See these functions below, dist.topo is   in library(Ape)

# check for similarity

# do the two trees produced by MrBayes   and raxML have the same topology?

all.equal(tree1, tree2, use.edge.length =   FALSE)

# result = TRUE or FALSE.

# calculate the distance between the two   tree, using default method. ( Penny and Hardy�s 1985)

dist.topo(tree1, tree2)

# result = numeric measure of distance

请看R包Ape中的以下函数，dist.topo

查看相似性

分别由MrBayes 和raxML构建的两棵树，其拓扑结构一样吗？

使用默认参数，计算两棵树的距离

结果显示量化的距离

There is also SH.test   (Shimodaira-Hasegawa test) in package phangorn

And the Icong index by de Vienne which   only compares topology (See this website:   http://www.ese.u-psud.fr/utilisateurs/devienne/index.html)

R语言包phangorn中有个SH.test (Shimodaira-Hasegawa test)函数，也可检验两棵系统发育树的相似性。

de Vienne提出的Icong指数只比较拓扑结构，到以下网址进一步了解详情。

To complete this discussion, the package   distory computes Billera et al.'s geodesic distance between two trees.

为了终结本讨论，R包distory可以计算由Billera等提出的两棵树之间测地距离。

参考文献：

【1】https://grokbase.com/t/r/r-sig-phylo/1133cx4fck/comparing-the-topology-of-two-trees

【2】注解：geodesic distance ，这个单词的中文翻译是测地距离，其实测地距离的意思就是在三维空间中，两点之间的最短路径，归根究底就是最短路径，在三维中间从一个点到另外一个点的路径有无数种，但是最短路径只有一条，那么这个最短路径的长度就是测地距离 geodesic distance。

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作者：HNU_wang_chao

来源：CSDN

原文：https://blog.csdn.net/hnu_wang_chao/article/details/78612479