小鲵科是现生有尾类中的第三大科，含9属59种(Amphibia Web, 2014)。形态上、小鲵科和大鲵科一样，有一些原始性特征，如体外受精，下颌具隅骨，以及大量的小染色体（microchromosomes）(Regal, 1966;Edwards, 1976)。最近的现存蝾螈分子系统发育分析中，将小鲵科与其他蝾螈类较早地单独分离出来(Roelants et al.,2007; Pyron and Wiens, 2011; Shen et al., 2013)。

五个不同的研究在较大的尺度上研究了小鲵科内的系统发育关系。使用16小鲵科物种线粒体全基因组数据，Zhang et al.(2006) 重建了科内大多数支系间的系统发育关系。然而，另一个改进采样类群同样基于线粒体基因组的研究(Penget al., 2010).，调整了肥鲵属（Pachyhynobius）系统发育地位，,虽然这还不能算最终定论。之后，Zheng et al. (2011)使用线粒体基因组数据和三个核基因研究了小鲵科系统发育和支系分歧时间，采样包括25个小鲵科物种，其中含所有属的代表物种。在该研究中，基于线粒体基因组的系统发育树几乎与Zhanget al。(2006)的研究结果相同,不同的是，Pachy-hynobius和Salamandrella的系统发育地位在基于核基因的系统发育树中有所差异。作为所有两栖动物的系统发育研究的一部分,Pyron and Wiens(2011) 还研究了49个小鲵科物种的系统发育关系，其使用数据主要是来自Genbank中的线粒体DNA序列。该研究得到了小鲵科内不同的属间关系，但支持率普遍较低。最后, Weisrock et al. (2013) 使用两个线粒体基因片段，但包含更多类群，发现在不同的数据分析中，支系分化并不一致，且支持率较低，从而认为小鲵科主要的属间的关系为多岐分化。

参考文献

Chen,M.-Y., R.-L. Mao, D. Liang, M. Kuro-o, X.-M. Zeng and P. Zhang (2015). "Areinvestigation of phylogeny and divergence times of Hynobiidae (Amphibia,Caudata) based on 29 nuclear genes." Molecular phylogenetics andevolution83: 1-6.