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生活点滴| Linux| 统计学与R语言学习| 生物信息学与计算生物学| 流行病学建模| 论文写作| matlab|

相关矩阵的图形表示: 彭友松 2011-7-23 16:44; 刚看到一个R包corrplot可以很漂亮和形象的展示相关矩阵，而且可以进行聚类。该包的参数特别多，我只关心下面两个：一个是输入数据为相关矩阵，可以是全矩阵，下三角或者上三角；另外一个矩阵展示中元素的顺序，可以是原来的顺序，也可以用聚类的方法，这可以使用参数order来指定。 corrplot(corr,order = c("original", ...; 个人分类: 统计学与R语言学习|6185 次阅读|没有评论

去除冗余序列的超快超好用工具cd-hit: 热度 6 彭友松 2011-7-21 16:03; 这个软件（也有在线服务器，见其官网 http://www.bioinformatics.org/cd-hit/ ）是中国人（ Weizhong Li ）写的，很好用，最大的特点就是快。基本思路是首先对所有序列按照其长度进行排序，然后从最长的序列开始，形成第一个序列类，然后依次对序列进行处理，如果新的序列与已有的序列类的代表序列的相似性在cutoff以 ...; 个人分类: 生物信息学与计算生物学|34161 次阅读|10 个评论热度 6

R语言中的颜色问题: 彭友松 2011-7-15 16:02; 1 R中有多少种颜色？怎么看？命令：colors()显示出下面的657种颜色 "white" "aliceblue" "antiquewhite" "antiquewhite1" "an ...; 个人分类: 统计学与R语言学习|25772 次阅读|没有评论

非常快速的建树软件FastTree: 热度 2 彭友松 2011-6-21 11:30; FastTree http://www.microbesonline.org/fasttree/ Also see Fast Tree-Comparison Tools FastTree infers approximately-maximum-likelihood phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences. FastTree can handle alignments with up to a million ...; 个人分类: 生物信息学与计算生物学|20041 次阅读|4 个评论热度 2

Perl语言中的splice()函数的用法及其用于对数组的随机扰动: 彭友松 2011-6-17 10:11; splice函数有四种用法： 1 在数组中用其他元素代替数组部分元素，用法为splice(@list,offset,length,@new),即把@new中的元素替换数组@list中从offset位置开始且长度为length的元素。 2 从数组中删除元素，用法为splice(@list,offset,length)，即把数组@list中从offset开始长度为length的元素去掉。 3 清空数组，用法为spl ...; 个人分类: 统计学与R语言学习|17554 次阅读|没有评论

分子生物学中常用数据库: 彭友松 2011-6-9 10:40; 转自生物统计家园 http://www.biostatistic.net/thread-2498-1-1.html 下面的数据库很有用，所以先保存下来了。非常感谢生物统计家园的总结！综合数据库：最权威的生物信息学网址链接： http://www.bioinformatics.vg 生物信息学网址链接： http://www.bioinformatics.ca/links_directory/ Nuclei ...; 个人分类: 生物信息学与计算生物学|12146 次阅读|没有评论

R中的遗传算法: 彭友松 2011-6-8 15:27; 在R中我发现了四个软件包使用遗传算法进行参数选择和目标函数优化，如下所示： 1GALGO 2genalg rbga(stringMin=c(), stringMax=c(), suggestions=NULL, popSize=200, iters=100, mutationChance=NA, elitism=NA, monitorFunc=NULL, evalFunc=NULL, showSettings=FALSE, verbose=FALSE) 3 mcga ...; 个人分类: 统计学与R语言学习|10788 次阅读|没有评论

《Linear models with R 》学习笔记之一: 彭友松 2011-6-2 21:44; 一本好的参考书不应该只告诉读者技术性或者知识性的东西，还应该把作者的思想和经验与读者交流。刚看了这本书第一章的前面几页就觉得这本书不错，因为作者告诉我们怎样成为一位合格的统计学家，而不是仅仅会用统计学作为工具。第一章的第一句话是这么说的： Statistics starts with a problem, pr ...; 个人分类: 统计学与R语言学习|5888 次阅读|没有评论

R中的排列组合，阶乘的计算: 彭友松 2011-6-2 10:04; 参考了网上的一些资料，得到了下面的一些函数可以做这些事。组合数的计算：从N中选择K个用函数 choose(N,K) 阶乘的计算有三种方法： 1）factorial(N),最快的方法 2) prod(1:N)，最慢的方法 3) gamma(N+1)，也是非常快的算法可以看下面的一个测试： system.time(replicate(10000000,gamma(101))) ...; 个人分类: 统计学与R语言学习|33223 次阅读|没有评论

对于bootstrap的一些粗浅认识-2: 彭友松 2011-5-31 20:25; bootstrap percentile confidenceinterval和bootstrap t confidence interval的比较先说bootstrap percentile confidence interval的概念，它是指某统计量的bootstrap分布的2.5%和97.5%的间距。两种可信度区间的应用条件不一样，当bootstrap distribution近似符合正态分布，而且bias很小的时候，一般用t可信度区间 ...; 个人分类: 统计学与R语言学习|12486 次阅读|没有评论

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