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分享 介绍一款可以自动识别基因类型的序列比对软件Muscle
热度 2 2011-7-23 11:20
介绍一款可以自动识别基因类型的序列比对软件 Muscle 熊荣川 xiongrongchuan@126.com 通常我们对比的基因序列有两大类型:编码基因序列以及非编码基因序列。也正因为这样我们基因比对的策略是不一样的:前者比对的基本单位是密码子,序列长度以及空格的长度都必须是 3 的倍数,这样才有生物学意 ...
个人分类: 我的研究|4708 次阅读|2 个评论 热度 2
分享 [转载]最大似然法建立进化树的软件之一RAxML
2011-7-22 08:43
RAxML是用极大似然法建立进化树的软件之一,可以处理超大规模的序列数据,包括上千至上万个物种,几百至上万个已经比对好的碱基序列。作者是德国慕尼黑大学的A. Stamatak博士。 性能在一定程度上超越了PHYML,GARLI等著名软件,由于算法的优势,具有更高的准确性。RAxML支持分隔模型,每个分隔模型又支持GTRGAMMA等进化模型 ...
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分享 Mega5新功能之基于密码子的基因序列比对
2011-7-21 21:34
Mega5 新功能之基于密码子的基因序列比对 熊荣川 xiongrongchuan@126.com 在进行功能基因组的分析中,密码子经常作为分析的基本单位。因此,在进行功能基因的序列比对时就不能像非功能基因(如 12S rDNA )以核苷酸为基本的比对单元。从表征上看,功能基因的比对结果应该是( ...
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分享 [转载]生物信息软件Haploview软件使用,单倍型分析
2011-7-20 08:59
生物信息软件 Haploview 软件使用,单倍型分析 by 柳城 Haploview 是一个进行单倍型分析的一个软件,该软件具有如下功能: 1. 连锁不平衡与单倍型分析 2. 单倍型人群频率估算 3.SNP 与单倍型关系分析 ...
个人分类: 我的研究|4672 次阅读|没有评论
分享 使用PhyML构建系统发育树
2011-7-17 17:05
使用 PhyML 构建系统发育树 熊荣川 六盘水师范学院生物系 xiongrongchuan@126.com 序列经比对后转化为 phy 格式(可以使用软件 clustalx )。这里我们使用一个现成的序列文件来自 jModetest 软件包中的 example.phy (D:downloadBio tools softwares ...
个人分类: 我的研究|13474 次阅读|没有评论
分享 使用Modeltest筛选核苷酸替换模型
2011-7-17 15:54
使用 Modeltest 筛选核苷酸替换模型 熊荣川 六盘水师范学院生物系 xiongrongchuan@126.com 我们使用模型最全的 jModelTest.jar ,位置 D:downloadBio tools softwaresjmodeltest0.1jModelTest 0.1 package 这个软件的目的是挑选最适合我们所分析的序列文件中核苷酸替代 ...
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分享 如何拼接12Sr rRNA、16S rRNA序列进行系统发育树构建
热度 1 2011-5-4 11:22
如何拼接 12Sr rRNA 、 16S rRNA 序列进行系统发育树构建 熊荣川 分子系统学经常使用 12Sr rRNA 、 16S rRNA 进行物种系统发育树的构建,分别使用任何一个,信息量都显得较小。因此,在两序列的具有的情况下,最好将两序列拼 ...
个人分类: 我的研究|6177 次阅读|2 个评论 热度 1
分享 使用clustalX软件截取序列片段的方法
2011-5-3 10:43
使用 clustalX 软件截取序列片段的方法 我们经常遇到需要截取一条基因序列中的一段进行分析,例如线粒体全序中的某个功能基因片段。通常我们使用序列编辑软件操作,但是除了操作方法繁琐意外,还容易出错。下面我们将介绍一种使用 clustalX 软件截取序列片段的方 ...
个人分类: 我的研究|4044 次阅读|没有评论
分享 在win7中如何复制文件存放路径
热度 2 2011-4-7 09:31
在 win7 中如何复制文件存放路径 熊荣川 很多时候,我们需要在我们的科研笔记中注明某个文件的存放路径以便以后查找,例如 D:ziliaozhuanyeJAVACOURSE 第一课 B 。在使用 win7 之前的 windows 版本时,我们只需找到目标文件,然后鼠标点选地址栏,复 ...
个人分类: 我的研究|4393 次阅读|2 个评论 热度 2
分享 【图解】一次性下载已知线粒体基因组中13个蛋白质编码基因序列
2011-4-6 21:48
【图解】一次性下载已知线粒体基因组中 13 个蛋白质编码基因序列 熊荣川 在系统发育的相关研究中,常常会使用线粒体基因组序列。使用其中 13 个蛋白质编码基因构建系统发育树几乎已经成为线粒体基因组研究的惯用手段。那么在已经公布的线粒体基因组中如何又快又准确的 ...
个人分类: 我的研究|4560 次阅读|没有评论

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