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博士生怎样选择课题?
热度 1 彭友松 2009-8-14 22:07
博士生一般都经过了硕士阶段的训练,应该具有一定的科研能力。对于自己的三年博士生涯,我们应该怎样选题呢? 如果想做一些真正的科学,那么应该以负责任的态度来对待这个问题。我们为什么读博士?想对人类的知识有所贡献吗?真正这样想的人是不会去做一些重复的低水平的工作的。 我觉得博士生首先应该有信心做好自己领域内 ...
个人分类: 生物信息学与计算生物学|9310 次阅读|2 个评论 热度 1
scale-free network
热度 1 彭友松 2009-7-25 23:04
前不久实验室的师兄经常提到一个叫做scale-freenetwork的概念,感觉挺有意思,问了还不太懂,看来只好自己查了。google一下,发现了比较通俗的理解,如下: (http://lihailian.bokee.com/6013647.html) 1. 什么是无尺度现象? 统计物理学家习惯于把 服从幂次分布的现象 称为无尺度现象。 ...
个人分类: 生物信息学与计算生物学|27206 次阅读|1 个评论 热度 1
bash中的加法运算和其他运算
彭友松 2009-6-26 22:04
在Bash中的加法运算有多种表达形式,下面是比较简单的两种: 1 a=3 let b=$a+2 #b=5 or let b=a+2 之所以用双引号,是因为在bash中的变量替换发生在双引号内,如果不用引号,bash会把它们解释为命令。 2 a=3 ((b=a+2)) #b=5 这是最简单的一种形式。 bash中还可以运行 ...
个人分类: Linux|26212 次阅读|没有评论
R语言中的常用函数
彭友松 2009-6-25 22:40
http://javajiao.javaeye.com/blog/150674 sqrt : 开平方函数 abs : 绝对值函数 exp : 2.71828 expm1 : 当x的绝对值比1小很多的时候,它将能更加正确的计算exp(x)-1 log : 对数函数 log10 : 对数(底为10)函数 log2 : 对数(底为2)函数 sin : ...
个人分类: 统计学与R语言学习|45772 次阅读|1 个评论
使用R计算相关系数
热度 2 彭友松 2009-6-22 14:42
http://zoonek2.free.fr/UNIX/48_R/09.html 使用R计算相关系数的函数为: cor.test(X,Y,method=) method可以为spearman,pearson and kendall,分别对应三种相关系数的计算和检验。 1 perrson相关系数 n - 10 x - rnorm(n) y - rnorm(n) cor(x,y) -0.4132864 ...
个人分类: 统计学与R语言学习|50909 次阅读|4 个评论 热度 2
Linux压缩与解压缩方式大集合
彭友松 2009-5-24 22:27
转载自http://www.chinaitlab.com/www/techspecial/tar/  Linux下有相当多的压缩命令,初学的我们开始总是摸不清头脑,我们知道在Linux下的后缀名是没有什么很特殊的意义的,不过,为了方便记忆,针对这些压缩命令所做出来的压缩文件,还是会有一些特殊的命名方式,Linux下常见的压缩文件有*.tar, ...
个人分类: Linux|5503 次阅读|1 个评论
Linux入门
彭友松 2009-5-12 10:20
Linux 文件命令精通指南 (转载http://www.oracle.com/technology/global/cn/pub/articles/calish_file_commands.html) 作者:Sheryl Calish 为刚接触 Linux 文件命令的初学者提供的速成教程 虽然 GUI 桌面(如 KDE 和 GNOME)能够帮助用户利用 Linux 特性,而无需关于命令行接口的功能知识, ...
个人分类: Linux|3849 次阅读|没有评论
R语言学习资源
热度 1 彭友松 2009-4-29 15:40
转载(http://blog.sina.com.cn/s/blog_4b700c4c0100bhf3.html) 一些 R 语言的学习资源 http://www.r-project.org/ R 的官方网站 http://cran.r-project.org/manuals.html R 官方文档 http://www.bioconductor.org/ R 在生物学里面的应用, 主要是芯片数据. ...
个人分类: 统计学与R语言学习|8297 次阅读|2 个评论 热度 1
估计进化速率
热度 1 彭友松 2009-4-28 11:51
估计进化速率的几种软件: 1 Beast 它使用MCMC的方法进行进化树的构建和一系列参数的估计,而且给出可信度区间。 它的结果比较准确,但是要得到最终的好的结果需要大量的尝试,修改各种参数使得结果最优 2 r8s 使用基于最大似然法估计进化速率 3 TipDate 同样使用最大似然法估计进化速率 4 Treble 北大发展的构建进化树的方 ...
个人分类: 生物信息学与计算生物学|9165 次阅读|1 个评论 热度 1

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