用RAxML构建系统发育树并计算节点支持率

 

熊荣川

中国科学院成都生物研究所

xiongrongchuan@126.com

刘国华

中国农业科学院兰州兽医研究所

 

RAxML是用极大似然法建立进化树的软件之一，可以处理超大规模的序列数据，包括上千至上万个物种，几百至上万个已经比对好的碱基序列。作者是德国慕尼黑大学的A.Stamatak博士。

 

关于如何开始用RAxML构建系统发育树之前已有博文提及“最大似然法建立进化树的软件之一RAxML”

http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=508298&do=blog&id=467160

该博文为转载，内容翔实但没有明确如何构建带有节点支持率的系统发育树

笔者总结bat文件指令如下

raxmlHPC -f a -s sequence.phy -n boot2 -m GTRGAMMA -x 1234 -# 50 -n outname.trees

将以上指令复制到txt文件中，另存为bat格式，和phy格式的序列文件sequence.phy一起保存于RAxML程序所在的文件夹中，点击运行bat文件及开始运行。outname.trees表示所有输出的后缀名。以“.trees”结尾便于结果的查看。

-m GTRGAMMA 表示使用GTRGAMMA模型

-# 50 表示bootstrap 50次

生成文件中RAxML_bipartitions.boot2即位带节点支持率的系统发育树，可以把它改成trees格式即可用treeview等软件查看该系统发育树。

以上为适用DNA序列的指令

如果是氨基酸序列，bat文件指令如下

raxmlHPC -f a -s sequence.phy -n boot2 -m PROTCATJTT -x 1234 -# 50

-m PROTCATJTT 为氨基酸替换模型

-# 50 表示bootstrap 50次

生成文件中RAxML_bipartitions.boot2即位带节点支持率的系统发育树，可以把它改成trees格式即可用treeview等软件查看该系统发育树。

 

另外，鉴于手工输入各种命令较为繁杂，且容易出错，笔者推荐一个服务器地址

http://phylobench.vital-it.ch/raxml-bb/index.php

可以方便的使用RAxML构建系统发育树。

附连续无间断构建两棵系统发育树

raxmlHPC -f a -s sequence1.phy -n boot2 -m GTRGAMMA -x 1234 -# 50 -n outname2.trees

raxmlHPC -f a -s sequence2.phy -n boot2 -m GTRGAMMA -x 1234 -# 50 -n outname2.trees

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