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def2-tzvp基组加弥散的方法,弱相互作用计算

已有 6700 次阅读 2016-8-24 11:21 |个人分类:Gaussian|系统分类:科研笔记|关键词:Gaussian| gaussian

量化大神sobereva的帖子(http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3487&extra=)指出:

Truhlar等人提出一种通用的给出原本不含弥散函数的基组以最低限度的弥散函数的策略,这样的基组以ma-开头,含义是minimal augmentation,详见J. Chem. Theory Comput., 7, 3027、Theor. Chem. Acc., 128, 295。也就是将原先基组中指数最小的s和p的指数除以3作为弥散函数的指数,但不对氢加弥散函数。这种处理后的def2基组可以直接从这里获得Gaussian格式的定义:http://comp.chem.umn.edu/basissets/basis.cgi。如ma-def2-TZVP在里面被简写为ma-TZVP。对于大多数需要弥散函数的问题,实际上像这样只给重原子加一层s和p弥散就已经解决绝大部分问题了,因此如果想给def2加弥散但又不想花费过高代价的话,这种ma-方式加弥散是比较理想的。


以下,针对使用ma-def2tzvp基组,提供一种具体的操作方式(另外的方式比如使用genecp当然也可以)。


1. 首先得到def2tzvp基组的具体形式(可以在网站下载,或者用高斯的def2tzvp + gfinput来输出)。把s和p的指数系数最小的两项系数除以3,作为弥散函数。(这个也可以到http://comp.chem.umn.edu/basissets/basis.cgi 下载,但是可能有些元素不全)。

2. 编辑一个基组文件 ma-def2tzvp.gbs,放在$g09root/basis下面,内容包含所研究的所有原子的弥散函数信息(这个文件可以慢慢积累,以后还可以用)。包含C和O的文件的ma-def2tzvp.gbs文件如下(注意元素符号前面的-号,这样即使体系不含该元素,程序也不会报错退出):
-C 0
S   1 1.00       0.000000000000
     0.3172148001D-01  0.1000000000D+01
P   1 1.00       0.000000000000
     0.3352274557D-01  0.1000000000D+01
****
-O 0
S   1 1.00       0.000000000000
     0.6168178787D-01  0.1000000000D+01
P   1 1.00       0.000000000000
     0.5826140423D-01  0.1000000000D+01
****

3. 使用的时候,大致是这个样子(考虑到弥散函数常常用于弱相互作用的计算,这里把B3LYP-D3(BJ)的形式也写进去了):

# b3lyp/def2tzvp extrabasis empiricaldispersion=GD3BJ opt freq

test

0 1
C                  0.00000000    0.42348200    0.00000000
O                 -1.12068900   -0.21083400    0.00000000
。。。

@/home/soft/g09/basis/ma-def2tzvp.gbs /N

上面最后一行如果不加 /N ,那么会把ma-def2tzvp.gbs 文件里面的所有内容写到log文件里面,看上去不好看。  


关于DFT-D3的使用,看了sob的帖子,http://sobereva.com/210,总结了一下:
弱相互作用修正:empiricaldispersion=GD3BJ or GD3? 两者差别不大。Gaussian中有时对一个泛函只有一种,此时如果必须用另一种,则需要手工设置参数。以下为具体情况:
1. 只能用GD3的情况:
(1) 对于明尼苏达系列泛函(M06...),用BJ会出错。

(2) 低版本(G09D及以下)用BJ时的freq计算会有问题,一些体系可能因此得到小的虚频。
2. 只能用GD3BJ的情况:
有些泛函只能用GD3BJ,否则可能会出错。比如双杂化泛函DSDPBEP86,使用GD3BJ没问题,使用GD3会有下面的错误:
R6DS8: Unable to choose the S8 parameter。

以上问题随着高斯版本的升级可能会得到修正。以上问题之外,在GD3或GD3BJ都可以的情况下,一般推荐使用BJ。




http://blog.sciencenet.cn/blog-482864-998370.html

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