这是我以前的博客里的一个基本判断.基因定位有3个要素:作图群体,基因型,表型.作图群体已经非常多了,至少水稻中,已经有不少作图群体.随着关联作图方法在植物中的应用,作图群体的内容又可以进一步的丰富.可以利用已经存在的品种资源或者育种材料,有研究者指出,只要群体足够大,也即大于3000的群体,不管是什么材料都能用来进行基因定位.我对此谨慎的相信,之所以谨慎,是因为还未见研究论文直接来证明这个观点.所以从作图群体这个角度来说,尽管还需要建立新的理想群体,但选择的余地是很大的.

        随着高通量测序的广泛应用,基因型将不会是什么限制性因素,可以在比较短的时间内建立高密度的图谱.

       所以,最关键的就是表型了.具体来说是需要对有高密度分子标记图谱的作图群体进行大量的表型鉴定,从而将控制表型的QTL分解和定位,获得QTL的侯选基因.所以表型时代到来了.这个时代做基因定位主要可能是在田里或温室里做,很多基因可以雇临时工来做.

      什么是表型?株高、产量、抽穗期等这些东西是表型，某种物质的含量可以是表型，基因表达的量也可以是表型。这些表型背后的遗传学机理将逐渐揭示。

      对于表型鉴定相对简单的性状，可能快速获得表型控制的侯选基因，所以需要进行大量的基因功能研究。

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这篇文章可以从一个侧面支持我的观点

Phenomics: the next challenge

phenomics

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