沉闷科学的掘墓人分享 http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

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[20]陈静   2014-3-5 16:58
熊老师您好!我需要下载人类基因组重复序列的染色体定位等信息,您知道从哪里下载么?我听说UCSC可以,但是我不会用,您有一些教程之类的材料么?谢谢!
我的回复(2014-3-6 09:40):不好意思,这个我不太熟悉。
[19]jingshuilxy   2014-2-19 20:33
您用过MrModeltest 和 BEAST吗?
我的回复(2014-2-20 10:21):用过jmodeltest
[18]jingshuilxy   2014-2-16 15:00
熊老师您好!我想做寻找病毒共同进化祖先和不同毒株间重组分析的研究,您可以帮我推荐几个软件吗?谢谢了。
我的回复(2014-2-17 21:31):通常祖先重演的软件可以参考Mega5,PAML等软件
[17]mouclim   2013-11-28 13:24
好东西,感谢
[16]chxchao0906   2013-10-31 10:11
熊老师您好,我用了您的方法处理批量数据,但是还是出现了match.names(clabs, names(xi)) 这个错误,我也用了header=FALSE这个,不知道怎么回事?希望您能帮我解答一下,十分感谢
我的回复(2013-11-4 18:43):您好,谢谢你的关注,不知道你说的是那一段代码。
[15]shenkuxiaofu   2013-10-28 14:34
熊老师,您好。在用R的时候需要查某个功能如何实现,经常可以在google时连接到您的博客里来,看到您对很多问题已有论述,使我受益良多。
有个问题想请教,我在加载某些基因芯片的注释包以及GO.db等包时,经常无法加载,我怀疑是我系统中数据库某些功能出了点问题。我用的是WIN7系统。例如在library(hgu133a.db)时,会出现如下信息:载入需要的程辑包:org.Hs.eg.db
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'org.Hs.eg.db', details:
  call: sqliteNewConnection(drv, ...)
  error: RS-DBI driver: (could not connect to dbname:
unable to open database file
)
错误: 无法载入程辑包‘org.Hs.eg.db’

不知老师您遇到过这种问题么,可有解决办法?谢谢了!
hidden
[14]用户名   2013-9-16 02:03
评论已经被科学网删除
[13]高芳銮   2013-5-10 10:55
熊兄,
请教一个问题,对于氨基酸序列的Haplotype有没有好的软件推荐,谢谢!
我的回复(2013-5-10 11:49):单倍型是针对基因的概念,你说的氨基酸序列是指编码基因吗?
[12]袁顺波   2013-4-9 14:12
尊敬的科学网博客用户:
您好,诚恳地邀请您参与“科学网博客用户持续使用的影响因素”问卷调查,网址是:
http://www.sojump.com/jq/2250398.aspx,本次调查需要3-5分钟的时间,非常感谢!
[11]陈静   2013-1-15 22:32
谢谢老师哦!以后有什么问题还请老师多多帮忙了!
我的回复(2013-1-16 11:28):相互学习,共同进步……
[10]陈静   2013-1-9 19:34
熊老师:您好!我刚开始学习R语言,有很多不明白的地方,还请老师指教!
>setwd("E:/新建文件夹/")
> male=read.table(file="12.txt",header=T)
错误于scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings,  :
  1行没有162元素
这个问题该怎么解决呢?其中是有些数据是缺失的,在txt文件中为空白。
另外我这样做的原因是想把两个文件根据相同列整合到一起,形成一个文件,我写的语言如下:
setwd("E:/新建文件夹/")
m=read.table(file="12.txt",header=T)
f=read.table(file="34.txt",header=T)
n=merge(m,f,by="T")
write.table(n,file="n.txt",sep=" ",quote=FALSE,append=FALSE,na="NA")
不知道这样写行不行,还请老师指点!谢谢啦!
我的回复(2013-1-13 08:13):出错可能就在于你的输入数据的不整齐,建议:
A, 缺失的地方使用 NA 代替,以使数据开起来整齐;
B,将数据转化成csv格式,
关于表格的合并,可以参考
http://blog.sciencenet.cn/blog-508298-601709.html
[9]袁顺波   2012-7-26 16:55
尊敬的熊老师:
您好!我叫袁顺波,是南京大学信息管理学院的一名博士研究生,由于毕业论文的需要,麻烦您填写一份调查问卷http://www.sojump.com/jq/1749124.aspx,可能需要花费您15分钟左右的时间,问卷调查的目的在于了解您参与开放存取期刊的意愿及影响因素。本调查完全匿名,且所有数据仅用于本研究。
谢谢您的配合,并祝您身体健康,心想事成!
[8]merada   2012-7-11 00:56
我就是用原文的序列操作的。再请教一下如果操作自己的数据碰到这样的问题要以jmodeltest为主 还是modeltest 现在的modeltest已经升级到mrmodeltest了模型的数量也增多了。O(∩_∩)O谢谢
我的回复(2012-7-12 08:55):谢谢你的信息,简单看看MrModeltest的介绍,现在的模型比Modeltest还少了。当然剩下来的,可能更常用。我觉得jModeltest界面更友好一些,个人觉得不错。
[7]merada   2012-7-7 17:05
你好请教一下 我最近在看一篇文献。文章中提到的模型测试是用modeltest结合paup,但由于modeltest出了些问题所以我改用jmodeltest来测试模型测出的和文章中提到的不一致,这是什么原因呢?能否给些意见。不过文章中提到的是GTR模型 它属于最复杂的模型囊括了所有是不是这个原因呢??谢谢
我的回复(2012-7-8 14:53):jmodeltest 是modeltest的升级版本,其中模型更为丰富,所以可能筛选出来的模型更优一些吧,另外不知道你的序列和原文的序列有没有差异。
[6]高芳銮   2012-5-12 15:31
请教一下,绘制 haplotype distribution 在win系统有哪些软件比较好用,能否推荐几款,谢谢!
我的回复(2012-5-12 16:13):不知道兄弟你说的是不是单倍型网络图,这方面我们的研究较少,不过你可以看看TCS1.21这款软件,也许会有用,祝您科研愉快!
[5]吴国清   2012-5-8 15:08
下载不了,能发邮箱吗?谢谢!
wgq3867@gmail.com
[4]acq613   2011-11-24 10:34
phyml能像PAUP一样把modeltest里面形成的命令编成批命令吗?
我的回复(2011-11-25 15:47):啊,不好意思,这个我倒是没有研究过,我都是逐一输入参数的,主要是我对PAUP不太熟悉
[3]llyyfg   2011-4-26 23:08
逆向生态学具体是指什么啊?
我的回复(2011-4-28 08:26):传统的生态学研究以某个生物类群为中心,研究其它生物以及环境变量和该类群的互作关系,现在的宏基因组测序技术可是使得科学家首先把某个环境中的物种调查清楚之后再回去探讨它们之间的互作关系以及和环境的相互影响,这就是我所理解的逆向生态学。希望也也能听听你的看法……
[2]llyyfg   2011-4-18 16:32
你好,我想问一下《逆向生态学求解微生物的环境适应机制
》这篇文献具体做了一些什么东西,他是最终说明了一个或者多个什么样的问题?谢谢
我的回复(2011-4-20 10:31):非常感谢您的关注,该博文后面附有原文,有兴趣的话可以详细参阅原文哈。
[1]科学网编辑部   2010-11-24 11:26
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