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热搜: 科学 论文
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分享 猜想的终结
李继存 2019-9-4 06:26
2019-09-03 17:15:54 大约十多年前吧, 张志东博主关于三维易辛模型精确解的博文 激辩猜想 煞是热闹, 洋洋洒洒十几篇, 可谓盛况空前. 我那时尚未关心科学网, 自是无缘得见. 现如今, 张志东博主再接再厉, 博文 终结猜想 又是洋洋洒洒十几篇, 尚未终结. 我不是物理科班的, 只受过一点科学训练, 就本着学习的目的, 搜索了 ...
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分享 物美价廉:GROMACS 2018在GPU节点上的使用
李继存 2019-8-29 09:13
原文 More bang for your buck: Improved use of GPU nodes for GROMACS 2018, DOI: 10.1002/jcc.26011 2019-08-28 16:47:25 翻译: 刘玉杰; 校对: 李继存 摘要 我们确定了在Linux计算集群上, GROMACS 2018程序运行分子动力学(MD)模拟的最佳硬件. 因此, 我们在各种计算节点上对GROMACS性能进行了基准测试, ...
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分享 吴伟:auto-martini的安装和使用简介
李继存 2019-8-6 07:07
2019-08-05 17:50:22 在文献 Tristan Bereau, Kurt Kremer; Automated Parametrization of the Coarse-Grained Martini Force Field for Small Organic Molecules; J. Chem. Theory Comput. 11(6):2783-2791, 2015; 10.1021/acs.jctc.5b00056 中提出了自动将小分子划分为Martini珠子的方法, 作者还提供了一个python脚 ...
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分享 gmx_mmpbsa使用说明
李继存 2019-8-2 05:40
2019-07-31 10:14:58 缘起 很多年后, 当我再次更新这个工具, 就会记起, 很多年前, 我开始研究GROMACS中MMPBSA实现方法的情境. 那时的我就已经发现已有了两种解决方式: GMXPBSA 脚本与 g_mmpbsa 程序. 我粗略地测试一下, 还算可用, 但未能尽美, 可改进之处也颇多. 因为我不经常使用, 便也就无所谓了, 暴虎冯河 ...
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分享 许楠:使用GAFF力场参数化小分子的自动化工具
李继存 2019-7-16 09:05
2019-07-14 16:11:39 许楠 AMBER 系的 GAFF 力场参数化有机小分子很有优势, 但是处理流程稍显复杂, 如图1. 笔者开发了用于自动化处理小分子残基的前处理与后处理脚本, 可以方便地进行小分子参数化. 用户需要安装 Ambertools 套件和 gaussian 软件. 下面将以两个例 ...
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分享 复杂误差传播的计算
李继存 2019-5-13 19:02
2019-05-13 05:47:58 在数据处理中, 有时我们需要根据拟合参数的误差计算相应变量的误差, 也就是计算 误差传播 . 对于简单的模型, 计算比较简单, 可以手动完成; 对于复杂的模型, 涉及导数的计算, 处理起来就有点麻烦, 还容易出错. 所以我觉得还是找个比较统一的处理方法才好. 想了一下, 我们需要使用能够进行符号计算 ...
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分享 GROMACS分析教程:水分子序参数的计算
李继存 2019-4-21 20:03
2019-04-21 06:37:43 整理: 李赟, 刘庭崧; 统稿/代码: 李继存 水分子的序参数有很多种, 不同序参数的计算方法也不尽相同. GROMACS自带的分析程序 gmx h2order 可以计算其中的两种序参数, 对于这种可以直接使用已有命令进行计算的序参数, 就无需赘言了. 有些序参数的计算比较复杂, 没有直接可以使用的命令, 这时就需 ...
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分享 外国物理学家的故事
李继存 2019-4-2 05:55
2019-04-01 18:40:39 收到后, 总觉得比印象中的轻薄不少 这么薄薄的一本, 实在很不起眼 或许是因为记忆中的那本是旧书, 被人翻得多吧 也或许是因为小时阅读能力弱, 对页数的感觉与现在不同吧 在当时, 可能几十页就会觉得是很厚的一本 而如今, 见过读过的书多了, 几百页也未必觉厚 无论厚薄, 这是一本我至今 ...
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分享 GROMACS的蛋白构象聚类分析
李继存 2019-2-13 07:44
2019-02-12 17:32:07 英文的cluster这个词, 中文可以翻译成团簇, 也可以翻译成聚类. 虽然数学上来说实质相同, 当具体使用的时候还是有些不同的, 适当加以区分可以更明确, 避免一些模糊之处. 在MD的语境下, 我们说进行团簇分析, 一般指的是, 给定一个构型, 其中包含多个原子, 我们按一定的规则(常用的是距离)将这些原 ...
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分享 gnuplot分段拟合颜色映射表达式
李继存 2019-2-9 07:49
2019-02-08 17:35:38 以前的时候讲过如何 使用gnuplot拟合颜色映射解析表达式 , 在拟合时使用了分段三次函数. 如果要处理的拟合数据不多, 分段的范围可以手动指定, 虽然显得很笨拙. 如果要拟合大量的数据, 那就需要自动处理, 手动指定拟合范围就不实际了. 最近需要拟合很多的数据, 就重新思考了一下这个问题, 完成了 ...
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