的软件. 我使用其中的ExpanDrive软件已经很长时间了, 就随手将其汉化了一下, 供大家测试使用. 安装 点击 ExpanDrive 下载安装程序压缩包并解压 运行1.ExpanDrive_安装文件.exe进 ...

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陈旭盛: TCL培训教程

李继存 2016-10-29 04:38

作者: 陈旭盛 关键词 : TCL 摘要 : 本文是TCL教材的第三稿, 前两稿分别是《TCL的使用》和《TCL培训教程》. 这一稿加入了不少内容, 是北研TCL兴趣小组共同努力的结果. 本文详细介绍了TCL的各个方面, 特别对利用CC++语言扩展TCL命令作了详细论述. 本文附有大量实例. 缩略语清单 : TCL Tool Command Language 一种 ...

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VMD加载GROMACS轨迹的速度信息与时间信息

李继存 2016-10-22 07:27

2016-10-21 16:56:11 Sobereva曾给过一个tcl脚本, 用于解决VMD不能读入GROMACS轨迹速度信息的问题, 具体参考 使VMD读入Gromacs产生的trr轨迹中速度信息的方法 . 最近我需要用到VMD的这个功能, 就稍微看了下tcl的语法, 在原代码的基础上改进了一点, 使其使用更简单. 同时结合Sobereva的另一段代码 使VMD播放轨迹时同 ...

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Martini实例教程：蛋白质

李继存 2016-10-12 06:25

发布: 2016-10-11 15:53:25; 翻译: 曾宪阳(吉林大学, 建议或问题可联系 1543976771@qq.com ); 校对: 李继存 如果你是第一次练习此教程, 我们建议你先阅读一下Martini的 脂质双分子层教程 . 溶液中的蛋白 遵循Martini粗粒化粒子的定义规范, 在粗粒化的蛋白模型中, 1个粗粒珠子由4个非氢重原子组成. 根据残基类型的不同 ...

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