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再谈植物分子标记辅助育种的全基因组策略

已有 9053 次阅读 2012-2-7 11:05 |个人分类:分子育种|系统分类:科研笔记| 基因组, 植物, target, plant, 辅助

Whole-genome strategies for marker-assisted plant breeding.
    昨天,只是粗略看了下标题和摘要,我感觉这篇文章比较有意思,所以得细读了.它可以作为一种在新背景下进行分子标记辅助育种的理论和实践的框架材料.今天翻译出了其中的摘要部分.所谓的背景在我看来有两个:1 是高通量测序或者扩展一下:高通量的基因型鉴定 2 关联作图.背景1指示,目前对基因QTL/定位来说,基因型已经不是什么问题了,所以关键在表型已经环境对基因的影响.背景2指示,植物基因/QTL定位方法,有了新的选择,新方法(LD mapping)和常规方法(连锁作图)的结合,必将大大加快新的有利基因发掘的速度.另外,LD方法其实可以直接把重要的育种材料作为作图群体或作图群体的一部分来研究,这种方法和育种结合更紧密.
    呵呵,这篇文章比较合我的胃口,自然得好好品读下.这篇是再谈,后面3谈,4谈都有可能.
摘要:农作物复杂性状的分子育种需要理解和操控许多因素,其中包括植物生长、发育和对各种生物和非生物逆境条件的反应。通过全基因组策略分子标记辅助育种的操作更加容易,并由此产生革命性影响。全基因组策略的分子标记辅助育种利用全基因组测序和全基因组分子标记对代表性的或者全部遗传资源和育种材料进行分析,有效地考虑分子育种中面临的各种基因组和环境因素。基于对特定基因组区域,基因/等位基因,单倍型,连锁不平衡块,基因网络和这些因素对特定表型贡献的理解,这样的策略正在日益增加。大规模高密度的基因型鉴定和全基因组选择是该策略的两个重要组成部分。高通量和精确的表型鉴定和环境测试(e-typing)也是全基因组策略的重要组成部分。应该此基础上重构有较强的支持系统(例如育种信息学和设计支持工具)的分子育种平台和方法。在这篇文章中讨论了一些基本策略,其中包括(1)基于种子DNA的基因型鉴定,简化分子标记辅助选择,降低育种成本、增加规模和提高效率,(2)选择性基因型鉴定和表型鉴定,结合DNA混合池分析,捕获和育种相关的大多数重要因素,(3)灵活的基因型鉴定系统,例如通过测序和芯片进行基因型鉴定,对不同的选择方法进行细化,包括分子标记辅助选择,分子标记辅助轮回选择和基因组选择,(4)结合连锁作图和LD作图的方法进行标记-性状关联分析,以及(5)基于序列的策略进行分子标记开发,等位基因发掘,基因功能研究和分子育种。
 
    


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