SNP分型的方法多种多样，MassARRAY^® 分子量阵列技术是Sequenom公司推出的世界上领先的基因分析工具，通过引物延伸或切割反应与灵敏、可靠的MALDITOF质谱技术相结合，实现基因分型检测。基于MassARRAY^® 分子量阵列平台的iPLEX GOLD技术可以设计最高多达40重PCR反应和基因型检测，实验设计非常灵活，分型结果准确性高。根据应用需要，对于数十到数百个SNP位点进行数百至数千份样本检测时，MassARRAY^®具有最佳性价比。特别适合于对全基因组研究发现的结果进行验证，或者是有限数量的研究位点已经确定的情况。

质谱是带电原子、分子或分子碎片按分子量（质荷比）的大小顺序排列的图谱。质谱仪可通过对物质的分子量（质荷比）进行检测，达到区分、鉴别物质的目的。SNP位点两个等位基因之间存在分子量差异，通过分型实验将差异放大，然后以质谱仪进行检测即可达到SNP分型的目的。带电物质无电场的真空管（Drift region）中的飞行速度与分子量负相关，分子量越小，飞行速度越快，到达检测器（Detector）的时间越早，反之亦然。

实验原理：

MassEXTEND单碱基延伸反应，紧挨SNP位点设计一段探针，在反应体系中以ddNTP替代dNTP，使探针仅在SNP位点处延伸一个碱基即终止。根据SNP位点的不同，探针将结合不同的ddNTP，从而具有不同的分子量，质谱仪即可检测出这种分子量差异，从而实现SNP分型的目的。

图2：飞行时间质谱法对SNP进行分型的原理示意图

优势：

（1）质谱仪检测的是分子最本质的特征之一——分子量，不涉及荧光标记、凝胶电泳等，就能检测一个碱基的差异，准确性高，机器本身出错的概率非常低；

（2）质谱仪的灵敏度非常高，检测窗口内，任何pmol级别的物质都能被检测出来；

（3）通量高：几秒就能检测完一个反应孔；

（4）操作简单，仪器要求简单，除质谱仪外，都是常规PCR仪器；

（5）灵活：每天可以完成几个反应至上万个反应；

（6）便宜：引物不带荧光标记，普通长度（3条引物总长80bp左右），此外在一个反应孔内能完成4个或更多的反应，即通常所说的4重反应；

（7）兼容性强：质谱仪还能在核酸的其它方向，以及蛋白质组学、微生物鉴定等领域也能应用。

（8）质谱技术是“一管式操作”，即反应体系在生化学实验过程中始终在一个试管内反应，没有多次转移，这样就减少被污染的概率。