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畜禽遗传评估(2)母体遗传效应

已有 1855 次阅读 2016-10-6 10:33 |个人分类:遗传评估|系统分类:科研笔记| 评估, 统计, 软件, 连锁, 模型

畜禽一些重要经济性状,比如体重,受母本遗传效应影响。母体遗传方差占比较小,然而如果不将其从表型方差中剖分,会导致加性遗传方差估值偏高,进而影响育种值排序。


解析母体遗传效应的模型比较简单,唯一值得考虑的是母体遗传与加性遗传是否存在协方差。有的学者认为,两者之间的协方差是统计误差或群体层化,可以忽视协方差的存在。有的认为母体与加性遗传之间存在互为抵触的基因多效效应或连锁效应,协方差是真实存在的,育种实践中应重视这种协方差。


母体遗传效对于猪、鸡育种有着重要意义,通过母体遗传育种值选择母系有利于组建配套系。下面是鸡6周龄体重遗传评估案例,预先假定母体遗传与加性遗传协方差不为0,所用软件为wombat.


###################################################################

ANAL UNI  1    

PEDS bwped.dat    

DATA bw42.dat    

tt 1      

animal 0    

year 2013    

sub      

maternal      

damage 0      

weight    

MODEL      

FIX year    

RAN animal  nrm  #加性遗传效应      

RAN maternal  nrm #母体遗传效应      

RAN sub ide     #永久环境效应      

TRAIT weight    

END MOD  

VAR animal+matenal 2    

10 -5 1    

VAR sub 1    

10    

VAR residual 1    

25    

# calculate total heritability    

SE+VAR    

SUM sigPhen  1 2 3 4 5    

SUM sigGtotal 2(1) 3(1.5) 4(0.5)  ###依据willham文章,h2=(VA+1.5COVAM+0.5VM)/VP

VRA hsqTotal 10 9

END



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