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分享 GROMACS输入文件模板
2018-10-26 12:03
2018-10-25 22:33:04 在翻译整理文档的时候忽然想到, 以前创建gromacs输入文件的时候都是先复制以前的文件, 然后修改一下. 这样的事不知做过多少次了. 为什么不做一个gromacs输入文件的模板, 将它集成到我用的文本编辑器notepad2-mod中呢? 想了一下, 还算好实现, 就翻出notepad2-mod的源码, 照猫画虎地加了一 ...
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分享 AMBER 2015伦敦研讨会 - 组合聚类分析示例
2018-10-15 06:22
者: Daniel R. Roe, 原文地址 2018-10-14 17:15:49 翻译: 刘恒江; 校对: 李继存 使用CPPTRAJ进行聚类/团簇分析 从分子动力学模拟中确定结构布居数目(structure populations)的一种方法是聚类/团簇分析. 聚类/团簇化是一种对数据进行分区的方法, 也就是将部分具有相似性的数据点从其他数据点中区分 ...
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分享 三维空间随机旋转
2018-10-8 11:26
2018-10-07 22:23:47 生成分子初始构型的时候, 经常需要对分子进行随机旋转. 这并不是一个困难的工作, 因为早就有成熟的方法了. 在这里我展示几种不同的实现方法, 供参考. 下面是四种不同方法分别得到的球面上的随机点 Marsaglia方法 视图:投影正交速度:&nbs ...
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分享 gnuplot显示优化过程
2018-9-28 11:24
2018-09-27 22:06:22 测试优化算法的时候, 我们常常希望能直观地看到优化过程中每一步是如何进行的, 这样更容易发现问题. 当然, 这种方法只适用于二维函数的优化, 因为我们可以将其在平面图上表现出来. 为此, 我整理了一个gnuplot脚本, 可以显示二维函数的颜色曲面和等高线, 并在其上展示优化过程中最佳点的 ...
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分享 模拟命令行操作的svg动画
2018-9-16 21:31
2018-09-16 08:25:12 最近看到一款可以 将 Linux 终端会话录制成 SVG 动画 的工具, 效果不错. 想着将它集成到我的脚本中, 就研究了一下它所用的svg格式. 弄明白之后, 觉得用svg来显示文字虽然性能好, 但过于麻烦, 而且文件也大, 如果直接使用js脚本来模拟显示文字, 得到的svg文件就小多了, 而且也更容易修改 ...
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分享 Pi-Pi堆积距离和堆积角度的计算
2018-8-30 10:59
2018-08-29 21:51:38 Pi-Pi堆积的概念和意义 略 Pi-Pi堆积的表征量 表征Pi-Pi堆积的物理量一般使用两个, 距离和角度. 距离为某一组原子质心或中心到另一组原子所在平面的距离, 角度为两组原子所在平面之间的夹角. 计算这两个量就需要知道如何计算一组原子所在平面的方程. 对于完全刚性的平面组原子, 三个 ...
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分享 科技绘图的调色板
2018-8-21 09:59
2018-08-20 20:36:41 最近作图的时候, 总觉得默认的线条颜色不是很美观, 就花了点时间, 将常见绘图软件所用的调色板整理总结了一下. 所参考的软件包括: origin2017 matlab python的matplotlib及seaborn Tableau d3 colorbrewer 网上相关的资料也有很多, 就不重复了. 下面给出我整理的 ...
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分享 origin自动载入xvg数据作图
2018-8-7 09:41
2018-08-06 20:39:48 origin是使用很广泛的绘图软件, 用起来也很方便. 2017版本的origin 支持命令行调用, 这样我们就可以利用Windows的命令行自动执行origin载入数据并绘图, 达到双击数据文件即可出图的目的. origin自动绘图的实现参考了 利用windows批处理实现自动绘图 . 里面给出的代码我修改了一下 ...
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分享 鹰与箭
热度 1 2018-8-7 09:39
2018-08-06 20:40:00 前些日子偶然看到有人评论说, 姬建国翻译的小说Once An Eagle 很好, 就浏览了一下 相关信息 . 这本小说的名称来源于其开头的一则寓言: So in the Libyan fable it is told That once an eagle, stricken with a dart, Said, when he saw the fashion of the shaft, “With our own feathers, n ...
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分享 绝望之于失望, 正与希望同
2018-7-23 10:26
2018-07-22 21:26:48 最近看了两部纪录片: 《出·路》, 《中国日结1500日元的年轻人们》. 前一部类似英国的《56UP》, 关注追踪孩子的成长; 后一部则关注所谓的”三和大神”, 也就是那些底层青年. 鲁迅在《希望》一文中曾说: 绝望之为虚妄, 正与希望相同. 我套用这话作为观后感吧: 绝望之于失望, 正与希望同. 鲁迅《 ...
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GMT+8, 2018-11-14 15:34

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