R 输出list 对象到文件

高建召 2020-4-26 20:36

R 输出过多的行： options(max.print=1000000) R 输出list 对象到文件： capture.output(YourListObject,file=filename.txt)

个人分类: R语言|5656 次阅读|没有评论

删除软链接

高建召 2020-4-10 22:30

如果软链接是 test_ln 删除软链接： rm -rf ./test_ln # 最后不能带“/” 错误示范：如果不小心输入了rm -rf ./test_ln / #后面多加“ / ” 会将文件内的文件都删除。

个人分类: linux相关|2455 次阅读|没有评论

Biopython 从蛋白质结构得到序列

高建召 2020-3-22 19:54

中文教程网站： https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN/latest/index.html 从PDB文件中获取 蛋白质序列有以下两种形式： 1.一种以C-N 模式； 2. 一种是CA-CA模式。 from Bio import PDB #UsingC-N ppb= PDB.PPBuilder() forppinppb.build_peptides(structure): ...

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SPOT-1D 安装-II

高建召 2020-3-22 19:22

SPOT-1D 安装II (0) 需要准备的软件： 到此网站下载 ： https://sparks-lab.org/downloads/ SPOT1D； SPOT-Contact ； SPIDER3_local ##Spider3 有两个版本 SPIDER3_local 和 SPIDER3-Single(numpy) ，应该使用SPIDER3_local 版本。 ##single版本精度稍差。 (1) 首先安 ...

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Anaconda 添加清华源

高建召 2020-3-15 09:12

Anaconda添加清华源 condaconfig--addchannelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ condaconfig--addchannelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ condaconfig--setshow_channel_urlsye ...

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安装 SPOT-1d 遇到的问题

高建召 2020-3-12 22:23

安装 SPOT-1d 遇到的问题 安装 anaconda +tensorflow 很好的教程： https://my.oschina.net/u/876354/blog/1924805 使用 conda 来安装软件包。 一般来说，尽量不要混合使用 conda和pip安装。 如果conda实在找不到这个软件包，再使用pip install 需手动安装 tqdm pandas # https://blo ...

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RNA-seq 测序数据表达数据类型

高建召 2020-3-11 14:17

参考： https://www.omicsclass.com/article/1059 https://www.jianshu.com/p/751487db59b5 TCGA的 RNA-Seq 转录组表达数据中，有三种 HTSeq-Counts， HTSeq-FPKM，HTSeq-FPKM-UQ Counts:比对到exon上的reads 数目。 FPKM Fragment Per Kilobase of transcript per Million mapped reads. 主 ...

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生存分析中 摘记

高建召 2020-3-10 22:11

（1） 如果遇到： Errorinsurvdiff(surv.dfs~group):Rightcensoreddataonly Errorincoxph(surv.dfs~group): Coxmodeldoesn'tsupportmri ...

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