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百度的螺旋桨RNA结构预测竞赛,预测的不是RNA结构
周耀旗 2020-12-25 11:23
今天在朋友圈无意发现百度正在组织螺旋桨RNA结构预测竞赛的新闻,而且12月20日就开始注册了,并且把我们最近的一个工作(Nature Communications 10, 5407 (2019))作为学习材料,算是小惊喜。 在 deepmind公司的AlphaFold于 2018年 蛋白质结构预测一炮打响的推动下,国内外多个科技大公司如百度、阿里、腾讯、华为、微软 ...
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平地惊雷:AlphaFold2解决了蛋白质结构预测的问题?
热度 3 周耀旗 2020-12-2 21:44
平地一声惊雷,Google的 AlphaFold2在今年第14届蛋白质结构预测的比赛(CASP14)中对大部分的蛋白实现了原子精度或者接近原子精度的结构预测,把学术界的预测远远甩在后面,不仅仅计算生物学家而且实验结构生物学家也被震惊了。 AlphaFold2预测的一个结构 甚至帮助 结构生物学家发现他们的错误,而另外一些结构,预测 ...
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产业是怎么颠覆的?读埃隆·马斯克传有感
热度 2 周耀旗 2020-10-15 10:19
2011年10月苹果公司的乔布斯英年早逝,我专门写了一个博文 《一代天骄,乔布斯汗》 ,感叹他会不会成为千代绝响。没想到那时候就已经有了一个身兼三职(SPACE-X, Tesla,和SolarCity)、毁誉参半、饱受争议的人叫埃隆·马斯克。在最近几年,他领导下的SPACE-X和Tesla克服了重重困难而凤凰涅槃,可以说至少颠 ...
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从深度诱变的测序来推测RNA/蛋白质的三维结构
热度 2 周耀旗 2019-12-25 08:57
序列决定结构,结构决定功能,这是 RNA 和蛋白质这样的生物大分子的基本法则。这也是为什么 Nature / Science 杂志热衷于发表这些生物分子机器的精细结构的原因,因为只有知道了结构才能知道功能背后的原理。如果这些机器坏了,有了结构才能想方设法去修理,去改变。目前原子水平的高精度结构的解析主要靠 X ...
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打破RNA二级结构预测精度的天花板
周耀旗 2019-11-28 13:37
在生命体系里,RNA长期以来被认为是蛋白质的小弟,因为除了转运RNA(tRNA),核糖体RNA(rRNA),把信使RNA(mRNA)按照DNA指定合成特定的蛋白质之外,以后就没有RNA的什么事了。只有各种蛋白质,才是忙上忙下,包揽一切的万能手。但是,近年来越来越多的实验表明RNA似乎无处不在、无所不能,有用于RNA修饰的(例如snRNA, ...
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世界前10万科学家排名出来了,里面都有谁?
热度 17 周耀旗 2019-9-8 21:15
我们见识过了各种各样的大学排名,比较出名的有美国的News World Report,英国的泰晤士报THE/QS,还有上海交大的ARWU。不同因子的权重不一样,导致大学排名在不同的排名榜里不太一致。显然各个大学的办学理念不一样,大学内的各学科发展水平也不一样,用一个分数来代表,自然是简单粗暴,但对于广大学生和家长来说, ...
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书里淘金:有功能的长非编码核糖核酸(lncRNA)到底有多少,怎样淘到它?
热度 4 周耀旗 2019-7-27 06:59
当年宋真宗 赵恒为了提倡读书而写下了 “ 书中自有黄金屋 ” , “ 书中自有颜如玉 ” 的名诗,这是 “ 知识就是力量 ” 的比较直白的说法。但我这里 “ 书里淘金 ” 的书是指写在我们人的每个细胞核里的由 4 个字母( ACGT )所组成的 30 亿字母长的 DNA 天书:我们每个人自己的基因组。如果能 ...
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蛋白质结构预测的重大突破
热度 9 周耀旗 2018-12-4 07:50
蛋白质是生物细胞内的分子机器,要想知道蛋白质是怎样工作的,就必须知道机器的结构。如果这个蛋白在某个疾病中起关键作用的话,有了它的结构,就可以设计药物分子来抑制它的功能,这就是为什么用实验方法来解出蛋白质结构出了无限多的 Nature,Science,Cell及众多个 ...
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发现新型抗菌肽的长征
热度 7 周耀旗 2018-9-28 09:22
从2011年底在美国印地安纳大学开始的设想,经过八个研究组17个人近七年的共同努力,终于在我到了澳大利亚五年后变成了杂志上白纸黑字。虽然这是一篇关于发现新型抗菌肽的论文,但对于其他易于产生抗药性的疾病(例如癌症和病毒性感染)也有相当的指导意义,希望我们的文章能够在抗药性疾病药物的快速、有效研发带来积极的 ...
个人分类: 科技推广|8849 次阅读|10 个评论 热度 7
诚邀合作、一起建立高影响力的大数据
热度 3 周耀旗 2018-5-16 06:40
如 果你有论文被 PUBMED 索引,我们邀请你加入 RELISH 联盟, 访问 https://pubmed.ict.griffith.edu.au/register , 标注 60 篇文章与你自己论文的相关性,一起共建相关文献的标准大数据库,并成为描述该数据库论文的贡献作者。 作为一个科学 ...
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GMT+8, 2021-3-2 09:55

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