博文
- 利用plink转换AGCT为1234
- 我的博文主要是分享一些数据处理技巧，并非真正的知识。等到有了大块时间，再与大家共享值得记忆的知识。 做GWAS分析时，多需要haploview 获取linkage disequilibrium参数。这是一项烦躁的工作，需要将AGCT逐个替换成1234。偶然间，发现plink有一个命令可以直接转换输出序列为1234格式。 这个命令就是 【--allele1 ...
- Genbank 批量查找snp信息
- 最近忙于GWAS结果整理，茶饭吃起来都不香。屋漏偏逢连夜雨，Genbank偏偏把鸡基因组数据更新到5.0，要知道 Affymetrix给我的可是4.0版数据。为了方便读者，我的文章应提供基于5.0版的结果。好在我利用半天时间找到ncbi提供的批量转换snp入口： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/batchquery.html 页面最下端不显 ...
