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2013年Douglas Chesters博士新发表论文

已有 4252 次阅读 2013-2-17 11:12 |个人分类:博士后合作|系统分类:科研笔记|关键词:Douglas,博士后,分子分类学| 博士后, Douglas, 分子分类学

今天早晨收到Douglas邮件,他的论文在线发表在Systematic Biology上。该论文2011年投稿,历经3次修稿。其中第三轮修改工作在我组做博士后期间完成。祝贺他和Alfried教授!

      Title: Resolving Ambiguity of Species Limits and Concatenation in Multi-locus Sequence Data for the Construction of Phylogenetic Supermatrices

        Authors: Douglas Chesters1,2,3 and Alfried P. Vogler1,2

        Author Affiliations

       1Department of Entomology, Natural History Museum, London SW7 5BD, UK,

       2Division of Biology, Imperial College London, Silwood Park Campus, Ascot, Berkshire SL5 7PY, UK, Email: apv@nhm.ac.uk

       3Key Laboratory of Zoological Systematics and Evolution, Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Beijing, 100101, China, Email:dc.1984@yahoo.co.uk 

        Author for correspondence: Dr Alfried P. Vogler 


论文链接如下:

http://sysbio.oxfordjournals.org/content/early/2013/02/15/sysbio.syt011.abstract

Douglas在博士期间运用生物信息学手段研究了大规模系统发育分析过程中出现的系列问题。在20097月获得博士学位后,他分别在捷克和英国两所大学短暂工作,参与国际鞘翅目“生命之树”研究。

他于201175日受我邀请加入研究组,成为研究组信息分析员。Douglas Chesters博士在研究组中,在以前采用分子数据对动物物种实现分子分类的研究基础上,结合组内现有研究基础与在研项目,以膜翅目蜜蜂总科作为主要研究对象,建立生物信息平台,以期构建在物种水平上含最大信息量的分子序列数据集,开展分子分类与分子系统学研究,实现蜜蜂总科昆虫的物种智能鉴定,并探讨物种之间的系谱关系。

关键问题:

1 基于分子信息,建立传粉蜜蜂物种界定标准、方法、流程。目前中国已经定名约1000种蜜蜂,但是据吴燕如研究员和国外相关蜜蜂专家预估,中国可能存在约3000种蜜蜂留待进一步发现。另外一方面,蜜蜂总科普遍存在隐存种现象,而传统分类或者生物学观察尽管可能通过细致的研究能够解决这一问题,但是可能会非常缓慢。分子分类和传统分类相结合,可能加快物种发现的进程。

2 针对分子分类或系统发育分析中的重要环节,构建蜜蜂总科含最大信息量的性状矩阵。分子分类或者重构系统发育的必要前提是性状矩阵。在这个矩阵中,行,比较典型的可以代表物种;列,则代表不同分子序列中的同源位点。通常对于大规模系统发育分析,不论是对行还是列的构建都尤为关键:首先,由于大量物种的测序很难针对相同的基因片断或采用标准化的引物,选用合适的基因片断对构建性状矩阵即变的很重要。其次,虽然增加物种取样密度是可取的,但增加密度的同时则容易带来缺失的分子序列信息位点从而影响最终构建得到的系统发育树与真实进化树的相似度。 

相关技能和研究经历:

1 Douglas博士建立了一套流程,可以将单个或者多个基因整合到大数据集中的可行性。

2 他处理了一些系统发育信息学分析过程中利用分子数据进行物种分类的新问题。目前已经出现仅用分子数据设定物种界限的工作,但是在用多位点信息时不一致的结果带来了很多方法学上的问题。这些问题的解决方法已经投稿到系统学著名杂志Systematic Biology,并被接收。

3他确定了大规模COI数据中不同变换速率的影响。目前,他和合作者已经发现在鞘翅目中,COI的不同变换速率大量存在,但由于去掉它们不利于产生合理的比对结果,因此这些不同变换速率是有利的。COI的趋同性与异质性特点并没有影响它们的应用,因此存在一定的可能性将它们整合到分子分类与分子系统学工作中。 

         相关方法与流程,Douglas博士通过和不同类群专家合作,逐步推广到膜翅目中几个大的总科中。下阶段,他将以蜜蜂总科为主要研究对象,更深入研究大数据集在分子分类与分子系统学中我们将面临的问题,并探讨解决方案。就这部分问题,Douglas博士已经完成2篇论文,并于2013年春节前投稿到进化生物学领域杂志。



http://blog.sciencenet.cn/blog-536560-662487.html

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