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免疫组库生物信息学在线分析平台正式上线

已有 12414 次阅读 2015-1-15 18:56 |系统分类:科研笔记

 

免疫组库测序技术在近3年快速发展,已经开始广泛应用到各种自身免疫性疾病,传染病,疫苗,癌症等的研究中。在我们2013年在ScienceTranslation Medicine上发表了流感疫苗的免疫组库研究之后,有不少实验室联系我们希望共享其中使用到的生物信息学方法。我实验室的童寅同学经过一年的努力,将免疫组库分析做成了在线的服务器,取名为”immuneRepertorie Analysis Pipline”简称iRAP. iRAP拥有强大的分析功能,内容涵盖了从基本的VDJ  比对, CDR识别,highly expanded clone识别,到samplecontrol之间的统计检验等数十项分析。免疫组库测序应用的最大瓶颈是生物信息学,我希望我们这个免费开放的生物信息学平台能促进国内免疫组库领域的发展。网址:http://www.sustc-genome.org.cn/irap2/index.php

部分分析结果demo:

1V-J基因使用频率

2CDR3长度分布

3)高度增值克隆

(4)V基因使用bias

(5)病人和对照的clustering 分析

(6)病人之间共享的TCR

7B细胞的lineage structure

 

我自己也开了个公司,为初次接触免疫组库测序和生物信息学分析的实验室提供协助,网址:www.pacgeno.com

 



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2 刘松 gljdawnsan

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