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物种分子分类鉴定系统

已有 4262 次阅读 2014-4-12 20:53 |系统分类:科研笔记|关键词:phylolab,,DNA,taxonomy,,multiple-loci,,species,delimitation,,DNA,Barcoding,,Apoidea,,Bees| DNA, species, taxonomy, phylolab, multiple-loci

这几年,我们在物种界定方面,分别在单个基因、多个基因、大数据库等不同数据水平开展了一系列工作。下一步将涉及基因组数据在物种界定方面的应用。此外,Douglas博士和组外同行合作,对植物分子物种界定也开发了流程(Anna et al. 2014)。这些工作均需要编研一定的代码,实现部分流程中数据的自动化处理。尽管这些代码已经在一些网站开放源码,但对没有编程经验或者更加关注生物学问题的学人,使用仍然是一个问题。因此,我希望这些代码能够首先实现界面友好的网络应用,便于大家使用;然后在后台尽量实现大数据的并行、高效处理。

在研究所及网络中心支持下,我研究组初步建设了一个分子分类学网站(PhyloLab.ioz.ac.cn)。初步的计划是在该网站上测试一些研究组开发的软件,并供注册用户或者有兴趣的学者重复我们的工作,或者试用软件,并提供宝贵意见。

经过Douglas Chesters博士的勤奋工作,该网站的第一个软件(Multi-Gene DNA Barcoding for Bees)已经部署了单机版。该软件实现了多基因物种界别的流程(Douglas et al. 2013)。由于该软件目前部署在一台苹果机上,运行情况还有待试验。

文献:

Apoidea:

Douglas et al. 2013. Heuristic optimization for global species clustering of DNA sequence data from multiple loci. Methods in Ecology and Evolution, 4(10): 961-970.

Plants:

Anna Papadopoulou, Douglas Chesters, Indiana Coronado et al. 2014. Automated DNA-based plant identification for large-scale biodiversity assessment. Molecular Ecology Resources, DOI: 10.1111/1755-0998.12256.

Insecta:

Douglas Chesters, Chao-Dong Zhu. 2014. A Protocol for Species Delineation of Public DNA Databases, Applied to the Insecta. Systematic Biology, DOI: 10.1093/sysbio/syu038.

Arthropoda:

Chesters D, Zheng WM, Zhu CD. Multi-Gene DNA Barcoding in Arthropods. In submission.

网站:

phylolab.ioz.ac.cn

软件链接:

1、Automated taxonomic identification of Apoidea (bee) DNA sequences

2、Multi-Gene DNA Barcoding for Arthropods (beta)

反馈意见:

If you experience problems using the service, please email Dr. Douglas at dchesters@ioz.ac.cn



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