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Jerkwin

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GMXTOP：集成MKTOP的原子类型判定代码: 李继存 2017-12-9 10:21; 2017-12-09 08:35:08 在常见的生成小分子OPLS-AA力场拓扑的脚本中, 有几个perl脚本, 其中可用性稍好一点的是 MKTOP , 最新版本是2.2.1. 这个脚本的原子类型判断虽然没有 TPPmktop 准确, 但也还不错. 它在判定原子类型时使用了很直接或者说有点笨的方法: 根据每种原子类型的特征去进行判断, 将每个判断依据硬生生写代 ...; 4039 次阅读|没有评论

曲线的变形: 热度 2 李继存 2017-12-6 08:10; 问题 : 如何将一条曲线沿另一条曲线进行扭曲或变形? 是很早以前看到的一个问题了, 我也曾经遇到过相关的具体问题, 不过当时采用简单的方法解决了. 最近重新思考了一下这个问题, 得到了比较一般的解决方法. 举个例子来说吧, 对于圆柱螺旋线, 如果其轴心线变为正弦曲线, 那螺旋线如何变化? 如果我们将圆柱螺旋线视为有弹 ...; 3240 次阅读|2 个评论热度 2

下载整理中国哲学电子书的脚本: 李继存 2017-11-21 11:06; 2017-11-21 10:40:11 我喜欢将一些书的文本存在手机上, 这样可以利用碎片化的时间随时阅读几句. 中国的古文最适合这样的目的, 因为大多很短, 且言简意赅. 中国哲学书电子化计划网站上有很多整理好的古文文本, 但保存不方便, 所以就想能不能自动下载整理呢? 根据网站的地址和格式分析了一下, 似乎可行. 脚本如下: ...; 5236 次阅读|没有评论

使用GROMACS进行团簇分析: 李继存 2017-11-11 22:04; 2017-11-10 15:34:06 GROMACS自带了一个团簇分析工具 cluster , 但这个工具主要用于对蛋白的构象进行分类, 支持的通用距离文件为xpm格式, 基本没法使用由其他程序生成的距离矩阵, 除非修改源码. 在合金材料的模拟中, 有时需要对合金进行团簇分析. 自己写代码有点麻烦, 我们可以组合GROMACS自带的两个工具, mdmat 和 ...; 6796 次阅读|没有评论

GROMACS分子动力学模拟教程：多肽-蛋白相互作用: 热度 1 李继存 2017-10-26 07:47; 原始文档: Molecular Modeling Practical 多肽-蛋白 ; Molecular Modeling Practical 泛素耦合酶补充文档: Tsjerk A. Wassenaar, Molecular Dynamics Hands-on Session I Session II 参考译文: 淮海一粟, GROMACS教程 , GROMACS教程II-MD结果分析 ; 刘恒江, GROMACS教程整理 I GROMACS教程整理 II ...; 55601 次阅读|1 个评论热度 1

新版VASP轨迹文件转换为GROMACS格式: 李继存 2017-9-26 15:55; 2017-09-26 15:47:47 vasp轨迹文件的格式经常变动, 这样导致和vmd的插件不兼容, 查看的时候只能显示一帧. 我最近使用的vasp 5.4.4输出的轨迹文件XDATCAR就存在这个问题. 为了解决这个问题, 我写了一个简单的脚本, 将XDATCAR转换为gromacs格式以便使用vmd查看. 简单来说, gromacs的gro格式是一种类似于xyz的格式, 但其 ...; 4820 次阅读|没有评论

GROMACS非标准残基教程2：芋螺毒素小肽实例: 李继存 2017-9-25 15:45; 2017-09-22 22:23:42 整理: 李睿; 补充: 康文渊; 修订: 李继存在本教程的第一部分中, 我们整理了GROMACS处理非标准残基的理论流程, 但如果你不熟悉GROMACS的力场结构, 单单根据那个流程来处理非标准残基仍然存在很大困难. 为此, 在本教程的第二部分中, 我们以一个具体实例来说明使用GROMACS时, 如何处理非标准残基, ...; 8679 次阅读|没有评论

GROMACS非标准残基教程1：修改力场与增加残基: 李继存 2017-9-14 22:22; 2017-09-14 22:02:05 原始文档本篇底稿为GROMACS处理非标准残基的官方文档, 翻译扩充作为非标准残基处理的基础知识. 修改力场在GROMACS 4.5及更高版本中, 修改力场的最好方法是先将已有力场的目录完全复制一份到你的工作目录下, 例如: cp -r $GMXLIB /residuetypes.dat $GMXLIB /amber99sb.ff . 然后再修 ...; 11893 次阅读|没有评论

拼接分子的简单脚本: 李继存 2017-8-27 10:18; 2017-08-27 05:51:29 感谢李传玺整理说明在分子建模, 特别是聚合物建模过程中, 有时我们需要构建具有周期性重复结构的分子, 或者是具有不同聚合度的分子. 虽然有些可视化的建模软件支持这种功能, 但使用起来不一定方便, 所以我还是写了一个简单的bash脚本来做这件事情, 放在这里备份下, 也供需要的人参考. 脚本主 ...; 3117 次阅读|没有评论

使用GROMACS计算红外光谱: 李继存 2017-8-20 14:59; 2017-08-20 14:13:12 上一篇博文【整理】使用分子动力学模拟红外光谱中整理了根据分子动力学模拟计算红外光谱的理论基础知识, 既然已经知道了计算方法, 剩下的就是如何实现了. 实际上只要有了体系偶极矩的演化数据, 计算其自相关函数, 再计算自相关函数的傅立叶变换是个很常见的需求, 很多程序和软件都可以实现. ...; 7998 次阅读|没有评论

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