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pdf文件标签管理工具Taggie
2017-2-26 10:43
2017年02月25日 20:02:23 整理: 文博; 补充: 李继存 以前的时候开发过一个 基于标签的桌面搜索工具 Taggie , 虽然可用, 但性能不够好, 所以就没有发布. 现在基于Everything将这个工具重新改写了一下, 性能没问题了, 但只能用于pdf文件, 尤其适用于科学论文pdf文件的整理和搜索. 毕竟, 对做科研的人来说, 阅读这种文件 ...
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OriginPro 2017中文版
热度 2 2017-2-24 10:57
2017年02月23日 20:33:20 我以前发布过 Origin 7.5 SR7汉化版 , 后来想着在此基础上做个Origin 2016的汉化版. 可工作量有点大, 一时没有完成. 最近想重新拾起来继续做下去, 可一了解才知道原来已经有了官方的 Origin 2017 中文 Beta 版 . 虽然目前只是个测试版本, 但我也就没有必要继续汉化了, 还是等着官方出最终的 ...
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GROMACS QM/MM教程5:胸腺嘧啶二聚体的修复
2017-2-23 09:51
原始文档 QM/MM calculations on thymine dimer repair 以及 此处 ; 最后更新: 28/10/08 2017年02月22日 15:32:02 翻译: 葛会林(中国热带农业科学院分析测试中心); 校对: 李继存 引言 链内胸腺嘧啶二聚体化(图1)被认为是在紫外辐射下导致DNA损伤的最常见的过程. 胸腺嘧啶二聚体的形成具有潜在的重要生理学意义. 这 ...
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GROMACS QM/MM教程4:使用连接原子
2017-2-15 06:53
原始文档 QM/MM SIMULATION 2017年02月14日 15:20:45 翻译: 郑伟中; 校对: 李继存 此 链接 提供了一个很好的QM/MM教程, 但它有点复杂, 而且缺少一些细节以致初学者很难重复整个教程. 因此, 我们利用一个简单的体系来帮助初学者一步一步地进行一个QM/MM模拟. 前提条件 在开始此教程之前, 我们假定: GROMACS和G ...
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GROMACS QM/MM教程3:使用DFTB3进行QM/MM模拟
2017-2-14 03:12
原始文档 GROMACS with QM/MM using DFTB3 2017年02月12日 20:52:46 翻译: 陈国俊; 校对: 李继存 分子动力学模拟软件GROMACS包含了QM/MM模块, 其中的量子化学计算需要通过外部程序来进行. GROMACS目前提供的量子化学接口包括: Gamess UK, Gaussian, Mopac和Orca. 详情请参阅 GROMACS官方说明 . DFTB是基于密度 ...
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自动调整VMD窗口的位置和大小
2017-2-12 11:05
2017年02月11日 20:31:54 我不喜欢VMD的一点是其窗口过多(尽管也只有三个), 且窗口位置和大小需要自己调整, 使用很不方便. PyMOL在这点上做得稍好一点, 但也不足够好. VMD至少也要向PyMOL学习一下, 达到它的水平. 现实既然如此, 那就只能自己解决了. 利用AutoHotKey, 我们可以很容易地控制窗口的位置和大小. 所以我 ...
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GROMACS QM/MM教程2:编译设置及简单运行
2017-2-2 21:16
2017年02月02日 21:00:10 上一篇博文 GROMACS QM/MM教程1: QM/MM方法的实现 中, 整理了GROMACS QM/MM方法的基本实现原理, 略显理论化, 本教程中具体讲解如何操作. 以下说明基于Windows下的GROMACS 5.1.4版本. 编译设置 编译GROMACS时, 要打开QM/MM功能选项. 一般是使用高斯--with-qmmm-gaussian, 因为后面一般是使用 ...
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GROMACS QM/MM教程1:QM/MM方法的实现
2017-1-30 20:10
原始文档: QM/MM implementation in Gromacs GROMACS How-tos: QMMM GROMACS Installation Instructions 4.5: compiling QMMM 2017年01月30日 19:54:21 翻译: 洪巢升; 校对: 李继存 【李继存 注】此文档年代久远, 且与现行GROMACS版本有所脱节, 但其中所述原理仍有参考价值, 故在此整理, 以为 ...
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我使用的VMD初始化脚本
热度 1 2017-1-11 22:51
2017-01-11 22:28:27 我一直不喜欢用VMD, 除了其界面复杂, 鼠标操作模式老旧以外, 初始的显示模式也很简陋. 话虽这样说, 但有时还不得不用, 因为目前看来使用VMD查看轨迹还是最高效的. 毕竟, 人家名字就是 VVVVVVVV MD. 其实, 我们可以自定义VMD的初始显示模式, 让它变得友好一些. 这些设置可以放在和vmd.exe相同的 ...
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